PDB-6fc3: Crystal structure of the eIF4E-p20 complex from Saccharomyces cer...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fc3

タイトル

Crystal structure of the eIF4E-p20 complex from Saccharomyces cerevisiae

要素

Cap-associated protein CAF20
Eukaryotic translation initiation factor 4E

キーワード

TRANSLATION / Translation Translational control Gene expression 4E-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

: / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / positive regulation of formation of translation preinitiation complex / Deadenylation of mRNA / positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / eukaryotic initiation factor 4E binding / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / mRNA cap binding / RNA 7-methylguanosine cap binding / phosphatidylinositol-3-phosphate binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Gruener, S. / Valkov, E.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Structural motifs in eIF4G and 4E-BPs modulate their binding to eIF4E to regulate translation initiation in yeast.
著者: Gruner, S. / Weber, R. / Peter, D. / Chung, M.Y. / Igreja, C. / Valkov, E. / Izaurralde, E.

履歴

登録	2017年12月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fc3.cif.gz	148.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fc3.ent.gz	119.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fc3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6fc3_validation.pdf.gz	445.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fc3_full_validation.pdf.gz	447 KB	表示
XML形式データ	6fc3_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	6fc3_validation.cif.gz	18.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/6fc3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/6fc3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fbzSC 6fc0C 6fc1C 6fc2C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6gei-d 5oaq-d 6gee-d 4fw3-3 6gek-1 5hx1-2 6ge5-d 1nfu-d 6hil-2 6ge4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (11) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Eukaryotic translation initiation factor 4E

B: Cap-associated protein CAF20

ヘテロ分子

27.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.016, 62.755, 44.732
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.99, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-559- HOH

#1: タンパク質	Eukaryotic translation initiation factor 4E / eIF4E / eIF-4F 25 kDa subunit / mRNA cap-binding protein 分子量: 20806.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CDC33, TIF45, YOL139C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P07260
#2: タンパク質	Cap-associated protein CAF20 / 20 kDa cap-associated protein / CCR4-associated factor 2 / p20 分子量: 6202.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CAF20, CAF2, CAP20, YOR276W, O5453W / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P12962
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.48 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Na-acetate (pH 5.0) 13% (w/v) PEG 6000 10 mM ZnCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→48.78 Å / Num. obs: 27294 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.2 % / R_sym value: 0.114 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1510 / CC_1/2: 0.454 / R_sym value: 1.056 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6FBZ, chain A

6fbz

解像度: 1.75→42.78 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2165	2596	4.98 %
R_work	0.1815	-	-
obs	0.1832	52161	97.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→42.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1781	0	8	210	1999

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.02	1859
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.031	2510
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.358	1104
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	272
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	322

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.7818	0.2904	106	0.3016	2648	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7818-1.8161	0.3074	146	0.2923	2624	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8161-1.8532	0.2966	150	0.2782	2561	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8532-1.8935	0.3109	128	0.2688	2589	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8935-1.9375	0.3325	130	0.2609	2640	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9375-1.986	0.2402	98	0.2281	2652	X-RAY DIFFRACTION	99
1.986-2.0397	0.2726	154	0.2132	2631	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0397-2.0997	0.2373	132	0.1987	2615	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0997-2.1674	0.2204	153	0.1786	2591	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1674-2.2449	0.1899	177	0.1751	2602	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2449-2.3348	0.2163	127	0.1736	2568	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3348-2.441	0.2285	119	0.1714	2613	X-RAY DIFFRACTION	97
2.441-2.5697	0.1912	145	0.1688	2567	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5697-2.7307	0.2425	137	0.1645	2641	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7307-2.9415	0.1945	124	0.1559	2615	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9415-3.2374	0.2041	161	0.1587	2643	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2374-3.7056	0.1719	137	0.1423	2634	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7056-4.6678	0.1861	153	0.1383	2543	X-RAY DIFFRACTION	96
4.6678-42.7929	0.1966	119	0.186	2588	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1958	-0.2365	0.3164	2.205	-1.772	2.3324	-0.0969	-0.3154	0.0073	0.169	0.1456	0.1794	-0.2349	-0.3792	-0.0031	0.139	0.0502	0.0131	0.1862	-0.006	0.1328	25.8534	59.9571	20.9285
2	0.2845	1.1278	-0.85	4.4214	-3.5478	4.5228	-0.0429	0.0369	-0.204	-0.2945	0.0717	-0.0383	0.0734	-0.3905	-0.3175	0.2567	-0.1139	0.2123	0.6271	0.2621	0.3597	21.2738	44.9792	33.974
3	1.9036	-0.7808	0.5739	2.9739	-0.9244	1.5083	-0.1534	-0.1713	0.0362	0.1122	0.0907	0.0259	-0.1164	-0.1876	0.0586	0.1062	0.0213	0.0095	0.1165	-0.022	0.0581	30.4793	60.1075	20.9451
4	2.153	0.7169	-0.5564	2.749	0.8853	2.6223	0.0013	-0.2617	-0.1076	0.0533	0.005	0.5911	-0.0941	-0.5429	0.0989	0.1356	0.0219	0.0329	0.2281	0.0352	0.211	21.7542	48.7089	12.402
5	3.1297	-0.6601	0.1915	3.6378	-0.8177	2.7053	0.0336	0.0848	-0.0295	-0.1361	-0.0143	0.0906	0.0716	-0.022	-0.0416	0.0886	0.0025	0.001	0.0716	-0.0242	0.067	33.0267	53.6175	11.7015
6	5.8863	-0.293	0.6344	3.6513	0.4487	2.9209	-0.0394	0.212	-0.0031	-0.1988	0.0322	0.165	-0.043	-0.1239	0.0195	0.1249	-0.0076	-0.0012	0.0704	-0.0109	0.0666	29.1469	47.9329	3.2955
7	2.1279	0.1287	-1.247	1.1996	-1.1348	5.1285	0.0863	-0.4438	-0.8133	0.5137	0.1002	0.3879	0.6251	-0.3372	0.0877	0.3499	-0.093	0.0368	0.2433	0.0977	0.3734	23.212	37.3326	9.377
8	4.894	-1.9721	5.0349	3.2297	-1.2971	6.6127	0.0008	0.1849	0.2968	-0.0826	-0.0854	-0.0747	-0.1379	0.2536	0.0503	0.1634	-0.0055	-0.0101	0.0401	0.0209	0.143	30.0061	68.2965	4.3438
9	6.9621	2.2333	-1.8735	1.3451	-1.5113	7.265	-0.3228	0.028	0.8026	0.2345	0.4557	-0.0015	-0.8632	0.3362	-0.3233	0.4211	0.0435	-0.0581	0.237	-0.1241	0.312	33.2901	70.4735	24.6044
10	6.1943	-2.7799	0.5504	2.8753	0.2849	2.9065	-0.2176	-0.7611	-0.4321	0.2356	0.413	0.1542	0.0653	-0.275	-0.1531	0.1506	-0.0004	0.0024	0.2919	0.0256	0.121	37.3113	49.6404	34.8672

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 35 through 53 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 54 through 61 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 62 through 97 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 98 through 119 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 120 through 161 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 162 through 198 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 199 through 213 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid -2 through 12 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 13 through 23 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 24 through 45 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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