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万見
- PDB-6foh: X-ray structure of homo sapiens Fumarylacetoacetate hydrolase dom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6foh
タイトルX-ray structure of homo sapiens Fumarylacetoacetate hydrolase domain containing protein 1 (FAHD1) at 1.56A resolution.
要素Acylpyruvase FAHD1, mitochondrial
キーワードHYDROLASE/LYASE / FAHD 1 / Fumarylacetoacetate hydrolase domain containing protein 1 / HYDROLASE-LYASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


acylpyruvate hydrolase / fumarylpyruvate hydrolase activity / acylpyruvate hydrolase activity / oxaloacetate tautomerase / oxaloacetate tautomerase activity / acetylpyruvate hydrolase activity / oxaloacetate decarboxylase / oxaloacetate decarboxylase activity / oxaloacetate metabolic process / pyruvate metabolic process ...acylpyruvate hydrolase / fumarylpyruvate hydrolase activity / acylpyruvate hydrolase activity / oxaloacetate tautomerase / oxaloacetate tautomerase activity / acetylpyruvate hydrolase activity / oxaloacetate decarboxylase / oxaloacetate decarboxylase activity / oxaloacetate metabolic process / pyruvate metabolic process / Pyruvate metabolism / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleoplasm / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fumarylacetoacetate hydrolase; domain 2 / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain superfamily / Fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase C-terminal / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Oxaloacetate tautomerase FAHD1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Naschberger, A. / Weiss, A.K.H.
資金援助 オーストリア, 3件
組織認可番号国
European integrated FP6-LIFESCIHEALTH project MiMAGE512020
Austria Wirtschaftsservice Gesellschaft (AWS) オーストリア
Austrian Science FundP28975 オーストリア
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for the bi-functionality of human oxaloacetate decarboxylase FAHD1.
著者: Weiss, A.K.H. / Naschberger, A. / Loeffler, J.R. / Gstach, H. / Bowler, M.W. / Holzknecht, M. / Cappuccio, E. / Pittl, A. / Etemad, S. / Dunzendorfer-Matt, T. / Scheffzek, K. / Liedl, K.R. / Jansen-Durr, P.
履歴
登録2018年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acylpyruvase FAHD1, mitochondrial
B: Acylpyruvase FAHD1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8586
ポリマ－49,7502
非ポリマー1084
水5,513306
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3350 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area17760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.090, 77.820, 119.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 8 - 224 / Label seq-ID: 8 - 224

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Acylpyruvase FAHD1, mitochondrial / Fumarylacetoacetate hydrolase domain-containing protein 1 / FAH domain-containing protein 1 / ...Fumarylacetoacetate hydrolase domain-containing protein 1 / FAH domain-containing protein 1 / Oxaloacetate decarboxylase / OAA decarboxylase / YisK-like protein


分子量: 24874.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAHD1, C16orf36, YISKL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6P587, acylpyruvate hydrolase, oxaloacetate decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.54 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 10% PEG4000 50mM MgCl2 100mM HEPES pH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→65.29 Å / Num. obs: 58013 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4.77 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 13.36
反射 シェル解像度: 1.56→1.6 Å / CC1/2: 0.518 / Rrim(I) all: 0.83

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 1.56→65.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.659 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.079 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18917 2794 4.8 %RANDOM
Rwork0.16202 ---
obs0.16335 55219 97.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å2-0 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.56→65.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3349 0 4 306 3659
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0193550
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023394
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5341.9094831
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95237915
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8465452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.25223.704135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.62515632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0481519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2532
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213918
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.019685
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2534.2151776
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2524.2091775
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.6887.8492234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.6877.8582235
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0635.2261774
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.0615.2291775
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.3219.2452596
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.9629.43998
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.93128.9763925
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 13722 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.563→1.604 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 188 -
Rwork0.278 3920 -
obs--95.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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