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- PDB-2oxq: Structure of the UbcH5 :CHIP U-box complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oxq
タイトルStructure of the UbcH5 :CHIP U-box complex
要素
  • STIP1 homology and U-Box containing protein 1
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2D 1
キーワードLIGASE / protein-protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Regulation of TNFR1 signaling / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-protein ligase / Ovarian tumor domain proteases / Neddylation / regulation of glucocorticoid metabolic process / cerebellar Purkinje cell layer structural organization / TPR domain binding / ubiquitin conjugating enzyme activity ...Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Regulation of TNFR1 signaling / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-protein ligase / Ovarian tumor domain proteases / Neddylation / regulation of glucocorticoid metabolic process / cerebellar Purkinje cell layer structural organization / TPR domain binding / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K48-linked ubiquitination / Hsp70 protein binding / positive regulation of protein ubiquitination / Hsp90 protein binding / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CHIP, N-terminal tetratricopeptide repeat domain / CHIP/LubX , U box domain / CHIP N-terminal tetratricopeptide repeat domain / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / U-box domain / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme ...CHIP, N-terminal tetratricopeptide repeat domain / CHIP/LubX , U box domain / CHIP N-terminal tetratricopeptide repeat domain / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / U-box domain / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Herpes Virus-1 / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D1b / E3 ubiquitin-protein ligase CHIP
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Xu, Z. / Nix, J.C. / Devlin, K.I. / Misra, S.
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2008
タイトル: Interactions between the quality control ubiquitin ligase CHIP and ubiquitin conjugating enzymes.
著者: Xu, Z. / Kohli, E. / Devlin, K.I. / Bold, M. / Nix, J.C. / Misra, S.
履歴
登録2007年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2D 1
B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2D 1
C: STIP1 homology and U-Box containing protein 1
D: STIP1 homology and U-Box containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3387
ポリマ－52,2324
非ポリマー1063
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.042, 93.399, 144.009
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2D 1 / UBC4/5 homolog / yeast


分子量: 17057.529 Da / 分子数: 2 / 断片: UbcH5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: ube2d1 / プラスミド: pHis-parallel / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosseta2(DE3) / 参照: UniProt: Q6PC58, ubiquitin-protein ligase
#2: タンパク質 STIP1 homology and U-Box containing protein 1


分子量: 9058.354 Da / 分子数: 2 / 断片: U-box domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: stub1 / プラスミド: pHis-parallel / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: Q7ZTZ6
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 1.65M Ammonium Sulfate, 0.09M Bistris, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.24 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月7日
詳細: Rosenbaum-Rock monochromator 1: high-resolution double-crystal sagittal focusing, Rosenbaum-Rock monochromator 2: double crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.24 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→55 Å / Num. all: 24307 / Num. obs: 24283 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 85.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.42 % / Rmerge(I) obs: 0.466 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 2387 / Rsym value: 0.466 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
d*TREKデータスケーリング
CNS精密化
d*TREKデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2F42, 2esk

2f42

2esk


解像度: 2.9→53.23 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: thoughout / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 1089 -random
Rwork0.24 ---
all-24314 --
obs-22661 93.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.69 Å20 Å20 Å2
2--25.88 Å20 Å2
3----16.19 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.53 Å0.45 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.84 Å0.71 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→53.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3518 0 3 4 3525
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.11
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.038
Rfactor反射数%反射
Rfree0.479 161 -
Rwork0.412 --
obs-3193 84.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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