PDB-6fnn: Caldiarchaeum Subterraneum Ubiquitin:Rpn11-homolog complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fnn

タイトル

Caldiarchaeum Subterraneum Ubiquitin:Rpn11-homolog complex

要素

26S proteasome regulatory subunit N11-like protein
Ubiquitin-like protein

キーワード

HYDROLASE / deubiquitination / deubiquitylation / JAMM protease

機能・相同性

機能・相同性情報

polyubiquitin modification-dependent protein binding / proteasome complex / metallopeptidase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Candidatus Caldiarchaeum subterraneum (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Fuchs, A.C.D. / Albrecht, R. / Martin, J. / Hartmann, M.D.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Rpn11-mediated ubiquitin processing in an ancestral archaeal ubiquitination system.
著者: Fuchs, A.C.D. / Maldoner, L. / Wojtynek, M. / Hartmann, M.D. / Martin, J.

履歴

登録	2018年2月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年7月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fnn.cif.gz	209.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fnn.ent.gz	167.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fnn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6fnn_validation.pdf.gz	467.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fnn_full_validation.pdf.gz	471.5 KB	表示
XML形式データ	6fnn_validation.xml.gz	23.1 KB	表示
CIF形式データ	6fnn_validation.cif.gz	33.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/6fnn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/6fnn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fj7C 6fjuC 6fjvSC 6fnoC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6fno-1 6fno-2 1l8w-3 6tnj-d 2ccl-1 4okr-1 2rr7-d 4oku-2 3bu8-4 5b5w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (5) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (5)

登録構造単位

A: 26S proteasome regulatory subunit N11-like protein

B: 26S proteasome regulatory subunit N11-like protein

C: Ubiquitin-like protein

D: Ubiquitin-like protein

ヘテロ分子

57.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 26S proteasome regulatory subunit N11-like protein

C: Ubiquitin-like protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
28.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 26S proteasome regulatory subunit N11-like protein

D: Ubiquitin-like protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.674, 94.571, 170.855
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	26S proteasome regulatory subunit N11-like protein 分子量: 17061.760 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Candidatus Caldiarchaeum subterraneum (古細菌) 遺伝子: CSUB_C1473, HGMM_F04B03C04, HGMM_F21D07C20, HGMM_F30C12C32 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E6N8B9, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: タンパク質	Ubiquitin-like protein 分子量: 11365.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Candidatus Caldiarchaeum subterraneum (古細菌) 遺伝子: CSUB_C1474, HGMM_F04B03C03, HGMM_F21D07C21, HGMM_F30C12C33 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E6N8B8
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.11 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM sodium acetate, pH 4.6, 1.5 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.283 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.283 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→37.9 Å / Num. obs: 58917 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.9 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 19.8
反射シェル	解像度: 1.85→1.96 Å / 冗長度: 12.9 % / R_merge(I) obs: 0.779 / Mean I/σ(I) obs: 2.66 / Num. unique obs: 9241 / CC_1/2: 0.9 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6FJV

6fjv

解像度: 1.85→37.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 4.949 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.102 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20058	2946	5 %	RANDOM
R_work	0.17269	-	-	-
obs	0.17409	55970	99.62 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.66 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.46 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.78 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.85→37.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3631	0	12	368	4011

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	3792
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3758
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.385	1.985	5164
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.724	3	8660
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.895	5	500
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.825	23.615	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.349	15	649
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.117	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	614
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	4236
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	782
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.372	2.305	1970
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.373	2.305	1969
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.091	3.447	2465
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.092	3.447	2466
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.146	2.604	1822
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.146	2.604	1822
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.408	3.782	2694
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.619	20.603	4511
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.443	19.484	4324
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.846→1.894 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.392	206	-
R_work	0.398	3928	-
obs	-	-	95.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3975	1.2441	-0.4234	2.8683	-0.1277	4.6994	0.0172	0.1218	0.1177	-0.0368	0.021	0.1841	-0.0018	-0.2314	-0.0382	0.0544	-0.0395	0.0071	0.0481	-0.0022	0.0142	6.7308	28.4849	12.7255
2	3.291	0.1505	-1.3537	2.7853	1.0511	3.0659	0.0873	0.1391	0.2302	0.0012	0.0001	0.2379	-0.1012	-0.187	-0.0875	0.0869	-0.0762	0.0071	0.0988	0.0158	0.0382	-14.8441	11.8547	20.8901
3	8.6282	2.3988	-0.16	10.7905	-3.4158	10.0353	0.0401	-0.1788	0.4128	0.5159	-0.0649	-0.4344	-1.1359	0.0828	0.0247	0.2264	0.0684	-0.018	0.1719	-0.0992	0.1877	48.6055	35.2365	-2.7435
4	7.3845	1.3352	-0.9747	6.0765	-6.1633	13.0183	-0.1744	0.6073	0.0051	-0.5093	0.2634	0.287	-0.1823	-0.2025	-0.089	0.2406	0.0847	-0.0079	0.1946	0.0298	0.1999	-33.674	-22.7325	50.0527
5	5.4339	2.0068	0.0228	3.2379	0.8286	2.4526	0.02	0.1108	-0.4122	0.0505	0.1196	-0.4338	0.1752	0.3831	-0.1396	0.104	-0.042	0.0059	0.1169	-0.0367	0.0666	30.7005	31.9424	11.5583
6	3.4082	2.3982	-0.4937	4.9929	-0.8694	3.1211	0.3164	-0.4894	-0.2874	0.7726	-0.3388	-0.3413	0.0394	0.1398	0.0224	0.2669	-0.1492	-0.0156	0.1644	-0.0012	0.0666	-22.8497	-6.1451	35.604

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-3 - 148
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-3 - 148
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-11 - 0
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-11 - 0
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1 - 78
6	X-RAY DIFFRACTION	6	D	1 - 78

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