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Yorodumi- PDB-3rge: Crystal structure of the W5H mutant of human carbonic anhydrase II -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3rge | ||||||
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Title | Crystal structure of the W5H mutant of human carbonic anhydrase II | ||||||
Components | Carbonic anhydrase 2 | ||||||
Keywords | LYASE / zinc metalloenzyme / W5H mutation | ||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / regulation of intracellular pH / morphogenesis of an epithelium / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.096 Å | ||||||
Authors | Domsic, J.F. / Robbins, A.H. / McKenna, R. | ||||||
Citation | Journal: Arch.Biochem.Biophys. / Year: 2011 Title: Structure and catalysis by carbonic anhydrase II: role of active-site tryptophan 5. Authors: Mikulski, R. / Domsic, J.F. / Ling, G. / Tu, C. / Robbins, A.H. / Silverman, D.N. / McKenna, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3rge.cif.gz | 116.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3rge.ent.gz | 88.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3rge.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/3rge ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/3rge | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3rg3C 3rg4C 2iliS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 29241.000 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: W5H Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CA2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)PLYSS / References: UniProt: P00918, carbonic anhydrase |
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#2: Chemical | ChemComp-ZN / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 42.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 1.2-1.4 M sodium citrate, 100 mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 298 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU RUH3R / Wavelength: 1.5418 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Dec 30, 2009 / Details: mirror | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Rigaku Varimax HR / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.096→30 Å / Num. all: 12848 / Num. obs: 12580 / % possible obs: 87.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 24.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Χ2: 1.043 / Net I/σ(I): 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2ILI Resolution: 2.096→20.755 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 17.7 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.015 Å2 / ksol: 0.381 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 82.11 Å2 / Biso mean: 20.4471 Å2 / Biso min: 2.1 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.18 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.096→20.755 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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