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- PDB-6fd8: Gamma-s crystallin dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fd8
タイトルGamma-s crystallin dimer
要素Beta-crystallin S
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Crystallin / eye lens / vision / cataract.
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / visual perception / morphogenesis of an epithelium
類似検索 - 分子機能
Crystallins / Gamma-B Crystallin; domain 1 / Beta/Gamma crystallin / : / Crystallins beta and gamma 'Greek key' motif profile. / Beta/gamma crystallins / Beta/gamma crystallin / Gamma-crystallin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-crystallin S
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Mabbitt, P.D. / Thorn, D.C. / Jackson, C.J. / Carver, J.A.
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2019
タイトル: The Structure and Stability of the Disulfide-Linked γS-Crystallin Dimer Provide Insight into Oxidation Products Associated with Lens Cataract Formation.
著者: David C Thorn / Aidan B Grosas / Peter D Mabbitt / Nicholas J Ray / Colin J Jackson / John A Carver /
要旨: The reducing environment in the eye lens diminishes with age, leading to significant oxidative stress. Oxidation of lens crystallin proteins is the major contributor to their destabilization and ...The reducing environment in the eye lens diminishes with age, leading to significant oxidative stress. Oxidation of lens crystallin proteins is the major contributor to their destabilization and deleterious aggregation that scatters visible light, obscures vision, and ultimately leads to cataract. However, the molecular basis for oxidation-induced aggregation is unknown. Using X-ray crystallography and small-angle X-ray scattering, we describe the structure of a disulfide-linked dimer of human γS-crystallin that was obtained via oxidation of C24. The γS-crystallin dimer is stable at glutathione concentrations comparable to those in aged and cataractous lenses. Moreover, dimerization of γS-crystallin significantly increases the protein's propensity to form large insoluble aggregates owing to non-cooperative domain unfolding, as is observed in crystallin variants associated with early-onset cataract. These findings provide insight into how oxidative modification of crystallins contributes to cataract and imply that early-onset and age-related forms of the disease share comparable development pathways.
履歴
登録2017年12月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.22019年2月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-crystallin S
B: Beta-crystallin S


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0682
ポリマ－42,0682
非ポリマー00
水2,288127
1
A: Beta-crystallin S

B: Beta-crystallin S


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0682
ポリマ－42,0682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
単位格子
Length a, b, c (Å)49.632, 52.365, 53.972
Angle α, β, γ (deg.)108.72, 111.46, 105.50
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Beta-crystallin S / Gamma-S-crystallin / Gamma-crystallin S


分子量: 21033.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRYGS, CRYG8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22914
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.49 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium tartrate dibasic dihydrate (pH 7.3), 20% w/v polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→43.114 Å / Num. obs: 23548 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 2.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Rpim(I) all: 0.022 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.2107 Å / Num. unique obs: 2372 / % possible all: 94.35

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VH1

5vh1


解像度: 2.1→43.114 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 35.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2731 1044 4.46 %
Rwork0.226 --
obs0.2283 23387 92.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.114 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2892 0 0 127 3019
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082978
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9434018
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.1741752
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059384
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006526
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.21070.38571300.32133218X-RAY DIFFRACTION94
2.2107-2.34920.4143960.37463088X-RAY DIFFRACTION88
2.3492-2.53060.37761670.28843193X-RAY DIFFRACTION94
2.5306-2.78520.33241600.27843225X-RAY DIFFRACTION94
2.7852-3.18820.2989900.24163307X-RAY DIFFRACTION95
3.1882-4.01630.27421400.19573135X-RAY DIFFRACTION91
4.0163-43.12350.2172610.15913177X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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