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万見
- PDB-6fga: Crystal structure of TRIM21 E3 ligase, RING domain in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fga
タイトルCrystal structure of TRIM21 E3 ligase, RING domain in complex with its cognate E2 conjugating enzyme UBE2E1
要素
  • E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1
キーワードLIGASE / RING-type E3 ligase / UBC core domain and Ubiquitination
機能・相同性
機能・相同性情報


ISG15 transferase activity / ISG15-protein conjugation / suppression of viral release by host / protein K27-linked ubiquitination / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / negative regulation of protein deubiquitination / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / regulation of type I interferon production ...ISG15 transferase activity / ISG15-protein conjugation / suppression of viral release by host / protein K27-linked ubiquitination / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / negative regulation of protein deubiquitination / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / regulation of type I interferon production / Phosphorylation of the APC/C / negative regulation of viral transcription / protein K6-linked ubiquitination / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / STING mediated induction of host immune responses / cellular response to chemical stress / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / stress granule disassembly / pyroptotic inflammatory response / ubiquitin conjugating enzyme activity / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / Transcriptional Regulation by VENTX / protein K63-linked ubiquitination / response to type II interferon / protein monoubiquitination / ubiquitin ligase complex / positive regulation of protein binding / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / protein K48-linked ubiquitination / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / proteasomal protein catabolic process / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / protein autoubiquitination / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / positive regulation of cell cycle / positive regulation of autophagy / antiviral innate immune response / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / autophagosome / negative regulation of innate immune response / Assembly of the pre-replicative complex / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / P-body / ISG15 antiviral mechanism / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / protein destabilization / RING-type E3 ubiquitin transferase / Separation of Sister Chromatids / KEAP1-NFE2L2 pathway / protein polyubiquitination / cytoplasmic stress granule / Interferon gamma signaling / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin protein ligase activity / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / regulation of gene expression / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytoplasmic vesicle / positive regulation of viral entry into host cell / transcription coactivator activity / protein ubiquitination / ribonucleoprotein complex / innate immune response / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
zinc finger of C3HC4-type, RING / TRIM21, PRY/SPRY domain / Zinc finger, B-box, chordata / : / Modified RING finger domain / U-box domain / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Ubiquitin Conjugating Enzyme ...zinc finger of C3HC4-type, RING / TRIM21, PRY/SPRY domain / Zinc finger, B-box, chordata / : / Modified RING finger domain / U-box domain / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Butyrophylin-like, SPRY domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Herpes Virus-1 / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Anandapadamanaban, M. / Moche, M. / Sunnerhagen, M.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21-mediated lysine capture by UBE2E1 reveals substrate-targeting mode of a ubiquitin-conjugating E2.
著者: Anandapadamanaban, M. / Kyriakidis, N.C. / Csizmok, V. / Wallenhammar, A. / Espinosa, A.C. / Ahlner, A. / Round, A.R. / Trewhella, J. / Moche, M. / Wahren-Herlenius, M. / Sunnerhagen, M.
履歴
登録2018年1月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21
B: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21
C: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21
D: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21
E: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21
F: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21
G: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21
H: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21
I: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1
J: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1
K: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1
L: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1
M: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1
N: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1
O: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,16435
ポリマ－212,74915
非ポリマー1,41520
水1,964109
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21
E: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21
K: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1
N: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9469
ポリマ－57,5924
非ポリマー3545
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21
C: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21
M: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1
O: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8548
ポリマ－57,5924
非ポリマー2624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21
F: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21
I: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1
L: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,03810
ポリマ－57,5924
非ポリマー4466
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21
H: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21
J: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3278
ポリマ－39,9733
非ポリマー3545
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.835, 95.871, 235.097
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.15, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21 / 52 kDa Ro protein / 52 kDa ribonucleoprotein autoantigen Ro/SS-A / RING finger protein 81 / RING- ...52 kDa Ro protein / 52 kDa ribonucleoprotein autoantigen Ro/SS-A / RING finger protein 81 / RING-type E3 ubiquitin transferase TRIM21 / Ro(SS-A) / Sjoegren syndrome type A antigen / SS-A / Tripartite motif-containing protein 21


分子量: 11176.859 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIM21, RNF81, RO52, SSA1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Ros-2 / 参照: UniProt: P19474, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1 / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme E1 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme E1 / UbcH6 / ...(E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme E1 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme E1 / UbcH6 / Ubiquitin carrier protein E1 / Ubiquitin-protein ligase E1


分子量: 17619.188 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2E1, UBCH6 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Ros-2
参照: UniProt: P51965, E2 ubiquitin-conjugating enzyme, (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100mM Bicine pH 9.0 and 5% w/v PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1.278383 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月28日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.278383 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.82→47.9 Å / Num. obs: 51064 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.81 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.82→2.912 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 1.05 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2694 / CC1/2: 0.705 / Rpim(I) all: 0.42 / Rrim(I) all: 1.13 / % possible all: 50.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
SHELXCD位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.82→47.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 25.399 / SU ML: 0.455 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.453 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29407 2549 5 %RANDOM
Rwork0.25283 ---
obs0.25492 48491 91.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 90.688 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.89 Å2-0 Å2-0.56 Å2
2--0.54 Å2-0 Å2
3----1.37 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.82→47.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13057 0 40 109 13206
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01313374
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01712441
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4671.6518157
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3091.57229027
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.41351652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.37821.963657
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.144152304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8361594
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.21793
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214698
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022672
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.4839.6156653
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.4799.6156652
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.45514.3988290
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other10.45414.3988291
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.68110.0056721
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.68110.0056722
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.50414.8049868
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined18.30153425
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other18.29953411
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.816→2.889 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 99 -
Rwork0.365 1802 -
obs--47.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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