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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fhh | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of bat influenza A/H17N10 polymerase with viral RNA promoter bound to a 22-mer modified Pol II CTD peptide with serine 5 thiophosphorylated. | |||||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / Influenza virus / RNA-dependent RNA polymerase / modified Pol II CTD peptide | |||||||||
機能・相同性 | ![]() cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / host cell cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity ...cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / host cell cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Lukarska, M. / Cusack, S. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Towards New Anti-Influenza Therapeutics: Structure-Activity Relationships in the Interaction between Heterotrimeric Influenza Polymerase and Pol II C-terminal domain 著者: Claron, M. / Lukarska, M. / Uhrig, U. / Sehr, P. / Drncova, P. / Lewis, J.D. / Will, D.W. / Cusack, S. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 483.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 378.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 85490.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: N-terminal His-tag C-terminal linker plus TEV protease site 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: PA / 発現宿主: ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 87936.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: N-terminal linker C-terminal linker and TEV protease site 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: PB1 / 発現宿主: ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 91027.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: PB2 / 発現宿主: ![]() |
-RNA鎖 , 2種, 2分子 RV
#4: RNA鎖 | 分子量: 5584.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: vRNA promoter 3' end 由来: (合成) ![]() ![]() |
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#5: RNA鎖 | 分子量: 5248.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: vRNA promoter 5' end 由来: (合成) ![]() ![]() |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 XY
#6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2628.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: Mimic of Pol II CTD with thiophospho-serine at position 5 由来: (合成) ![]() |
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-非ポリマー , 3種, 153分子 ![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#7: 化合物 | ChemComp-PO4 / #8: 化合物 | ChemComp-ZN / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.2 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: Bat FluA polymerase bound to the ends of the RNA promotor (5 prime end nts 1-16, 3 prime end nts 1-18) was co-crystallized in a 1:8 ratio with the thiophospho-serine-5 22-mer Pol II CTD ...詳細: Bat FluA polymerase bound to the ends of the RNA promotor (5 prime end nts 1-16, 3 prime end nts 1-18) was co-crystallized in a 1:8 ratio with the thiophospho-serine-5 22-mer Pol II CTD peptide mimic in 0.8 M sodium-potassium phosphate at pH 5.0. Crystals were set at 4 C using seeding. PH範囲: 5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97242 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 92066 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 2.92 % / CC1/2: 0.996 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 14.34 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 2.69 % / Mean I/σ(I) obs: 1.87 / CC1/2: 0.761 / Rsym value: 0.5 / % possible all: 96.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5m3h 解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 14.635 / SU ML: 0.286 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.685 / ESU R Free: 0.327 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 90.198 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.7→50 Å
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拘束条件 |
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