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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fcx | ||||||
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タイトル | Structure of human 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) | ||||||
要素 | Methylenetetrahydrofolate reductaseメチレンテトラヒドロ葉酸還元酵素 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / one carbon metabolism / rossmann fold (ロスマンフォールド) / S-adenosyl-methionine (S-アデノシルメチオニン) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 methylenetetrahydrofolate reductase (NADPH) / response to vitamin B2 / methylenetetrahydrofolate reductase (NADPH) activity / methylenetetrahydrofolate reductase (NAD(P)H) activity / methionine metabolic process / modified amino acid binding / homocysteine metabolic process / S-adenosylmethionine metabolic process / methionine biosynthetic process / Metabolism of folate and pterines ...methylenetetrahydrofolate reductase (NADPH) / response to vitamin B2 / methylenetetrahydrofolate reductase (NADPH) activity / methylenetetrahydrofolate reductase (NAD(P)H) activity / methionine metabolic process / modified amino acid binding / homocysteine metabolic process / S-adenosylmethionine metabolic process / methionine biosynthetic process / Metabolism of folate and pterines / response to folic acid / tetrahydrofolate interconversion / heterochromatin organization / response to amino acid / FAD binding / response to interleukin-1 / neural tube closure / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / protein-containing complex binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Kopec, J. / Bezerra, G.A. / Oberholzer, A.E. / Rembeza, E. / Sorrell, F.J. / Chalk, R. / Borkowska, O. / Ellis, K. / Kupinska, K. / Krojer, T. ...Kopec, J. / Bezerra, G.A. / Oberholzer, A.E. / Rembeza, E. / Sorrell, F.J. / Chalk, R. / Borkowska, O. / Ellis, K. / Kupinska, K. / Krojer, T. / Burgess-Brown, N. / Von Delft, F. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Bountra, C. / Froese, D.S. / Baumgartner, M. / Yue, W.W. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Structural basis for the regulation of human 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase by phosphorylation and S-adenosylmethionine inhibition. 著者: Froese, D.S. / Kopec, J. / Rembeza, E. / Bezerra, G.A. / Oberholzer, A.E. / Suormala, T. / Lutz, S. / Chalk, R. / Borkowska, O. / Baumgartner, M.R. / Yue, W.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6fcx.cif.gz | 469 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6fcx.ent.gz | 396.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6fcx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/6fcx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/6fcx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 70550.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MTHFR 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P42898, methylenetetrahydrofolate reductase [NAD(P)H] #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.08 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M Sodium Citrate tribasic, 22.5% PEG4K, 5% 2-propanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9281 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月14日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9281 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→96.512 Å / Num. all: 64233 / Num. obs: 479094 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 70.51 Å2 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.093 / Rsym value: 0.086 / Net I/av σ(I): 5 / Net I/σ(I): 12.8 / Num. measured all: 479094 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→63.971 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 29.76 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→63.971 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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