PDB-6flz: Structure of AcmJRL, a mannose binding jacalin related lectin fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6flz

タイトル

Structure of AcmJRL, a mannose binding jacalin related lectin from Ananas comosus, in complex with methyl-mannose.

要素

Jacalin-like lectin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / mannose binding lectin / A. comosus stem

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ananas comosus (アナナス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.895 Å

データ登録者

Azarkan, M. / Herman, R. / El Mahyaoui, R. / Sauvage, E. / Vanden Broeck, A. / Charlier, P.

資金援助

ベルギー, 2件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Biochemical and structural characterization of a mannose binding jacalin-related lectin with two-sugar binding sites from pineapple (Ananas comosus) stem.
著者: Azarkan, M. / Feller, G. / Vandenameele, J. / Herman, R. / El Mahyaoui, R. / Sauvage, E. / Vanden Broeck, A. / Matagne, A. / Charlier, P. / Kerff, F.

履歴

登録	2018年1月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6flz.cif.gz	177.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6flz.ent.gz	145.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6flz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6flz_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6flz_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	6flz_validation.xml.gz	16.1 KB	表示
CIF形式データ	6flz_validation.cif.gz	22.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/6flz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/6flz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6flwSC 6flyC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3tsq-d 6is0-d 6ikm-17 1c9b-2 4h5d-1 3ttc-d 3ttd-d 3uhj-5 22123 3ttf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Jacalin-like lectin

B: Jacalin-like lectin

ヘテロ分子

31.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Jacalin-like lectin

B: Jacalin-like lectin

ヘテロ分子

A: Jacalin-like lectin

B: Jacalin-like lectin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, dimer in solution
63.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.740, 85.740, 204.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-318- HOH
2	1	B-319- HOH

#1: タンパク質

Jacalin-like lectin

分子量: 15360.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Ananas comosus (アナナス) / 参照: UniProt: Q53J09

#2: 糖

ChemComp-MMA / methyl alpha-D-mannopyranoside / O1-METHYL-MANNOSE / methyl alpha-D-mannoside / methyl D-mannoside / methyl mannoside / メチルα-D-マンノピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 194.182 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₇H₁₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 化合物

ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸

分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2M ammonium citrate, 0.1M Bis-Tris propane pH 7.0; protein solution 17mg/ml in H2O

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.895→42.9 Å / Num. obs: 66445 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.5 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 19.9
反射シェル	解像度: 1.895→2 Å / 冗長度: 9.4 % / R_merge(I) obs: 0.93 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 92.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2152: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6FLW

6flw

解像度: 1.895→42.87 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.76

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1725	3318	4.99 %	Random selection
R_work	0.1585	-	-	-
obs	0.1592	66445	99.57 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.895→42.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2174	0	78	271	2523

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2325
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.818	3160
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.918	1296
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	346
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	406

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8952-1.9223	0.3393	123	0.3292	2450	X-RAY DIFFRACTION	92
1.9223-1.951	0.3224	144	0.2794	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
1.951-1.9814	0.2724	137	0.2558	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9814-2.0139	0.1875	141	0.2189	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0139-2.0487	0.2212	138	0.1954	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0487-2.0859	0.2099	133	0.1916	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0859-2.126	0.1951	139	0.1812	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.126-2.1694	0.2068	138	0.1733	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1694-2.2166	0.1732	140	0.1722	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2166-2.2682	0.1662	140	0.1644	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2682-2.3249	0.2036	138	0.1662	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3249-2.3877	0.2051	142	0.166	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3877-2.458	0.1818	138	0.1654	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.458-2.5373	0.1812	142	0.1584	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5373-2.628	0.1988	137	0.151	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.628-2.7332	0.1674	141	0.1487	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7332-2.8576	0.1716	142	0.1514	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8576-3.0082	0.1499	134	0.1429	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0082-3.1966	0.1531	137	0.1379	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1966-3.4433	0.1384	141	0.1257	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4433-3.7896	0.1553	135	0.1272	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7896-4.3375	0.1351	138	0.1203	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3375-5.4631	0.1177	144	0.1315	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4631-42.881	0.2229	136	0.2215	2652	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.6546	1.2249	-3.5044	2.2824	-1.3403	4.9234	-0.1528	-0.1491	-0.2396	-0.0477	-0.0063	0.1269	0.4518	0.1593	0.1954	0.1674	0.0234	0.0204	0.2821	-0.0059	0.2696	12.3195	-41.514	22.2385
2	2.1494	0.5092	-2.3799	1.561	-2.2393	4.5802	-0.1308	0.1048	-0.0746	-0.1209	0.1993	0.1576	-0.0015	-0.5098	-0.0145	0.0904	0.0027	-0.0307	0.3699	-0.0037	0.2422	5.9676	-31.4761	17.9739
3	0.8866	-0.2116	-0.7778	1.1132	-1.2009	4.3121	-0.0641	-0.0654	0.065	0.1217	0.1796	0.1762	-0.1348	-0.8073	-0.0707	0.1638	0.0236	0.0133	0.3668	-0.0085	0.2398	2.8861	-29.6609	20.1277
4	3.4065	1.6513	-2.588	3.5612	-3.5119	6.0125	-0.0766	-0.1462	0.3387	0.2208	0.1402	-0.01	-0.4192	-0.1158	-0.0572	0.1805	0.0078	-0.0417	0.215	-0.0804	0.1667	12.8126	-23.4604	23.6185
5	1.5641	-0.2179	-0.4936	1.6312	-0.1721	1.6111	-0.1428	-0.2808	-0.0058	0.2498	0.1054	0.0751	-0.0541	0.0602	0.035	0.1389	0.0386	-0.0007	0.3191	-0.0203	0.1935	13.4059	-30.9607	28.6596
6	2.4185	-0.0506	-0.6145	2.0856	-0.3721	1.9575	-0.1737	0.1633	-0.0683	0.0576	0.0381	-0.0031	-0.1038	-0.3074	0.1407	0.1244	0.0006	0	0.3095	-0.011	0.2034	11.8115	-34.9787	21.0791
7	2.3453	0.4566	-1.1555	1.8855	-0.3235	1.8796	0.1597	-0.2333	0.2018	0.1578	-0.1392	-0.3072	-0.2496	0.4223	-0.0165	0.1884	-0.0717	-0.0199	0.2984	0.0242	0.2972	27.7506	-26.4537	-6.054
8	1.7355	-0.2872	-0.8163	1.7295	-0.9101	5.3618	0.0842	0.1573	0.2974	-0.1678	-0.0203	-0.1089	-0.5114	0.0198	-0.0413	0.2352	-0.0169	0.0138	0.2272	0.0489	0.2953	18.7012	-17.5128	-7.6964
9	4.8349	1.2219	-4.0814	1.9413	-1.2858	5.3687	0.0983	0.248	0.1715	0.0522	-0.0128	0.215	-0.2535	-0.3655	-0.0748	0.1418	-0.0055	-0.0408	0.3399	0.038	0.2023	11.2306	-24.4452	-10.8749
10	1.772	0.1091	-0.2991	1.47	0.1217	1.8154	0.0336	0.3535	0.1177	-0.2099	-0.0543	-0.0369	-0.1765	-0.1389	0.0234	0.1609	-0.0072	0.0013	0.2779	0.0444	0.1918	18.1058	-27.4243	-16.0017
11	1.4531	-0.1401	-0.176	2.712	-0.7937	2.8208	0.0224	0.0231	0.0928	0.0174	-0.0806	0.015	-0.1628	-0.0884	0.0233	0.1771	-0.0408	-0.0037	0.2547	0.0337	0.243	22.6046	-26.9035	-8.6713

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 15 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 16 through 34 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 35 through 62 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 63 through 82 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 83 through 131 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 132 through 145 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 2 through 25 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 26 through 62 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 63 through 82 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 83 through 131 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 132 through 145 )

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