PDB-6f7g: Tryptophan Repressor TrpR from E.coli with 5-Methyltryptamine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6f7g

タイトル

Tryptophan Repressor TrpR from E.coli with 5-Methyltryptamine

要素

Trp operon repressor

キーワード

TRANSCRIPTION / Ligand Binding

機能・相同性

機能・相同性情報

sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.656 Å

データ登録者

Stiel, A.C. / Shanmugaratnam, S. / Hocker, B.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Tryptophan Repressor TrpR: A ligand specificity study
著者: Stiel, A.C. / Shanmugaratnam, S. / Hocker, B.

履歴

登録	2017年12月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6f7g.cif.gz	104.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6f7g.ent.gz	79 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6f7g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6f7g_validation.pdf.gz	449.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6f7g_full_validation.pdf.gz	449.7 KB	表示
XML形式データ	6f7g_validation.xml.gz	14.1 KB	表示
CIF形式データ	6f7g_validation.cif.gz	20.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/6f7g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/6f7g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1troS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ssw-d 3ssx-d 6bzs-d 5e44-d 5lj9-2 1snx-2 2oxr-d 5vfy-2 5sv6-d 1zt9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Trp operon repressor

C: Trp operon repressor

ヘテロ分子

24 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.349, 55.548, 66.992
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.820, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Trp operon repressor 分子量: 11837.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trpR, rtrY, b4393, JW4356 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A881
#2: 化合物	ChemComp-CVW / 2-(5-methyl-1~{H}-indol-3-yl)ethanamine 分子量: 174.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₄N₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 Sodium Chloride 0.1 M HEPES pH7.5 25% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.99993 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月7日

放射

モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.99993 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.656→34.931 Å / Num. obs: 29831 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 6.166 % / B_iso Wilson estimate: 15.12 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_rim(I) all: 0.081 / Χ²: 0.997 / Net I/σ(I): 15.27

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.656-1.7	5.909	0.31	4.06	1935	0.961	0.339	84.7
1.7-1.75	6.655	0.301	5.13	2177	0.967	0.326	99.9
1.75-1.8	6.664	0.233	5.85	2137	0.975	0.253	99.6
1.8-1.85	6.427	0.226	6.51	2093	0.976	0.246	99.5
1.85-1.91	4.849	0.223	7.21	1838	0.984	0.254	91.3
1.91-1.98	5.084	0.198	8.97	1781	0.987	0.224	92.8
1.98-2.05	6.393	0.149	11.09	1866	0.987	0.163	99.4
2.05-2.14	5.545	0.118	13.44	1790	0.985	0.132	98.7
2.14-2.23	6.462	0.096	16.29	1737	0.992	0.104	98.4
2.23-2.34	5.756	0.087	17.49	1600	0.987	0.098	97.5
2.34-2.47	6.73	0.076	20.31	1558	0.996	0.083	99.8
2.47-2.62	6.335	0.072	21.13	1497	0.996	0.078	99.8
2.62-2.8	5.788	0.065	22.31	1415	0.996	0.071	99
2.8-3.02	7.162	0.062	26.26	1304	0.997	0.067	99.9
3.02-3.31	6.978	0.056	28.7	1205	0.997	0.061	100
3.31-3.7	5.892	0.057	27.99	1103	0.996	0.063	99.2
3.7-4.28	5.882	0.054	29.21	966	0.996	0.059	99.3
4.28-5.24	5.999	0.047	29.99	814	0.997	0.051	98.9
5.24-7.41	7.065	0.047	31.95	651	0.998	0.05	100
7.41-34.931	6.893	0.045	33.38	364	0.998	0.048	98.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	1.66 Å	34.93 Å
Translation	1.66 Å	34.93 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1tro

1tro

解像度: 1.656→34.931 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.83

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2255	1481	4.99 %
R_work	0.185	-	-
obs	0.187	29658	96.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 95.86 Å² / B_iso mean: 25.4834 Å² / B_iso min: 6.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.656→34.931 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1620	0	26	346	1992
B_iso mean	-	-	13.93	33.64	-
残基数	-	-	-	-	201

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1674
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.772	2261
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	254
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	291
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.805	1235

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.656-1.7094	0.3058	122	0.2666	2309	2431	87
1.7094-1.7705	0.2913	139	0.2419	2646	2785	100
1.7705-1.8413	0.2784	136	0.2136	2584	2720	100
1.8413-1.9251	0.3662	122	0.3211	2319	2441	88
1.9251-2.0266	0.292	134	0.2311	2540	2674	96
2.0266-2.1536	0.2021	135	0.214	2595	2730	98
2.1536-2.3198	0.2302	132	0.1829	2545	2677	96
2.3198-2.5532	0.1851	140	0.1618	2647	2787	100
2.5532-2.9225	0.2223	139	0.1653	2645	2784	100
2.9225-3.6814	0.2127	139	0.152	2636	2775	100
3.6814-34.9389	0.1838	143	0.1583	2711	2854	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5754	-2.831	4.365	1.9049	-2.6258	4.2701	0.0888	0.0782	-0.2272	-0.0555	0.0619	0.1708	-0.0075	-0.0085	-0.083	0.1043	-0.0097	0.0264	0.1204	-0.007	0.1687	-9.0148	4.6462	67.5053
2	1.3252	-0.4656	-0.7911	1.0102	0.6314	1.4266	0.0164	-0.3999	0.1373	0.1515	-0.0207	0.0981	-0.0889	0.0447	-0.0028	0.1523	-0.0066	0.0223	0.1711	-0.0632	0.1277	-2.4564	11.8391	84.2043
3	0.6786	-0.1211	-0.4485	1.0295	0.1935	1.5299	0.0351	-0.1142	0.2096	0.4765	0.1376	0.1209	-0.2355	-0.2644	-0.067	0.5227	0.0429	0.2128	0.6658	-0.2888	0.481	-12.6243	21.3014	96.9182
4	3.799	0.1833	0.0142	4.8865	0.1319	2.4979	-0.0319	-0.383	0.1611	0.4715	-0.0212	0.6634	0.0021	-0.5752	0.0109	0.2136	-0.0186	0.1118	0.3488	-0.0274	0.2707	-15.9771	7.8297	89.3495
5	4.1856	1.1774	1.0064	7.1216	0.456	5.3015	0.1153	-0.651	0.1593	0.5653	-0.0943	-0.4835	-0.0583	0.2301	-0.0426	0.1435	-0.0051	0.0372	0.2333	-0.0262	0.1555	0.1614	8.3091	88.2645
6	2.6219	1.0118	-2.0533	1.3195	-1.045	3.2745	0.0545	0.0914	0.2677	-0.0482	0.0757	0.1862	-0.0873	-0.1672	-0.1001	0.0987	-0.0024	-0.0335	0.0682	-0.0132	0.1256	-3.7995	10.9121	66.4283
7	1.4503	-0.3942	0.7173	1.8616	-0.7202	1.8184	0.0042	0.0426	-0.0072	-0.1555	-0.0642	-0.1135	-0.0637	0.2457	0.0547	0.0928	-0.0047	0.0098	0.091	0.0022	0.1257	8.4893	8.7464	66.7809

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 32 )	A	4 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 33 through 63 )	A	33 - 63
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 64 through 78 )	A	64 - 78
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 79 through 106 )	A	79 - 106
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 9 through 32 )	C	9 - 32
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 33 through 78 )	C	33 - 78
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 79 through 106 )	C	79 - 106

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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