[日本語] English
万見
- PDB-6y7t: Engineered conjugation of lysine-specific molecular tweezers with... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y7t
タイトルEngineered conjugation of lysine-specific molecular tweezers with ExoS derived peptidic inhibitor enhance affinity towards target protein 14-3-3 through ditopic binding
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • Exoenzyme S
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Protein-protein interactions / supramolecular ligands / molecular tweezers / protein recognition / hybrid ligands
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / glycosyltransferase activity / regulation of cell-cell adhesion / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation ...regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / glycosyltransferase activity / regulation of cell-cell adhesion / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / Activation of BAD and translocation to mitochondria / phosphoserine residue binding / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of stem cell proliferation / RHO GTPases activate PKNs / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / positive regulation of protein localization / nucleotidyltransferase activity / positive regulation of cell adhesion / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / GTPase activator activity / protein export from nucleus / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / TP53 Regulates Metabolic Genes / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / intracellular protein localization / regulation of protein localization / toxin activity / positive regulation of cell growth / regulation of cell cycle / cadherin binding / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Type III secretion system effector protein YopE-like / Virulence factor YopE, GAP domain / Virulence factor YopE, GAP domain superfamily / Yersinia virulence determinant (YopE) / : / ADP ribosyltransferase / ADP-ribosyltransferase exoenzyme / Toxin-related mono-ADP-ribosyltransferase (TR mART) core domain profile. / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. ...Type III secretion system effector protein YopE-like / Virulence factor YopE, GAP domain / Virulence factor YopE, GAP domain superfamily / Yersinia virulence determinant (YopE) / : / ADP ribosyltransferase / ADP-ribosyltransferase exoenzyme / Toxin-related mono-ADP-ribosyltransferase (TR mART) core domain profile. / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein
類似検索 - ドメイン・相同性
ExoSTWZ molecular tweezer / 14-3-3 protein sigma / Exoenzyme S
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Guillory, X. / Ottmann, C.
資金援助 ドイツ, オランダ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO) オランダ
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: Supramolecular Enhancement of a Natural 14-3-3 Protein Ligand.
著者: Guillory, X. / Hadrovic, I. / de Vink, P.J. / Sowislok, A. / Brunsveld, L. / Schrader, T. / Ottmann, C.
#1: ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: The Molecular Tweezer CLR01 Stabilizes a Disordered Protein-Protein Interface.
著者: Bier, D. / Mittal, S. / Bravo-Rodriguez, K. / Sowislok, A. / Guillory, X. / Briels, J. / Heid, C. / Bartel, M. / Wettig, B. / Brunsveld, L. / Sanchez-Garcia, E. / Schrader, T. / Ottmann, C.
#2: ジャーナル: Nat Chem / 年: 2013
タイトル: Molecular tweezers modulate 14-3-3 protein-protein interactions.
著者: Bier, D. / Rose, R. / Bravo-Rodriguez, K. / Bartel, M. / Ramirez-Anguita, J.M. / Dutt, S. / Wilch, C. / Klarner, F.G. / Sanchez-Garcia, E. / Schrader, T. / Ottmann, C.
履歴
登録2020年3月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
D: Exoenzyme S
E: Exoenzyme S
F: 14-3-3 protein sigma
K: 14-3-3 protein sigma
P: 14-3-3 protein sigma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,19515
ポリマ－115,1376
非ポリマー2,0599
水6,612367
1
D: Exoenzyme S
F: 14-3-3 protein sigma
P: 14-3-3 protein sigma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6098
ポリマ－57,5683
非ポリマー1,0415
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: 14-3-3 protein sigma
E: Exoenzyme S
ヘテロ分子

K: 14-3-3 protein sigma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5867
ポリマ－57,5683
非ポリマー1,0184
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555-x+1/2,y+1/2,-z+1/21
3
K: 14-3-3 protein sigma
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5915
ポリマ－56,4532
非ポリマー1383
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545-x+1/2,y-1/2,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)145.151, 63.119, 167.021
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.29, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 6分子 AFKPDE

#1: タンパク質
14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 28226.518 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド Exoenzyme S


分子量: 1115.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q51451

-
非ポリマー , 4種, 376分子

#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-TWZ / ExoSTWZ molecular tweezer


分子量: 879.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C48H39N3O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.21 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Bis-Tris Propane 0.2M sodium acetate trihydrate 20% PEG1000 10% Glycerol pH 7 Grew at 4 degree Celsius after a few days

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→59.9 Å / Num. obs: 51708 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 34.12 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.151 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.57 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.803 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 3691 / CC1/2: 0.796 / Rpim(I) all: 0.373 / Rrim(I) all: 0.954 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4N7G

4n7g


解像度: 2.5→59.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 19.831 / SU ML: 0.229 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.38 / ESU R Free: 0.275 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26754 2689 5.2 %RANDOM
Rwork0.21895 ---
obs0.2215 49026 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.368 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.93 Å2-0 Å2-0.11 Å2
2---0.4 Å2-0 Å2
3----3.23 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→59.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7369 0 141 367 7877
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0137720
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177189
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7021.64610429
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3171.58216696
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.185948
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.38222.707410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.361151418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7541555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2994
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.028627
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021558
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9033.1773798
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9023.1773797
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.974.7554744
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9694.7564745
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5763.4493922
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5763.4483922
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.7615.0975686
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.23560.09931966
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.22360.00731830
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 198 -
Rwork0.275 3461 -
obs--97.06 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.15620.18280.85280.69570.25492.25930.13770.0427-0.0955-0.0067-0.0835-0.01940.2178-0.1215-0.05420.0268-0.0032-0.01110.07250.01010.08717.17350.081719.4495
24.4921-5.0059-2.20738.03870.38572.9331-0.2502-0.3205-0.35590.47640.01730.15530.050.35820.23280.1735-0.1133-0.11460.18470.13750.278824.02034.3174-18.664
31.57642.57840.49415.61972.36392.0172-0.12950.3120.0163-0.28810.2822-0.2579-0.1436-0.1213-0.15270.0491-0.0027-0.00910.19940.05790.251118.24146.202212.3908
41.6471-0.2933-1.02280.41330.02611.27710.1438-0.01430.1720.0446-0.06270.028-0.1444-0.1161-0.08110.0390.00160.05870.05950.00050.133225.925410.8091-25.4806
52.391-0.2095-0.32430.8568-0.07070.39360.108-0.10060.23830.1749-0.10440.2259-0.1084-0.1271-0.00360.0813-0.02170.0090.1203-0.01660.19895.8047-13.666550.563
62.79590.17880.66261.5716-0.09560.85790.2001-0.4153-0.34440.5219-0.1369-0.27750.24670.1268-0.06320.3366-0.0193-0.00640.14980.02350.236861.5058-7.3813-23.3276
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-4 - 231
2X-RAY DIFFRACTION2D420 - 430
3X-RAY DIFFRACTION3E420 - 430
4X-RAY DIFFRACTION4F-4 - 231
5X-RAY DIFFRACTION5K-4 - 231
6X-RAY DIFFRACTION6P-4 - 231

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る