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- PDB-6fdo: Rio2 structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fdo
タイトルRio2 structure
要素Serine/threonine-protein kinase RIO2
キーワードHYDROLASE / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ribosomal small subunit export from nucleus / positive regulation of rRNA processing / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / preribosome, small subunit precursor / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / maturation of SSU-rRNA / protein autophosphorylation / ribosomal small subunit biogenesis / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity ...positive regulation of ribosomal small subunit export from nucleus / positive regulation of rRNA processing / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / preribosome, small subunit precursor / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / maturation of SSU-rRNA / protein autophosphorylation / ribosomal small subunit biogenesis / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase Rio2 / RIO2 kinase winged helix domain, N-terminal / Rio2, N-terminal / RIO kinase, conserved site / RIO1/ZK632.3/MJ0444 family signature. / RIO kinase / RIO-like kinase / : / RIO domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Serine/threonine-protein kinase Rio2 / RIO2 kinase winged helix domain, N-terminal / Rio2, N-terminal / RIO kinase, conserved site / RIO1/ZK632.3/MJ0444 family signature. / RIO kinase / RIO-like kinase / : / RIO domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase RIO2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Fribourg, S.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR RIBOPRE40S フランス
引用ジャーナル: Rna Biol. / 年: 2019
タイトル: In vitro dimerization of human RIO2 kinase.
著者: Maurice, F. / Perebaskine, N. / Thore, S. / Fribourg, S.
履歴
登録2017年12月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct_keywords
Item: _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text
改定 1.22019年9月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase RIO2
B: Serine/threonine-protein kinase RIO2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,4642
ポリマ－81,4642
非ポリマー00
水1,09961
1
A: Serine/threonine-protein kinase RIO2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7321
ポリマ－40,7321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine/threonine-protein kinase RIO2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7321
ポリマ－40,7321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.555, 67.555, 312.195
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase RIO2 / RIO kinase 2


分子量: 40732.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RIOK2
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9BVS4, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Morpheus D2

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→42.69 Å / Num. obs: 279056 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 83.28 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rpim(I) all: 0.0578 / Net I/σ(I): 8.73
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 12.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.49 / Num. unique obs: 31169 / CC1/2: 0.493 / Rpim(I) all: 0.7321 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.6→42.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU R Cruickshank DPI: 0.449 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.402 / SU Rfree Blow DPI: 0.271 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.282
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1193 4.85 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.198 24612 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 81.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.1775 Å20 Å20 Å2
2--4.1775 Å20 Å2
3----8.3549 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→42.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4614 0 0 61 4675
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014714HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.26357HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1675SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes798HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4714HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.68
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.96
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion591SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5297SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3326 147 4.92 %
Rwork0.2294 2838 -
all0.2343 2985 -
obs--99.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.722-0.05620.57222.2370.20942.65830.03250.24510.01680.1252-0.0413-0.2182-0.10630.60580.0087-0.41360.1184-0.071-0.2161-0.1043-0.43570.4745-8.782211.1506
23.0454-0.84020.15723.6990.31321.7514-0.09130.0837-0.55470.1679-0.12620.60030.1406-0.26710.2175-0.44640.1169-0.0169-0.3486-0.2238-0.251547.61-19.79518.4806
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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