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万見
- PDB-6f9o: Crystal structure of cold-adapted haloalkane dehalogenase DpcA fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f9o
タイトルCrystal structure of cold-adapted haloalkane dehalogenase DpcA from Psychrobacter cryohalolentis K5
要素Haloalkane dehalogenase
キーワードHYDROLASE / Microbial enzymes / haloalkane dehalogenases / HLDs / Alpha/Beta-hydrolase fold enzymes / 2 domains / the highest activity towards 1-bromobutane / 1-bromohexane and 1 / 3-dibromopropane
機能・相同性
機能・相同性情報


haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / epoxide hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Haloalkane dehalogenase, subfamily 1 / : / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Haloalkane dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Psychrobacter cryohalolentis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Tratsiak, K. / Prudnikova, T. / Drienovska, I. / Damborsky, J. / Brynda, J. / Pachl, P. / Kuty, M. / Chaloupkova, R. / Kuta Smatanova, I. / Rezacova, P.
資金援助 チェコ, 9件
組織認可番号国
Grant AgencyGACR 17-24321S/P305 チェコ
Grant AgencyGA16-24223S チェコ
Grant AgencyGA16-06096S チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLO1214 チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLO1304 チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLQ1605 チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLM2015051 チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLM2015047 チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLM2015055 チェコ
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the cold-adapted haloalkane dehalogenase DpcA from Psychrobacter cryohalolentis K5.
著者: Tratsiak, K. / Prudnikova, T. / Drienovska, I. / Damborsky, J. / Brynda, J. / Pachl, P. / Kuty, M. / Chaloupkova, R. / Rezacova, P. / Kuta Smatanova, I.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun.
年: 2013
タイトル: Crystallographic analysis of new psychrophilic haloalkane dehalogenases: DpcA from Psychrobacter cryohalolentis K5 and DmxA from Marinobacter sp. ELB17.
著者: Tratsiak, K. / Degtjarik, O. / Drienovska, I. / Chrast, L. / Rezacova, P. / Kuty, M. / Chaloupkova, R. / Damborsky, J. / Kuta Smatanova, I.
#2: ジャーナル: Appl. Environ. Microbiol. / 年: 2012
タイトル: Biochemical characterization of a novel haloalkane dehalogenase from a cold-adapted bacterium.
著者: Drienovska, I. / Chovancova, E. / Koudelakova, T. / Damborsky, J. / Chaloupkova, R.
履歴
登録2017年12月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5389
ポリマ－34,9131
非ポリマー6248
水10,377576
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, using the elution buffer consisting of 50 mM Tris-HCl at pH 7.5 with the presence of 150 mM NaCl. A Superdex 200 10/300 GL column (GE Healthcare, Waukesha, WI) was calibrated ...根拠: gel filtration, using the elution buffer consisting of 50 mM Tris-HCl at pH 7.5 with the presence of 150 mM NaCl. A Superdex 200 10/300 GL column (GE Healthcare, Waukesha, WI) was calibrated with aldolase (158 kDa), conalbumin (75 kDa), ovalbumin (44 kDa), carbonic anhydratase (29 kDa), and RNase A (13,7 kDa).
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area13280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.332, 79.451, 43.489
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Haloalkane dehalogenase


分子量: 34913.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Gram-negative psychrophilic bacteria Psychrobacter
由来: (組換発現) Psychrobacter cryohalolentis (strain K5) (バクテリア)
株: K5 / 遺伝子: dhmA, Pcryo_1253 / プラスミド: pET21b / 詳細 (発現宿主): T7 promoter
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q1QBB9, haloalkane dehalogenase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 576 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.63 % / 解説: Needle
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.88
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 30%(w/v) PEG 4000 and 0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.6 and with the addition of 0.6 ul of 0.1M L-proline (Additive Screen kit, Hampton Research) to the crystallization drop
PH範囲: 4.6-5.9 / Temp details: 292-295

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
Ambient temp details: Cryojet XTL system (Oxford Instruments)
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.97826 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月1日 / 詳細: Sagitally bended Si111 crystal
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97826 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.05→20 Å / Num. obs: 120315 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 16.716 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Χ2: 1.053 / Net I/σ(I): 39.7
反射 シェル解像度: 1.05→1.09 Å / Rmerge(I) obs: 0.307 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 7363 / % possible all: 56.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-3000VERSION November 1, 2011データ削減
HKL-3000VERSION November 1, 2011データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1B6G

1b6g


解像度: 1.05→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / SU B: 0.543 / SU ML: 0.013 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.024 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.13151 6066 5 %RANDOM
Rwork0.11033 ---
obs0.11139 114202 91.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 8.671 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.05→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2465 0 28 576 3069
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0192740
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022445
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6341.9453748
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0335721
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0865352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.67124.058138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.24415442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6821518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2390
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213156
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02570
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.710.6451324
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.710.6451323
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0230.9781683
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.0220.9791684
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0830.8041416
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.0820.8041416
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.3221.1472059
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.69310.3673451
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.6933452
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.27335182
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free22.7615305
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.17855399
LS精密化 シェル解像度: 1.048→1.075 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 244 -
Rwork0.218 4716 -
obs--51.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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