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万見
- PDB-6fjh: Crystal structure of the seleniated LkcE from Streptomyces rochei -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fjh
タイトルCrystal structure of the seleniated LkcE from Streptomyces rochei
要素LkcE
キーワードFLAVOPROTEIN / Amine oxydase / cyclase / Post-PKS enzyme / tayloring enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / OXYGEN MOLECULE / LkcE
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces rochei subsp. volubilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 単波長異常分散 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Dorival, J. / Risser, F. / Jacob, C. / Collin, S. / Drager, G. / Kirschning, A. / Paris, C. / Chagot, B. / Gruez, A. / Weissman, K.J.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyPKS-PPIs / AAP JCJC SVS3 8 2011 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Insights into a dual function amide oxidase/macrocyclase from lankacidin biosynthesis.
著者: Dorival, J. / Risser, F. / Jacob, C. / Collin, S. / Drager, G. / Paris, C. / Chagot, B. / Kirschning, A. / Gruez, A. / Weissman, K.J.
履歴
登録2018年1月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LkcE
B: LkcE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,4078
ポリマ－99,7262
非ポリマー1,6816
水3,531196
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6110 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area32380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.300, 125.300, 154.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 LkcE


分子量: 49863.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces rochei subsp. volubilis (バクテリア)
遺伝子: lkcE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G4V2H3
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル


分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 28% PEG 3350, 200 mM ammonium acetate, 100 mM Bis Tris, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→48.66 Å / Num. obs: 40627 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.585 % / Biso Wilson estimate: 90.38 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rrim(I) all: 0.141 / Χ2: 1.112 / Net I/σ(I): 13.62 / Num. measured all: 308163 / Scaling rejects: 14
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.15-3.27.0070.8022.5818710.7790.86599.3
3.2-47.7610.3247.17189100.9720.347100
4-67.5110.10117.68139700.9950.109100
6-107.3840.05825.5946160.9980.06299.9
10-207.4450.03938.1811170.9990.04299.9
20-48.666.720.03137.411430.9990.03391.7

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
PHASER2.5.2位相決定
SHELXDE位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.15→48.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.431
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 1095 5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.2 21897 99.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 172.62 Å2 / Biso mean: 70.16 Å2 / Biso min: 15.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.8342 Å20 Å20 Å2
2---1.8342 Å20 Å2
3---3.6683 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.37 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.15→48.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6807 0 112 196 7115
Biso mean--54.26 56.01 -
残基数----861
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2412SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes174HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1120HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7118HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion861SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8018SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7118HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg9673HARMONIC21.13
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.82
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.32
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.3 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 143 5.01 %
Rwork0.222 2714 -
all0.225 2857 -
obs--99.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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