PDB-6fjj: Joint neutron and x-ray crystal structure of human carbonic anhyd...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fjj

タイトル

Joint neutron and x-ray crystal structure of human carbonic anhydrase IX mimic (saccharin).

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / joint X-ray neutron diffraction / carbonic anhydrase

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Fisher, S.Z.

引用

ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2019
タイトル: Using neutron crystallography to elucidate the basis of selective inhibition of carbonic anhydrase by saccharin and a derivative.
著者: Koruza, K. / Mahon, B.P. / Blakeley, M.P. / Ostermann, A. / Schrader, T.E. / McKenna, R. / Knecht, W. / Fisher, S.Z.

履歴

登録	2018年1月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fjj.cif.gz	127.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fjj.ent.gz	101.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fjj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/6fjj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/6fjj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fjiC 6gcyC 4rivS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1g46-d 6s9g-d 3rge-d 3pjj-d 6rnp-d 1hug-d 2qo8-d 3hs4-d 5sz3-d 3uyn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (2) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.530, 41.830, 72.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.04, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29200.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-LSA / 1,2-BENZISOTHIAZOL-3(2H)-ONE 1,1-DIOXIDE / SACCHARIN / サッカリン分子量: 183.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₅NO₃S
#4: 化合物	ChemComp-DOD / water / 重水分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: D₂O

-
実験

実験

手法	使用した結晶の数
X線回折	1
中性子回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 1.2 M sodium citrate, 100 mM Tris pH 8.5

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	293	1
2	293	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
NUCLEAR REACTOR	FRM II	BIODIFF	1	2.67
シンクロトロン	MAX II	I911-3	2	1

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MAATEL BIODIFF	1	IMAGE PLATE	2015年11月19日
MAR CCD 130 mm	2	CCD	2015年8月15日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	neutron	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	2.67	1
2	1	1

反射

Entry-ID: 6FJJ

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	Net I/σ(I)
2-50	15763	92.2	2.2	0.22	1	3.7
1.2-35	74523	95.7	2.9		2	13.4

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID
2-2.07	0.645	1
1.2-1.23		2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 15.33 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: 4riv

4riv

解像度 (Å)	Refine-ID	R_factor R_free	R_factor R_work	R_factor obs	Num. reflection R_free	Num. reflection obs	% reflection R_free (%)	% reflection obs (%)	Diffraction-ID	σ(F)
1.5-25.593	X-RAY DIFFRACTION	0.1657	0.1345	0.1374	3517	38579	9.12	96.54	2	1.36
2-26.961	NEUTRON DIFFRACTION	0.2305	0.2048	0.2073	1559	15682	9.94	92.27	1

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→25.593 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2052	0	13	194	2259

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	5002
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.302	8571
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.922	1298
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	308
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	936
NEUTRON DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	5002
NEUTRON DIFFRACTION	f_angle_d	1.302	8571
NEUTRON DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.922	1298
NEUTRON DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	308
NEUTRON DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	936

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.5205	0.2159	132	0.1636	1386	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5205-1.5423	0.1745	135	0.1533	1423	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5423-1.5653	0.1768	128	0.1416	1386	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5653-1.5897	0.1794	137	0.1432	1419	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5897-1.6158	0.1644	127	0.1361	1433	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6158-1.6437	0.1741	124	0.1457	1391	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6437-1.6735	0.1794	128	0.1464	1433	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6735-1.7057	0.1728	138	0.1457	1410	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7057-1.7405	0.199	127	0.1475	1429	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7405-1.7784	0.1813	143	0.1413	1389	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7784-1.8197	0.1535	122	0.1479	1458	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8197-1.8652	0.1597	139	0.1327	1412	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8652-1.9156	0.1543	134	0.1338	1434	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9156-1.972	0.1551	135	0.1348	1403	X-RAY DIFFRACTION	98
1.972-2.0356	0.1798	158	0.1323	1413	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0356-2.1083	0.1838	154	0.1366	1423	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1083-2.1927	0.1508	150	0.13	1416	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1927-2.2924	0.1668	155	0.1319	1412	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2924-2.4132	0.1676	155	0.1318	1416	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4132-2.5643	0.1409	157	0.131	1403	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5643-2.7621	0.1655	160	0.1334	1427	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7621-3.0396	0.1871	156	0.1331	1443	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0396-3.4785	0.1533	144	0.1329	1403	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4785-4.379	0.1447	147	0.1129	1304	X-RAY DIFFRACTION	90
4.379-25.5962	0.1725	132	0.1409	1196	X-RAY DIFFRACTION	79
2-2.0645	0.2927	126	0.2778	1162	NEUTRON DIFFRACTION	86
2.0645-2.1383	0.2794	144	0.2687	1239	NEUTRON DIFFRACTION	88
2.1383-2.2239	0.2779	140	0.2626	1243	NEUTRON DIFFRACTION	91
2.2239-2.325	0.2459	125	0.2581	1226	NEUTRON DIFFRACTION	87
2.325-2.4475	0.2642	137	0.2371	1257	NEUTRON DIFFRACTION	92
2.4475-2.6008	0.2383	153	0.2093	1328	NEUTRON DIFFRACTION	95
2.6008-2.8014	0.2027	142	0.2029	1324	NEUTRON DIFFRACTION	96
2.8014-3.0829	0.2269	149	0.1832	1310	NEUTRON DIFFRACTION	95
3.0829-3.5282	0.2367	143	0.1745	1353	NEUTRON DIFFRACTION	96
3.5282-4.4419	0.1744	152	0.1461	1321	NEUTRON DIFFRACTION	94
4.4419-26.9638	0.1866	148	0.1631	1360	NEUTRON DIFFRACTION	94

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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