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- PDB-6fnn: Caldiarchaeum Subterraneum Ubiquitin:Rpn11-homolog complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fnn
タイトルCaldiarchaeum Subterraneum Ubiquitin:Rpn11-homolog complex
要素
  • 26S proteasome regulatory subunit N11-like protein
  • Ubiquitin-like protein
キーワードHYDROLASE / deubiquitination / deubiquitylation / JAMM protease
機能・相同性
機能・相同性情報


polyubiquitin modification-dependent protein binding / proteasome complex / metallopeptidase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. ...: / : / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-like protein / 26S proteasome regulatory subunit N11-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Candidatus Caldiarchaeum subterraneum (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Fuchs, A.C.D. / Albrecht, R. / Martin, J. / Hartmann, M.D.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Rpn11-mediated ubiquitin processing in an ancestral archaeal ubiquitination system.
著者: Fuchs, A.C.D. / Maldoner, L. / Wojtynek, M. / Hartmann, M.D. / Martin, J.
履歴
登録2018年2月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 26S proteasome regulatory subunit N11-like protein
B: 26S proteasome regulatory subunit N11-like protein
C: Ubiquitin-like protein
D: Ubiquitin-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1778
ポリマ－56,8544
非ポリマー3234
水6,630368
1
A: 26S proteasome regulatory subunit N11-like protein
C: Ubiquitin-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5884
ポリマ－28,4272
非ポリマー1612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2900 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area12060 Å2
手法PISA
2
B: 26S proteasome regulatory subunit N11-like protein
D: Ubiquitin-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5884
ポリマ－28,4272
非ポリマー1612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area11890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.674, 94.571, 170.855
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 26S proteasome regulatory subunit N11-like protein


分子量: 17061.760 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Caldiarchaeum subterraneum (古細菌)
遺伝子: CSUB_C1473, HGMM_F04B03C04, HGMM_F21D07C20, HGMM_F30C12C32
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E6N8B9, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: タンパク質 Ubiquitin-like protein


分子量: 11365.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Caldiarchaeum subterraneum (古細菌)
遺伝子: CSUB_C1474, HGMM_F04B03C03, HGMM_F21D07C21, HGMM_F30C12C33
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E6N8B8
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.11 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM sodium acetate, pH 4.6, 1.5 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.283 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.283 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→37.9 Å / Num. obs: 58917 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.9 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.96 Å / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.779 / Mean I/σ(I) obs: 2.66 / Num. unique obs: 9241 / CC1/2: 0.9 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FJV

6fjv


解像度: 1.85→37.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 4.949 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.102 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20058 2946 5 %RANDOM
Rwork0.17269 ---
obs0.17409 55970 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 41.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.46 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.78 Å20 Å2
3---2.24 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.85→37.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3631 0 12 368 4011
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193792
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023758
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3851.9855164
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.72438660
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8955500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.82523.615130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.34915649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.1171520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2614
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214236
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02782
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3722.3051970
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3732.3051969
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0913.4472465
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0923.4472466
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1462.6041822
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1462.6041822
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.4083.7822694
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.61920.6034511
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.44319.4844324
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.846→1.894 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 206 -
Rwork0.398 3928 -
obs--95.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.39751.2441-0.42342.8683-0.12774.69940.01720.12180.1177-0.03680.0210.1841-0.0018-0.2314-0.03820.0544-0.03950.00710.0481-0.00220.01426.730828.484912.7255
23.2910.1505-1.35372.78531.05113.06590.08730.13910.23020.00120.00010.2379-0.1012-0.187-0.08750.0869-0.07620.00710.09880.01580.0382-14.844111.854720.8901
38.62822.3988-0.1610.7905-3.415810.03530.0401-0.17880.41280.5159-0.0649-0.4344-1.13590.08280.02470.22640.0684-0.0180.1719-0.09920.187748.605535.2365-2.7435
47.38451.3352-0.97476.0765-6.163313.0183-0.17440.60730.0051-0.50930.26340.287-0.1823-0.2025-0.0890.24060.0847-0.00790.19460.02980.1999-33.674-22.732550.0527
55.43392.00680.02283.23790.82862.45260.020.1108-0.41220.05050.1196-0.43380.17520.3831-0.13960.104-0.0420.00590.1169-0.03670.066630.700531.942411.5583
63.40822.3982-0.49374.9929-0.86943.12110.3164-0.4894-0.28740.7726-0.3388-0.34130.03940.13980.02240.2669-0.1492-0.01560.1644-0.00120.0666-22.8497-6.145135.604
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-3 - 148
2X-RAY DIFFRACTION2B-3 - 148
3X-RAY DIFFRACTION3C-11 - 0
4X-RAY DIFFRACTION4D-11 - 0
5X-RAY DIFFRACTION5C1 - 78
6X-RAY DIFFRACTION6D1 - 78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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