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- PDB-6fmc: Neuropilin1-b1 domain in complex with EG01377, 0.9 Angstrom structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fmc
タイトルNeuropilin1-b1 domain in complex with EG01377, 0.9 Angstrom structure
要素Neuropilin-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / VEGF-receptor / Semaphorin-receptor / small molecule inhibitor / Angiogenesis / Discoidin domain
機能・相同性
機能・相同性情報


endothelial tip cell fate specification / basal dendrite development / otic placode development / protein localization to early endosome / basal dendrite arborization / dichotomous subdivision of terminal units involved in salivary gland branching / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / vestibulocochlear nerve structural organization / dorsal root ganglion morphogenesis / ventral trunk neural crest cell migration ...endothelial tip cell fate specification / basal dendrite development / otic placode development / protein localization to early endosome / basal dendrite arborization / dichotomous subdivision of terminal units involved in salivary gland branching / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / vestibulocochlear nerve structural organization / dorsal root ganglion morphogenesis / ventral trunk neural crest cell migration / sympathetic neuron projection guidance / facioacoustic ganglion development / trigeminal ganglion development / trigeminal nerve structural organization / sensory neuron axon guidance / postsynapse organization / facial nerve structural organization / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus / branchiomotor neuron axon guidance / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / axon extension involved in axon guidance / renal artery morphogenesis / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / neurofilament / sympathetic neuron projection extension / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / vascular endothelial growth factor binding / endothelial cell chemotaxis / motor neuron migration / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / sympathetic ganglion development / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / axonogenesis involved in innervation / CHL1 interactions / semaphorin receptor complex / regulation of vesicle-mediated transport / Signaling by ROBO receptors / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / neuropilin signaling pathway / substrate-dependent cell migration, cell extension / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / coronary artery morphogenesis / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / CRMPs in Sema3A signaling / semaphorin receptor activity / commissural neuron axon guidance / outflow tract septum morphogenesis / motor neuron axon guidance / regulation of Cdc42 protein signal transduction / axonal fasciculation / cell migration involved in sprouting angiogenesis / neural crest cell migration / sprouting angiogenesis / positive regulation of filopodium assembly / artery morphogenesis / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / retinal ganglion cell axon guidance / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of smooth muscle cell migration / positive chemotaxis / growth factor binding / cytokine binding / sorting endosome / semaphorin-plexin signaling pathway / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / positive regulation of focal adhesion assembly / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / vasculogenesis / positive regulation of phosphorylation / coreceptor activity / positive regulation of stress fiber assembly / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of endothelial cell migration / GTPase activator activity / axon guidance / animal organ morphogenesis / Signal transduction by L1 / integrin-mediated signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / mitochondrial membrane / vascular endothelial growth factor receptor activity / response to wounding / neuron migration / positive regulation of angiogenesis / cell-cell signaling / heparin binding / cytoplasmic vesicle / angiogenesis / negative regulation of neuron apoptotic process / postsynaptic membrane / Attachment and Entry / early endosome / receptor complex / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / neuron projection
類似検索 - 分子機能
Neuropilin / Neuropilin, C-terminal / C-terminal domain of neuropilin glycoprotein / MAM domain signature. / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. ...Neuropilin / Neuropilin, C-terminal / C-terminal domain of neuropilin glycoprotein / MAM domain signature. / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DUE / Neuropilin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.9 Å
データ登録者Yelland, T. / Djordjevic, S. / Fotinou, K. / Selwood, D. / Zachary, I. / Frankel, P.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilISMB DTG 英国
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Small Molecule Neuropilin-1 Antagonists Combine Antiangiogenic and Antitumor Activity with Immune Modulation through Reduction of Transforming Growth Factor Beta (TGF beta ) Production ...タイトル: Small Molecule Neuropilin-1 Antagonists Combine Antiangiogenic and Antitumor Activity with Immune Modulation through Reduction of Transforming Growth Factor Beta (TGF beta ) Production in Regulatory T-Cells.
著者: Powell, J. / Mota, F. / Steadman, D. / Soudy, C. / Miyauchi, J.T. / Crosby, S. / Jarvis, A. / Reisinger, T. / Winfield, N. / Evans, G. / Finniear, A. / Yelland, T. / Chou, Y.T. / Chan, A.W.E. ...著者: Powell, J. / Mota, F. / Steadman, D. / Soudy, C. / Miyauchi, J.T. / Crosby, S. / Jarvis, A. / Reisinger, T. / Winfield, N. / Evans, G. / Finniear, A. / Yelland, T. / Chou, Y.T. / Chan, A.W.E. / O'Leary, A. / Cheng, L. / Liu, D. / Fotinou, C. / Milagre, C. / Martin, J.F. / Jia, H. / Frankel, P. / Djordjevic, S. / Tsirka, S.E. / Zachary, I.C. / Selwood, D.L.
履歴
登録2018年1月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuropilin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5022
ポリマ－17,9171
非ポリマー5851
水8,503472
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.440, 43.440, 91.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Neuropilin-1 / Vascular endothelial cell growth factor 165 receptor


分子量: 17917.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NRP1, NRP, VEGF165R / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14786
#2: 化合物 ChemComp-DUE / (2~{S})-2-[[3-[[5-[4-(aminomethyl)phenyl]-1-benzofuran-7-yl]sulfonylamino]thiophen-2-yl]carbonylamino]-5-carbamimidamido-pentanoic acid


分子量: 584.667 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H28N6O6S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.79 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 16 % w/v PEG3350 and 200 mM ammonium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.81301 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.81301 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.9→43.44 Å / Num. obs: 117690 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.057 / Net I/av σ(I): 10.55 / Net I/σ(I): 10.55
反射 シェル解像度: 0.9→0.95 Å / CC1/2: 0.795 / Rrim(I) all: 0.478 / % possible all: 70.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KEX

1kex


解像度: 0.9→43.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.989 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.982 / SU B: 0.496 / SU ML: 0.012 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.014 / ESU R Free: 0.016 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.13207 6027 5.1 %RANDOM
Rwork0.10894 ---
obs0.11015 111866 94.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.789 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å20 Å2
2---0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 0.9→43.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1261 0 40 472 1773
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.021505
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021441
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6471.9862072
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.2823.0093363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6525203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.59324.37564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.86115282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.625158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2221
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0211713
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0150.02344
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.21.049693
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1971.049691
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5761.59875
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5751.59876
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0111.423812
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0091.423813
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.4052.0031176
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.33415.2662251
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.55111.3661877
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr9.89332946
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free34.773578
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded13.46953281
LS精密化 シェル解像度: 0.9→0.923 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 318 -
Rwork0.297 5268 -
obs--60.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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