PDB-6f8b: LasB bound to thiol based inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6f8b

タイトル

LasB bound to thiol based inhibitor

要素

Elastase

キーワード

HYDROLASE / LasB / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

pseudolysin / protein transport by the Sec complex / protein secretion by the type II secretion system / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / single-species biofilm formation / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metalloendopeptidase activity / endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Koehnke, J. / Sikandar, A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: ACS Infect Dis / 年: 2018
タイトル: Binding Mode Characterization and Early in Vivo Evaluation of Fragment-Like Thiols as Inhibitors of the Virulence Factor LasB from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Kany, A.M. / Sikandar, A. / Haupenthal, J. / Yahiaoui, S. / Maurer, C.K. / Proschak, E. / Kohnke, J. / Hartmann, R.W.

履歴

登録	2017年12月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年3月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6f8b.cif.gz	135.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6f8b.ent.gz	104.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6f8b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6f8b_validation.pdf.gz	436.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6f8b_full_validation.pdf.gz	437.3 KB	表示
XML形式データ	6f8b_validation.xml.gz	17 KB	表示
CIF形式データ	6f8b_validation.cif.gz	26.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/6f8b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/6f8b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ezmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1u4g-d 1ezm-d 4k89-d 7ecc-d 6upd-1 7ajr-d 6nq4-1 3d2k-d 3dbk-d 6upb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Elastase

ヘテロ分子

33.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.293, 89.998, 41.857
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.08, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Elastase 分子量: 33175.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: I6R951, UniProt: P14756*PLUS, pseudolysin
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-CXH / ~{N}-(3,4-dichlorophenyl)-2-sulfanyl-ethanamide 分子量: 236.118 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₇Cl₂NOS
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.11 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 0.2 M Magnesium chloride, 30% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→38.22 Å / Num. obs: 64739 / % possible obs: 96.96 % / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.02876 / Net I/σ(I): 17.78
反射シェル	解像度: 1.3→1.346 Å / R_merge(I) obs: 0.1924

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1EZM

1ezm

解像度: 1.3→44.999 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 15.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1585	3121	4.82 %
R_work	0.1427	-	-
obs	0.1435	64720	96.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→44.999 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2285	0	28	414	2727

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2375
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.975	3226
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.648	816
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.087	324
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	429

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.3203	0.2453	135	0.2033	2714	X-RAY DIFFRACTION	94
1.3203-1.342	0.2191	146	0.1984	2705	X-RAY DIFFRACTION	95
1.342-1.3651	0.2003	126	0.1824	2712	X-RAY DIFFRACTION	95
1.3651-1.3899	0.2229	142	0.1821	2775	X-RAY DIFFRACTION	95
1.3899-1.4167	0.1849	102	0.1772	2753	X-RAY DIFFRACTION	95
1.4167-1.4456	0.1771	100	0.1658	2828	X-RAY DIFFRACTION	95
1.4456-1.477	0.1892	118	0.1578	2762	X-RAY DIFFRACTION	96
1.477-1.5114	0.1635	125	0.1558	2784	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5114-1.5492	0.1599	117	0.1424	2863	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5492-1.5911	0.1618	163	0.1411	2704	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5911-1.6379	0.1597	150	0.14	2778	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6379-1.6908	0.136	130	0.1351	2799	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6908-1.7512	0.1536	120	0.1398	2842	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7512-1.8213	0.1769	138	0.1419	2800	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8213-1.9042	0.1503	151	0.1376	2817	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9042-2.0046	0.173	160	0.1358	2824	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0046-2.1302	0.1379	168	0.1292	2827	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1302-2.2946	0.1292	199	0.1214	2774	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2946-2.5255	0.137	137	0.1296	2897	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5255-2.8909	0.1569	189	0.1353	2827	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8909-3.642	0.1664	162	0.1339	2875	X-RAY DIFFRACTION	99
3.642-45.026	0.1484	143	0.1459	2939	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0202	-0.0371	0.0376	0.1252	-0.1191	0.1014	0.0237	0.0333	0.0619	-0.1217	0.1319	0.2122	0.0755	-0.0846	0.0436	0.0646	-0.0136	-0.0134	0.0783	0.0299	0.1247	-16.1384	7.9622	-26.8128
2	0.0976	0.0718	-0.067	0.0683	-0.0934	0.1293	-0.0074	0.0254	0.1946	0.0957	0.1507	0.2856	-0.0597	-0.1068	0.0161	0.1151	0.0325	0.0512	0.0854	0.0107	0.1715	-17.1931	15.9251	-16.3368
3	0.0103	-0.0011	0.0652	0.0722	0.1614	1.0675	0.0116	-0.0167	0.0773	0.1431	0.1339	0.1971	-0.4634	0.1841	0.1266	0.1073	0.0769	0.0131	-0.0101	0.0471	0.2209	-11.1515	24.0376	-21.3856
4	0.2068	-0.0431	0.0275	0.1302	-0.0639	0.0977	-0.0112	-0.0539	0.0863	0.0064	0.0394	0.0769	-0.0362	0.0018	-0.0066	0.0769	0.0015	0.0067	0.0626	-0.0046	0.0573	-8.4437	12.4036	-17.619
5	0.0175	-0.0042	-0.0157	0.061	-0.0391	0.0257	0.0193	-0.0141	0.04	0.0144	0.0158	-0.0329	0.0467	0.0591	-0.0002	0.0985	-0.0086	-0.0084	0.0733	-0.0097	0.0721	-0.4822	13.5169	-23.1748
6	0.011	0.0162	-0.0042	0.0437	-0.018	0.0243	-0.0801	-0.022	0.0933	0.0121	0.009	-0.0116	-0.0975	-0.0102	-0.0006	0.0731	0.0048	-0.0055	0.078	-0.0077	0.0748	3.4962	6.5684	-9.2031
7	0.0134	0.0199	0.0016	0.1368	0.0199	0.019	0.0026	-0.0242	0.0806	0.0279	-0.0137	0.0302	0.0107	-0.0093	0	0.0526	0.0009	0.0025	0.0679	0.005	0.0707	-0.5047	-0.2286	-13.3687
8	0.0195	-0.0318	0.0144	0.0529	0.0206	0.0411	0.0025	-0.0003	-0.0613	-0.0707	-0.0735	0.0331	-0.0075	0.0471	-0.0056	0.0866	0.0097	-0.0019	0.0769	0.0076	0.0575	-1.2209	-0.9734	-25.8427
9	0.3415	-0.1217	0.1527	0.3026	0.0129	0.1759	0.0031	-0.039	-0.0218	0.0203	0.0151	-0.0153	0.0459	-0.0216	0	0.0559	-0.0043	0.0008	0.0648	0.0119	0.0481	5.8285	-6.5619	-10.4558
10	0.1326	0.0996	0.0498	0.0934	0.04	0.018	-0.0236	-0.0483	-0.2374	0.0917	0.0864	-0.0255	0.161	-0.0166	0.0292	0.0967	-0.0114	-0.001	0.0977	0.0515	0.0904	3.9895	-15.0665	-5.3184

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 17 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 18 through 41 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 42 through 61 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 62 through 112 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 113 through 134 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 135 through 156 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 157 through 179 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 180 through 199 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 200 through 278 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 279 through 298 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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