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- PDB-4oku: Structure of Toxoplasma gondii proMIC2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oku
タイトルStructure of Toxoplasma gondii proMIC2
要素Micronemal protein MIC2
キーワードCELL ADHESION / VWA / integrin I domain / TSR domain / Adhesin / gliding motility
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / Micronemal protein MIC2
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Song, G. / Springer, T.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structures of the Toxoplasma gliding motility adhesin.
著者: Song, G. / Springer, T.A.
履歴
登録2014年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月23日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Micronemal protein MIC2
B: Micronemal protein MIC2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0594
ポリマ－67,6982
非ポリマー3602
水00
1
A: Micronemal protein MIC2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0292
ポリマ－33,8491
非ポリマー1801
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Micronemal protein MIC2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0292
ポリマ－33,8491
非ポリマー1801
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Micronemal protein MIC2
ヘテロ分子

B: Micronemal protein MIC2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0594
ポリマ－67,6982
非ポリマー3602
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_554x+1/2,-y+1/2,-z-11
Buried area2300 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area22020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.434, 159.321, 41.305
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

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要素

#1: タンパク質 Micronemal protein MIC2 / Microneme protein MIC2


分子量: 33849.133 Da / 分子数: 2 / 断片: proMIC2 (unp residues 30-337) / 変異: S158A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
遺伝子: TGVEG_201780 / 発現宿主: homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00816
#2: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.7
詳細: 0.2 M (NH4)2SO4 and 20% PEG 3350, pH 3.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年6月29日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→45.4 Å / Num. all: 10125 / Num. obs: 8867 / % possible obs: 87.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 3.2→3.26 Å / % possible all: 65.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1565)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→45.39 Å / SU ML: 0.49 / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 39.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3198 426 5 %random
Rwork0.2638 ---
obs0.2667 8513 84.48 %-
all-10125 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→45.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3630 0 22 0 3652
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023732
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6565072
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4721387
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.026588
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003654
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2002-3.66310.45641100.36582102X-RAY DIFFRACTION68
3.6631-4.61440.31311510.26682858X-RAY DIFFRACTION90
4.6144-45.39470.29311650.23813127X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -13.1906 Å / Origin y: 38.8039 Å / Origin z: -10.8478 Å
111213212223313233
T0.4511 Å2-0.0177 Å20.0085 Å2-0.4013 Å2-0.0572 Å2--0.4254 Å2
L0.8886 °2-0.015 °20.0846 °2-0.4521 °2-0.3736 °2--0.566 °2
S-0.1038 Å °0.2913 Å °0.1163 Å °0.1372 Å °0.1003 Å °0.0554 Å °0.0413 Å °-0.1232 Å °-0.0001 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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