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万見
- PDB-6f7y: Crystal structure of dimethylated RSL, cucurbituril-free form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f7y
タイトルCrystal structure of dimethylated RSL, cucurbituril-free form
要素Fucose-binding lectin protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / dimethyllysine
機能・相同性Lipocalin - #190 / Fucose-specific lectin / Fungal fucose-specific lectin / Lipocalin / carbohydrate binding / Beta Barrel / Mainly Beta / metal ion binding / Fucose-binding lectin protein
機能・相同性情報
生物種Ralstonia solanacearum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Guagnini, F. / Rennie, M.L. / Crowley, P.B.
資金援助 アイルランド, 1件
組織認可番号国
Science Foundation Ireland13/ERC/B2912 and 13/CDA/2168 アイルランド
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: Cucurbit[7]uril-Dimethyllysine Recognition in a Model Protein.
著者: Guagnini, F. / Antonik, P.M. / Rennie, M.L. / O'Byrne, P. / Khan, A.R. / Pinalli, R. / Dalcanale, E. / Crowley, P.B.
履歴
登録2017年12月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年8月5日Group: Data collection / Polymer sequence / カテゴリ: chem_comp / entity_poly
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fucose-binding lectin protein
B: Fucose-binding lectin protein
C: Fucose-binding lectin protein
D: Fucose-binding lectin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,20013
ポリマ－39,3714
非ポリマー8299
水5,657314
1
A: Fucose-binding lectin protein
ヘテロ分子

A: Fucose-binding lectin protein
ヘテロ分子

A: Fucose-binding lectin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,35712
ポリマ－29,5283
非ポリマー8299
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area6790 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area12480 Å2
手法PISA
2
B: Fucose-binding lectin protein
C: Fucose-binding lectin protein
D: Fucose-binding lectin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0819
ポリマ－29,5283
非ポリマー5536
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6250 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area11540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.285, 122.285, 36.418
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-205-

HOH

21A-274-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Fucose-binding lectin protein / Putative fucose-binding lectin protein


分子量: 9842.753 Da / 分子数: 4 / 変異: S88A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Recombinant protein dimethylated at lysine residues and N-terminus
由来: (組換発現) Ralstonia solanacearum (バクテリア)
遺伝子: RSP795_21825, RSP799_05830, RUN39_v1_50103 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0S4TLR1
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350 200 mM Potassium Formate pH 7.3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→40.03 Å / Num. obs: 41544 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.6-1.626.21.219380.4170.6371.67895.9
8.75-40.036.544.52770.9980.0180.04797.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2bt9 chain A

2bt9


解像度: 1.6→40.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.142 / SU ML: 0.071 / SU R Cruickshank DPI: 0.0942 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.092
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1989 2114 5.1 %RANDOM
Rwork0.1689 ---
obs0.1704 39390 99.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 64.38 Å2 / Biso mean: 21.471 Å2 / Biso min: 7.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å2-0.1 Å20 Å2
2---0.2 Å20 Å2
3---0.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→40.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2760 0 54 320 3134
Biso mean--24.49 32.01 -
残基数----357
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.022905
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022460
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2731.93978
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84535671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8735356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.04823.559118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.44715323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.9091512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2445
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023229
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02655
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.638 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 123 -
Rwork0.305 2805 -
all-2928 -
obs--96.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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