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万見
- PDB-6fba: Crystal Structure of truncated aspartate transcarbamoylase from P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fba
タイトルCrystal Structure of truncated aspartate transcarbamoylase from Plasmodium falciparum with bound inhibitor 2,3-naphthalenediol
要素(Aspartate transcarbamoylase) x 2
キーワードTRANSFERASE / Falciparum Malaria Pyrimidine biosynthesis Trimer Hit Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / amino acid metabolic process / amino acid binding / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / membrane
類似検索 - 分子機能
Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Rossmann fold ...Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
naphthalene-2,3-diol / MALONATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / aspartate carbamoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lunev, S. / Bosch, S.S. / Batista, F.A. / Wang, C. / Wrenger, C. / Groves, M.R.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: Identification of a non-competitive inhibitor of Plasmodium falciparum aspartate transcarbamoylase.
著者: Lunev, S. / Bosch, S.S. / Batista, F.A. / Wang, C. / Li, J. / Linzke, M. / Kruithof, P. / Chamoun, G. / Domling, A.S.S. / Wrenger, C. / Groves, M.R.
履歴
登録2017年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartate transcarbamoylase
B: Aspartate transcarbamoylase
C: Aspartate transcarbamoylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,70119
ポリマ－121,0683
非ポリマー1,63316
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9580 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area36720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.757, 86.757, 138.151
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Aspartate transcarbamoylase


分子量: 40350.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: ATCase / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15804, aspartate carbamoyltransferase
#2: タンパク質 Aspartate transcarbamoylase


分子量: 40366.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CYS 212 was modelled as CSO
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: ATCase / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15804, aspartate carbamoyltransferase

-
非ポリマー , 8種, 158分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-D48 / naphthalene-2,3-diol / 2,3-ジヒドロキシナフタレン


分子量: 160.169 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H8O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.49 % / 解説: Trimer
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM Bis-tris propane pH 7.5 200 mM Na-sulphate 15 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→75.14 Å / Num. all: 228939 / Num. obs: 74373 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 1.45 / 冗長度: 3.16 % / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 11.46
反射 シェル解像度: 2.05→2.17 Å / 冗長度: 3.185 % / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / Num. unique obs: 11695 / CC1/2: 0.506 / Rrim(I) all: 0.988 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
DIMPLEモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ILQ

5ilq


解像度: 2→75.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 11.505 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.151 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22526 3991 5.1 %RANDOM
Rwork0.18417 ---
obs0.18621 74373 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 43.799 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.52 Å20.26 Å20 Å2
2--0.52 Å20 Å2
3----1.69 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→75.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7826 0 106 142 8074
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0198074
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.027518
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3071.96910888
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2172.99717507
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6325963
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.22825.171381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.357151494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.491533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.140.21241
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.028781
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021580
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9322.4933864
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.932.4923863
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9963.7264823
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9963.7284824
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6182.8124210
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6082.8124210
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9014.0876066
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.39648.10834645
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.39548.10834645
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 264 -
Rwork0.336 5486 -
obs--99.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.44170.0906-0.05173.481.24211.66940.01290.07870.11650.0725-0.06890.29930.0277-0.23350.0560.0449-0.02740.01740.0910.01340.188461.909844.0301-135.9273
23.3510.34540.28462.4098-0.08090.98970.0125-0.2655-0.46330.3978-0.03330.08940.2435-0.2510.02080.1447-0.080.04990.1875-0.05940.236456.465621.9972-134.1156
32.9947-0.61081.3482.4280.91132.3038-0.076-0.03950.20120.00110.04330.007-0.0749-0.03910.03270.035-0.00120.05710.0076-0.0210.186480.66963.8459-127.633
41.61580.173-0.72572.34931.01111.37140.0218-0.2306-0.21450.3354-0.16270.15560.1174-0.20180.14080.10230.0114-0.02770.1580.00240.269562.548976.8604-119.0308
53.43310.49620.35091.0258-0.00510.48940.06080.0518-0.1735-0.0154-0.0598-0.04820.16760.0663-0.0010.11050.02450.01020.0155-0.010.094193.184638.7128-132.9926
60.971-0.13460.09191.36520.45093.0787-0.0704-0.27460.11130.2068-0.0195-0.08840.02570.1440.08990.0390.01110.00680.0933-0.00980.1708107.972142.0906-118.7713
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A47 - 193
2X-RAY DIFFRACTION2A194 - 373
3X-RAY DIFFRACTION3B47 - 181
4X-RAY DIFFRACTION4B182 - 373
5X-RAY DIFFRACTION5C47 - 213
6X-RAY DIFFRACTION6C214 - 373

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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