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万見
- PDB-6fav: Crystal structure of C-terminal modified Tau peptide-hybrid 4.2f-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fav
タイトルCrystal structure of C-terminal modified Tau peptide-hybrid 4.2f-I with 14-3-3sigma
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • ACE-ARG-THR-PRO-SEP-LEU-PRO-GLY
  • THR-PRO-SEP-LEU-PRO-GLY
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Tau 14-3-3 Alzheimer
機能・相同性
機能・相同性情報


plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / neurofibrillary tangle assembly / positive regulation of diacylglycerol kinase activity / axonal transport / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / positive regulation of protein localization to synapse / microtubule lateral binding / tubulin complex ...plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / neurofibrillary tangle assembly / positive regulation of diacylglycerol kinase activity / axonal transport / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / positive regulation of protein localization to synapse / microtubule lateral binding / tubulin complex / phosphatidylinositol bisphosphate binding / main axon / regulation of long-term synaptic depression / negative regulation of kinase activity / negative regulation of tubulin deacetylation / generation of neurons / positive regulation of protein localization / rRNA metabolic process / internal protein amino acid acetylation / regulation of chromosome organization / regulation of mitochondrial fission / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / axonal transport of mitochondrion / intracellular distribution of mitochondria / positive regulation of epidermal cell differentiation / axon development / keratinocyte development / keratinization / central nervous system neuron development / regulation of microtubule polymerization / microtubule polymerization / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / lipoprotein particle binding / dynactin binding / glial cell projection / apolipoprotein binding / negative regulation of mitochondrial membrane potential / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / protein polymerization / axolemma / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of mitochondrial fission / negative regulation of keratinocyte proliferation / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / establishment of skin barrier / positive regulation of axon extension / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / regulation of microtubule cytoskeleton organization / Activation of AMPK downstream of NMDARs / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / cytoplasmic microtubule organization / supramolecular fiber organization / negative regulation of stem cell proliferation / regulation of cellular response to heat / stress granule assembly / RHO GTPases activate PKNs / regulation of calcium-mediated signaling / axon cytoplasm / positive regulation of microtubule polymerization / somatodendritic compartment / synapse assembly / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / protein sequestering activity / protein kinase A signaling / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / phosphatidylinositol binding / nuclear periphery / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / cellular response to nerve growth factor stimulus / positive regulation of protein export from nucleus / positive regulation of superoxide anion generation / stem cell proliferation / protein phosphatase 2A binding / regulation of autophagy / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / astrocyte activation / TP53 Regulates Metabolic Genes / response to lead ion / synapse organization / microglial cell activation / negative regulation of protein kinase activity / Hsp90 protein binding / PKR-mediated signaling / protein homooligomerization / regulation of synaptic plasticity / memory / microtubule cytoskeleton organization / SH3 domain binding / cellular response to reactive oxygen species / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / microtubule cytoskeleton
類似検索 - 分子機能
14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / : / Microtubule associated protein, tubulin-binding repeat / Microtubule-associated protein Tau / Tau and MAP protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat signature. / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat profile. / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. ...14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / : / Microtubule associated protein, tubulin-binding repeat / Microtubule-associated protein Tau / Tau and MAP protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat signature. / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat profile. / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-D3Q / Microtubule-associated protein tau / 14-3-3 protein sigma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Andrei, S.A. / Meijer, F.A. / Ottmann, C. / Milroy, L.G.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
オランダ
引用ジャーナル: ACS Chem Neurosci / 年: 2018
タイトル: Inhibition of 14-3-3/Tau by Hybrid Small-Molecule Peptides Operating via Two Different Binding Modes.
著者: Andrei, S.A. / Meijer, F.A. / Neves, J.F. / Brunsveld, L. / Landrieu, I. / Ottmann, C. / Milroy, L.G.
履歴
登録2017年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年2月27日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
B: ACE-ARG-THR-PRO-SEP-LEU-PRO-GLY
C: 14-3-3 protein sigma
D: THR-PRO-SEP-LEU-PRO-GLY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,29113
ポリマ－54,5704
非ポリマー7219
水12,448691
1
A: 14-3-3 protein sigma
B: ACE-ARG-THR-PRO-SEP-LEU-PRO-GLY
ヘテロ分子

C: 14-3-3 protein sigma
D: THR-PRO-SEP-LEU-PRO-GLY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,29113
ポリマ－54,5704
非ポリマー7219
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_455x-1/2,-y+1/2,-z1
Buried area5370 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area22440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.789, 70.140, 128.259
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AC

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26542.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947

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タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 BD

#2: タンパク質・ペプチド ACE-ARG-THR-PRO-SEP-LEU-PRO-GLY


分子量: 833.847 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10636*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド THR-PRO-SEP-LEU-PRO-GLY


分子量: 650.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10636*PLUS

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非ポリマー , 4種, 700分子

#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-D3Q / (2~{R})-2-[(~{R})-(3-methoxyphenyl)-phenyl-methyl]pyrrolidine


分子量: 267.365 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H21NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 691 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.47 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 26% PEG400, 10 mM HEPES pH 7.1, 5% glycerol, 0.19 M CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→47.33 Å / Num. obs: 112108 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 14.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 14.3 / Num. measured all: 1357871 / Scaling rejects: 31
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.4-1.4211.81.2276543355290.6210.371.2832.2100
7.67-47.3312.40.04199568000.9990.0120.04343.399.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.72 Å47.33 Å
Translation5.72 Å47.33 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.7.18位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HF3

5hf3


解像度: 1.4→47.329 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.171 5606 5.01 %
Rwork0.1444 106400 -
obs0.1457 112006 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 72.02 Å2 / Biso mean: 22.8227 Å2 / Biso min: 8.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→47.329 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3696 0 47 693 4436
Biso mean--27.48 34.26 -
残基数----471
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074241
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9085789
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061629
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006772
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.6321698
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.4-1.41590.27971730.237134893662
1.4159-1.43260.29451840.220535313715
1.4326-1.450.24471570.204835243681
1.45-1.46840.21471810.189335213702
1.4684-1.48770.21622000.169634943694
1.4877-1.50810.22051840.167934993683
1.5081-1.52960.19741920.162635423734
1.5296-1.55250.20572090.155734453654
1.5525-1.57670.18381690.140735173686
1.5767-1.60260.16151900.130835323722
1.6026-1.63020.16071820.131635253707
1.6302-1.65990.1721650.128935303695
1.6599-1.69180.18581870.128835143701
1.6918-1.72630.16782050.134535033708
1.7263-1.76390.19331770.12935373714
1.7639-1.80490.161700.129335513721
1.8049-1.850.1491710.129735763747
1.85-1.90010.16691990.134334983697
1.9001-1.9560.17021860.133635283714
1.956-2.01910.15371990.130235293728
2.0191-2.09130.17241900.126635553745
2.0913-2.1750.14992030.123935173720
2.175-2.2740.15551760.120835573733
2.274-2.39390.15031980.121635553753
2.3939-2.54390.15132210.122835263747
2.5439-2.74030.16211980.132535863784
2.7403-3.0160.16451800.143935943774
3.016-3.45230.15461740.148936423816
3.4523-4.3490.15651900.142536553845
4.349-47.35590.20781960.187338284024

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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