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万見
- PDB-6f95: AlfA from B. subtilis plasmid pLS32 filament structure at 3.4 A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f95
タイトルAlfA from B. subtilis plasmid pLS32 filament structure at 3.4 A
要素AlfA
キーワードVIRAL PROTEIN / plasmid segregation / bacterial cytoskeleton / cytomotive filament
機能・相同性Actin-like protein, N-terminal / Actin like proteins N terminal domain / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Actin-like protein N-terminal domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.44 Å
データ登録者Szewczak-Harris, A. / Lowe, J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust202754/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM reconstruction of AlfA from reveals the structure of a simplified actin-like filament at 3.4-Å resolution.
著者: Andrzej Szewczak-Harris / Jan Löwe /
要旨: Low copy-number plasmid pLS32 of subsp. contains a partitioning system that ensures segregation of plasmid copies during cell division. The partitioning locus comprises actin-like protein AlfA, ...Low copy-number plasmid pLS32 of subsp. contains a partitioning system that ensures segregation of plasmid copies during cell division. The partitioning locus comprises actin-like protein AlfA, adaptor protein AlfB, and the centromeric sequence Similar to the ParMRC partitioning system from plasmid R1, AlfA filaments form actin-like double helical filaments that arrange into an antiparallel bipolar spindle, which attaches its growing ends to sister plasmids through interactions with AlfB and Because, compared with ParM and other actin-like proteins, AlfA is highly diverged in sequence, we determined the atomic structure of nonbundling AlfA filaments to 3.4-Å resolution by cryo-EM. The structure reveals how the deletion of subdomain IIB of the canonical actin fold has been accommodated by unique longitudinal and lateral contacts, while still enabling formation of left-handed, double helical, polar and staggered filaments that are architecturally similar to ParM. Through cryo-EM reconstruction of bundling AlfA filaments, we obtained a pseudoatomic model of AlfA doublets: the assembly of two filaments. The filaments are antiparallel, as required by the segregation mechanism, and exactly antiphasic with near eightfold helical symmetry, to enable efficient doublet formation. The structure of AlfA filaments and doublets shows, in atomic detail, how deletion of an entire domain of the actin fold is compensated by changes to all interfaces so that the required properties of polymerization, nucleotide hydrolysis, and antiparallel doublet formation are retained to fulfill the system's biological raison d'être.
履歴
登録2017年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年4月11日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年4月11日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年4月11日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02018年4月11日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年4月11日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年4月11日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32025年7月9日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-4196
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4196
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AlfA
B: AlfA
C: AlfA
D: AlfA
E: AlfA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,25915
ポリマ－156,0015
非ポリマー2,25810
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11870 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area55110 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
AlfA


分子量: 31200.281 Da / 分子数: 5 / 変異: K21A, K22A, K101A, K102A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O52947
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: AlfA filament / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
詳細: 20 mM Tris-HCl, 100 mM KCl, 2 mM TCEP, 1mM NaN3, pH 8.0, 5 mM ATP and 10 mM MgCl2 added to
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 33 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
実像数: 368

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_2919: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 156.521 ° / 軸方向距離/サブユニット: 24.9219 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3.44 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 78787 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00710855
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.86514685
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.8316375
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0551610
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051855

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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