PDB-6f9k: Tryptophan Repressor TrpR from E.coli with 5-methyl-L-tryptophan ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6f9k

タイトル

Tryptophan Repressor TrpR from E.coli with 5-methyl-L-tryptophan as ligand

要素

Trp operon repressor

キーワード

TRANSCRIPTION / Ligand Binding

機能・相同性

機能・相同性情報

sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.399 Å

データ登録者

Stiel, A.C. / Shanmugaratnam, S. / Hocker, B.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Tryptophan Repressor TrpR from E.coli: A ligand binding study
著者: Stiel, A.C. / Shanmugaratnam, S. / Hocker, B.

履歴

登録	2017年12月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Database references カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.1	2024年1月17日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6f9k.cif.gz	82.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6f9k.ent.gz	62.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6f9k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6f9k_validation.pdf.gz	449.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6f9k_full_validation.pdf.gz	453.3 KB	表示
XML形式データ	6f9k_validation.xml.gz	8.1 KB	表示
CIF形式データ	6f9k_validation.cif.gz	10.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/6f9k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/6f9k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6falC 1troS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2dx0-d 1hgu-d 4hp4-d 1g2f-1 1yoj-2 3fvo-2 1ohp-1 4ywk-2 3fv1-2 1ocv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Trp operon repressor

ヘテロ分子

14.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Trp operon repressor

ヘテロ分子

A: Trp operon repressor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.146, 53.146, 90.823
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22

#1: タンパク質	Trp operon repressor 分子量: 13441.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 遺伝子: trpR, rtrY, b4393, JW4356 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A881
#2: 化合物	ChemComp-D0Q / 5-methyl-L-tryptophan / 5-メチルトリプトファンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 218.252 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₄N₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.1M Citric acid pH3.5, 2.4M Ammonium sulfate, pH4.0 cryo: +25% glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月10日

放射

モノクロメーター: KMC-2 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.4→20.88 Å / Num. all: 26306 / Num. obs: 26294 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.475 % / B_iso Wilson estimate: 21.58 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.076 / R_rim(I) all: 0.081 / Χ²: 1.049 / Net I/σ(I): 14.74 / Num. measured all: 222787 / Scaling rejects: 49

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.4-1.44	8.609	5.004	0.38	16142	1903	1875	0.178	5.324	98.5
1.44-1.48	8.675	3.384	0.63	16058	1867	1851	0.335	3.599	99.1
1.48-1.52	8.606	2.327	0.94	15370	1812	1786	0.583	2.477	98.6
1.52-1.56	8.248	1.838	1.2	14491	1769	1757	0.591	1.962	99.3
1.56-1.62	7.618	1.391	1.49	12958	1704	1701	0.734	1.494	99.8
1.62-1.67	9.046	1.117	2.11	15070	1668	1666	0.858	1.185	99.9
1.67-1.74	9.029	0.814	2.85	14392	1599	1594	0.896	0.864	99.7
1.74-1.81	8.999	0.648	3.57	13876	1547	1542	0.923	0.687	99.7
1.81-1.89	8.86	0.435	5.21	13263	1501	1497	0.964	0.462	99.7
1.89-1.98	8.729	0.311	7.19	12413	1423	1422	0.982	0.331	99.9
1.98-2.09	8.473	0.196	11.28	11506	1364	1358	0.991	0.209	99.6
2.09-2.21	7.664	0.129	15.45	9925	1304	1295	0.996	0.138	99.3
2.21-2.37	8.267	0.091	21.93	10011	1211	1211	0.998	0.097	100
2.37-2.56	8.934	0.069	29.01	10230	1145	1145	0.999	0.073	100
2.56-2.8	8.799	0.051	37.16	9345	1062	1062	0.999	0.054	100
2.8-3.13	8.496	0.04	46.09	8250	972	971	0.999	0.042	99.9
3.13-3.61	7.881	0.027	58.51	6738	855	855	0.999	0.028	100
3.61-4.43	6.857	0.022	64.99	5115	751	746	0.999	0.024	99.3
4.43-6.26	8.52	0.019	74.84	5061	594	594	1	0.02	100
6.26-20.88	7.147	0.02	70.78	2573	367	360	1	0.021	98.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4.69 Å	45.87 Å
Translation	4.69 Å	45.87 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.8.0	位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1tro

1tro

解像度: 1.399→20.88 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2057	1315	5 %
R_work	0.1933	24979	-
obs	0.194	26294	99.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 214.4 Å² / B_iso mean: 43.3844 Å² / B_iso min: 18.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.399→20.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	854	0	108	66	1028
B_iso mean	-	-	56.08	45.1	-
残基数	-	-	-	-	106

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	971
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.959	1322
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	139
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	167
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.781	362

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.3995-1.4555	0.4463	142	0.4603	2693	2835	99
1.4555-1.5217	0.353	142	0.3635	2697	2839	99
1.5217-1.6019	0.3366	143	0.3072	2723	2866	100
1.6019-1.7023	0.2718	144	0.2456	2744	2888	100
1.7023-1.8336	0.2323	146	0.2121	2760	2906	100
1.8336-2.018	0.2192	145	0.1907	2756	2901	100
2.018-2.3097	0.1823	147	0.1622	2784	2931	100
2.3097-2.9087	0.1833	148	0.1695	2830	2978	100
2.9087-20.8823	0.184	158	0.1766	2992	3150	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0037	-1.1734	1.2802	2.1154	-2.3226	2.6169	0.1318	0.3641	0.1215	-0.1723	-0.3985	-0.1828	-0.101	0.3413	0.3114	0.2222	-0.0422	0.0032	0.2381	0.0254	0.2501	10.6201	16.6925	85.8644
2	1.4079	0.6851	0.4867	1.2588	-2.195	7.3016	0.0305	-0.0659	0.1099	0.0838	-0.0388	0.0132	-0.2104	-0.4014	-0.0059	0.1719	0.0375	-0.0005	0.1856	-0.0353	0.1973	-5.7994	16.4201	94.4535
3	6.0913	5.3181	3.7024	4.6431	3.2368	2.8648	0.294	-0.5433	0.0691	1.1788	-0.7959	0.8752	0.8782	-1.0782	0.4703	0.4849	-0.1318	0.0477	0.559	0.0208	0.4249	-10.7959	9.3418	110.8982
4	1.8123	-1.7983	-0.2842	6.918	0.8526	2.7046	-0.0278	-0.1299	0.0833	-0.0462	0.0526	0.0013	-0.1204	-0.0517	-0.0305	0.1968	-0.0426	-0.0196	0.2457	-0.0226	0.175	0.9061	19.3548	107.8584

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 32 )	A	3 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 33 through 63 )	A	33 - 63
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 64 through 78 )	A	64 - 78
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 79 through 108 )	A	79 - 108

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