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- PDB-6fgr: Crystal Structure of the Amyloid-like IIKIIK Segment from the S. ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fgr
タイトルCrystal Structure of the Amyloid-like IIKIIK Segment from the S. aureus Biofilm-associated PSMalpha4
要素Psm alpha-4
キーワードPROTEIN FIBRIL / steric-zipper / cross-beta / bacterial amyloid fibril / S. aureus / PSM
機能・相同性Phenol-soluble modulin alpha peptide / Phenol-soluble modulin alpha peptide family / killing of cells of another organism / Phenol-soluble modulin PSM-alpha-4
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
Model detailsPhenol Soluble Modulin
データ登録者Landau, M. / Colletier, J.-P.
資金援助 イスラエル, 4件
組織認可番号国
Israel Science Foundation560/16 イスラエル
Deutsch-IsraelischeProjektkooperation (DIP)3655/1-1 イスラエル
I-CORE Program of the Planning and Budgeting Committee and The Israel Science Foundation1775/12 イスラエル
United States - Israel Binational Science Foundation (BSF)2013254 イスラエル
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Extreme amyloid polymorphism in Staphylococcus aureus virulent PSM alpha peptides.
著者: Salinas, N. / Colletier, J.P. / Moshe, A. / Landau, M.
履歴
登録2018年1月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年12月25日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.32022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Psm alpha-4
A: Psm alpha-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,7125
ポリマ－1,4582
非ポリマー2543
水543
1
B: Psm alpha-4
A: Psm alpha-4
ヘテロ分子

B: Psm alpha-4
A: Psm alpha-4
ヘテロ分子

B: Psm alpha-4
A: Psm alpha-4
ヘテロ分子

B: Psm alpha-4
A: Psm alpha-4
ヘテロ分子

B: Psm alpha-4
A: Psm alpha-4
ヘテロ分子

B: Psm alpha-4
A: Psm alpha-4
ヘテロ分子

B: Psm alpha-4
A: Psm alpha-4
ヘテロ分子

B: Psm alpha-4
A: Psm alpha-4
ヘテロ分子

B: Psm alpha-4
A: Psm alpha-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,41045
ポリマ－13,12218
非ポリマー2,28827
水32418
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_155x-4,y,z1
crystal symmetry operation1_255x-3,y,z1
crystal symmetry operation1_355x-2,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
crystal symmetry operation1_755x+2,y,z1
crystal symmetry operation1_855x+3,y,z1
crystal symmetry operation1_955x+4,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)4.830, 22.380, 23.060
Angle α, β, γ (deg.)107.000, 90.010, 96.200
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Psm alpha-4


分子量: 729.006 Da / 分子数: 2
断片: Amyloid spine segment IIKIIK from PSMalpha4 (residues 7-12) secreted by S. aureus
由来タイプ: 合成 / 詳細: IIKIIK from PSMalpha4, synthesized
由来: (合成) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: H9BRQ8
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 24.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Reservoir contained 0.2M Ammonium sulfate, 20% polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→18.21 Å / Num. obs: 1397 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 9.89 % / Biso Wilson estimate: 16.205 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.206 / Rrim(I) all: 0.217 / Χ2: 0.835 / Net I/σ(I): 7.18 / Num. measured all: 13816 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.5-1.564.8730.6222.397701771580.7440.69489.3
1.56-1.626.5690.4473.447161471090.920.48474.1
1.62-1.699.5940.5473.7212761341330.8570.57799.3
1.69-1.7810.4580.5214.2612341181180.8790.55100
1.78-1.8710.7420.384.812891211200.9710.39999.2
1.87-1.9911.4240.2517.9714281261250.990.26299.2
1.99-2.1211.7460.268.2915271311300.9770.27299.2
2.12-2.29120.2239.9714641181220.9840.233100
2.29-2.519.5170.2148.64847101890.9920.22688.1
2.51-2.8110.5070.1799.776775730.9960.18897.3
2.81-3.2410.6520.18210.1473569690.9960.19100
3.24-3.9711.3780.1514.284274740.9940.156100
3.97-5.6211.930.12616.5168058570.9890.13298.3
5.62-18.2112.050.09612.38241222010.190.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO / Packing: 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ideal beta-strand of poly-ala

解像度: 1.5→18.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / WRfactor Rfree: 0.2222 / WRfactor Rwork: 0.1868 / FOM work R set: 0.8212 / SU B: 4.347 / SU ML: 0.071 / SU R Cruickshank DPI: 0.3052 / SU Rfree: 0.1113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.305 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2215 140 10 %RANDOM
Rwork0.1828 ---
obs0.1869 1257 95.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 61.86 Å2 / Biso mean: 9.128 Å2 / Biso min: 1.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å2-0.05 Å20 Å2
2---0.3 Å2-0.13 Å2
3---0.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→18.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数102 0 22 3 127
Biso mean--30.37 26.93 -
残基数----12
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02117
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0190.02159
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9032.226148
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9583365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.356510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.7691532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0210
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.1463276
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free8.67651
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.7095285
LS精密化 シェル解像度: 1.502→1.54 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 11 -
Rwork0.264 96 -
all-107 -
obs--93.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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