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- PDB-6ffy: Structure of the mouse SorCS2-NGF complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ffy
タイトルStructure of the mouse SorCS2-NGF complex
要素
  • Beta-nerve growth factor
  • VPS10 domain-containing receptor SorCS2
キーワードAPOPTOSIS / SorCS2 / proNGF / p75NTR / VPS10 / Sortilin / neuroplasticity
機能・相同性
機能・相同性情報


TRKA activation by NGF / NFG and proNGF binds to p75NTR / NADE modulates death signalling / NGF processing / Axonal growth stimulation / Frs2-mediated activation / positive regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / PI3K/AKT activation / negative regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / ARMS-mediated activation ...TRKA activation by NGF / NFG and proNGF binds to p75NTR / NADE modulates death signalling / NGF processing / Axonal growth stimulation / Frs2-mediated activation / positive regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / PI3K/AKT activation / negative regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / ARMS-mediated activation / nerve growth factor receptor binding / NRIF signals cell death from the nucleus / p75NTR recruits signalling complexes / sensory perception of hot stimulus / positive regulation of neuron maturation / death receptor agonist activity / Retrograde neurotrophin signalling / NF-kB is activated and signals survival / cell proliferation in forebrain / metalloendopeptidase inhibitor activity / nerve growth factor signaling pathway / nerve development / regulation of neurotransmitter secretion / positive regulation of collateral sprouting / peripheral nervous system development / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of Ras protein signal transduction / long-term synaptic depression / regulation of neuron differentiation / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / positive regulation of stem cell proliferation / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of axon extension / neuron projection morphogenesis / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of neuron differentiation / sensory perception of pain / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / positive regulation of protein ubiquitination / endosome lumen / adult locomotory behavior / growth factor activity / circadian rhythm / intracellular protein transport / positive regulation of neuron projection development / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / recycling endosome membrane / neuron differentiation / memory / neuron projection development / synaptic vesicle / positive regulation of cell growth / neuron apoptotic process / early endosome membrane / dendritic spine / negative regulation of neuron apoptotic process / perikaryon / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell population proliferation / postsynaptic density / endoplasmic reticulum lumen / axon / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / dendrite / lipid binding / : / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nerve growth factor, beta subunit, mammalian / Nerve growth factor, beta subunit / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like / Nerve growth factor family / Nerve growth factor family signature. / Nerve growth factor family profile. / Nerve growth factor (NGF or beta-NGF) / VPS10 ...Nerve growth factor, beta subunit, mammalian / Nerve growth factor, beta subunit / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like / Nerve growth factor family / Nerve growth factor family signature. / Nerve growth factor family profile. / Nerve growth factor (NGF or beta-NGF) / VPS10 / Sortilin, C-terminal / Sortilin, N-terminal / : / Sortilin, neurotensin receptor 3, C-terminal / Sortilin, neurotensin receptor 3, / Vacuolar protein sorting 10 protein (Vps10p) domain profile. / VPS10 / PKD domain / PKD domain / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / PKD domain / PKD domain superfamily / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-nerve growth factor / VPS10 domain-containing receptor SorCS2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Leloup, N.O.L. / Janssen, B.J.C.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
ManiFold Marie Curie FP7317371 オランダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural insights into SorCS2-Nerve Growth Factor complex formation.
著者: Leloup, N. / Chataigner, L.M.P. / Janssen, B.J.C.
履歴
登録2018年1月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VPS10 domain-containing receptor SorCS2
B: Beta-nerve growth factor
C: Beta-nerve growth factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,0887
ポリマ－137,8383
非ポリマー1,2504
水00
1
A: VPS10 domain-containing receptor SorCS2
B: Beta-nerve growth factor
C: Beta-nerve growth factor
ヘテロ分子

A: VPS10 domain-containing receptor SorCS2
B: Beta-nerve growth factor
C: Beta-nerve growth factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)278,17514
ポリマ－275,6756
非ポリマー2,5008
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area18930 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area111810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)229.755, 117.706, 90.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.87, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 VPS10 domain-containing receptor SorCS2


分子量: 109115.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sorcs2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9EPR5
#2: タンパク質 Beta-nerve growth factor / Beta-NGF


分子量: 14361.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ngf, Ngfb / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01139
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.94 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 / 詳細: 0.225 M MES/bis-tris pH 6.6 and 6.6 % w/v PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.99998 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→61 Å / Num. obs: 25900 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.34 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 3.6→3.85 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4621 / CC1/2: 0.178 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EAX,4MSL,1WGO,4AQO

4eax

4msl

1wgo

4aqo


解像度: 3.9→60.841 Å / SU ML: 0.63 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 1045 5.12 %
Rwork0.2583 --
obs0.2607 20399 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.9→60.841 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9030 0 81 0 9111
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039329
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61212699
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.015558
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471462
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051608
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.9-4.10560.35461480.33462722X-RAY DIFFRACTION100
4.1056-4.36270.37511620.29452745X-RAY DIFFRACTION100
4.3627-4.69950.27681560.25962737X-RAY DIFFRACTION100
4.6995-5.17220.30441400.24862769X-RAY DIFFRACTION100
5.1722-5.92010.30081380.26662785X-RAY DIFFRACTION100
5.9201-7.45650.31521410.27492775X-RAY DIFFRACTION100
7.4565-60.84880.27781600.21872821X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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