PDB-1zt9: E. coli trp repressor, tetragonal crystal form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1zt9

タイトル

E. coli trp repressor, tetragonal crystal form

要素

Trp operon repressor

キーワード

TRANSCRIPTION / helix-turn-helix / DNA-binding protein / protein-protein interaction / L-tryptophan binding protein / bound sulfate anions

機能・相同性

機能・相同性情報

sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Lawson, C.L. / Chin, A.S. / Benoff, B. / Yung, B.H.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Two association modes for E. coli trp repressor dimer-dimer interactions
著者: Lawson, C.L. / Chin, A.S. / Benoff, B. / Yung, B.H.

履歴

登録	2005年5月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年5月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1zt9.cif.gz	108.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1zt9.ent.gz	83.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1zt9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1zt9_validation.pdf.gz	478.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1zt9_full_validation.pdf.gz	482.1 KB	表示
XML形式データ	1zt9_validation.xml.gz	24.3 KB	表示
CIF形式データ	1zt9_validation.cif.gz	35.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/1zt9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/1zt9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wrp PDB 未公開エントリS 1trr 1wrp 2oz9 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6f7f-1 6f7f-2 6ejw-1 6ejw-2 6ejz-1 6ejz-2 1e3r-d 3cpo-1 2pze-1 3n4s-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Trp operon repressor

B: Trp operon repressor

D: Trp operon repressor

E: Trp operon repressor

ヘテロ分子

50.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Trp operon repressor

B: Trp operon repressor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Trp operon repressor

E: Trp operon repressor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

4

B: Trp operon repressor

ヘテロ分子

D: Trp operon repressor

ヘテロ分子

A: Trp operon repressor

E: Trp operon repressor

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
50.5 kDa, 4 ポリマー
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5

E: Trp operon repressor

ヘテロ分子

B: Trp operon repressor

ヘテロ分子

A: Trp operon repressor

D: Trp operon repressor

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
50.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.348, 81.348, 72.687
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	ARG	ARG	5	A	A	13 - 15	12 - 14
2	1	GLU	GLU	ARG	ARG	5	B	B	13 - 15	12 - 14
3	1	GLU	GLU	ARG	ARG	5	D	C	13 - 15	12 - 14
4	1	GLU	GLU	ARG	ARG	5	E	D	13 - 15	12 - 14
5	2	GLN	GLN	TRP	TRP	5	A	A	17 - 19	16 - 18
6	2	GLN	GLN	TRP	TRP	5	B	B	17 - 19	16 - 18
7	2	GLN	GLN	TRP	TRP	5	D	C	17 - 19	16 - 18
8	2	GLN	GLN	TRP	TRP	5	E	D	17 - 19	16 - 18
9	3	LEU	LEU	VAL	VAL	5	A	A	75 - 94	74 - 93
10	3	LEU	LEU	VAL	VAL	5	B	B	75 - 94	74 - 93
11	3	LEU	LEU	VAL	VAL	5	D	C	75 - 94	74 - 93
12	3	LEU	LEU	VAL	VAL	5	E	D	75 - 94	74 - 93
13	4	SER	SER	ALA	ALA	5	A	A	5 - 12	4 - 11
14	4	SER	SER	ALA	ALA	5	B	B	5 - 12	4 - 11
15	4	SER	SER	ALA	ALA	5	D	C	5 - 12	4 - 11
16	4	SER	SER	ALA	ALA	5	E	D	5 - 12	4 - 11
17	5	LEU	LEU	LEU	LEU	5	A	A	43 - 62	42 - 61
18	5	LEU	LEU	LEU	LEU	5	B	B	43 - 62	42 - 61
19	5	LEU	LEU	LEU	LEU	5	D	C	43 - 62	42 - 61
20	5	LEU	LEU	LEU	LEU	5	E	D	43 - 62	42 - 61
21	6	GLY	GLY	ASN	ASN	5	A	A	64 - 73	63 - 72
22	6	GLY	GLY	ASN	ASN	5	B	B	64 - 73	63 - 72
23	6	GLY	GLY	ASN	ASN	5	D	C	64 - 73	63 - 72
24	6	GLY	GLY	ASN	ASN	5	E	D	64 - 73	63 - 72
25	7	PHE	PHE	LEU	LEU	4	A	A	22 - 41	21 - 40
26	7	PHE	PHE	LEU	LEU	4	B	B	22 - 41	21 - 40
27	7	PHE	PHE	LEU	LEU	4	D	C	22 - 41	21 - 40
28	7	PHE	PHE	LEU	LEU	4	E	D	22 - 41	21 - 40
29	8	LEU	LEU	GLU	GLU	4	A	A	96 - 102	95 - 101
30	8	LEU	LEU	GLU	GLU	4	B	B	96 - 102	95 - 101
31	8	LEU	LEU	GLU	GLU	4	D	C	96 - 102	95 - 101
32	8	LEU	LEU	GLU	GLU	4	E	D	96 - 102	95 - 101
33	9	LEU	LEU	LEU	LEU	4	A	A	104 - 105	103 - 104
34	9	LEU	LEU	LEU	LEU	4	B	B	104 - 105	103 - 104
35	9	LEU	LEU	LEU	LEU	4	D	C	104 - 105	103 - 104
36	9	LEU	LEU	LEU	LEU	4	E	D	104 - 105	103 - 104

#1: タンパク質	Trp operon repressor 分子量: 12238.934 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trpR, rtrY / プラスミド: pET13atrpR / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A881
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂N₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 558 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.6 %
結晶化	温度: 294 K / pH: 5.6 詳細: 2.8 M ammonium sulfate plus 50 mM sodium, potassium phosphate buffer, 5 mM L-tryptophan, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K, pH 5.60

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月19日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 31825 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.063
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.169

-
位相決定

Phasing MR	R rigid body: 34.9 / Cor.coef. F_o:F_c: 72.4 / Cor.coef. Io to Ic: 26.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
REFMAC	refmac_5.1.24	精密化
PDB_EXTRACT	1.601	データ抽出
CBASS		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WRP, BIOLOGICAL UNIT

2wrp
PDB 未公開エントリ

解像度: 2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 3.405 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS WERE ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.219	1636	5.1 %	RANDOM
R_work	0.164	-	-	-
obs	0.167	30166	99 %	-
all	-	30461	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.83 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.08 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3248	0	100	558	3906

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	3396
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3168
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.203	1.987	4592
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.802	3	7332
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.673	5	400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	520
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3688
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	656
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	796
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.236	0.2	3671
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.08	0.2	1929
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	367
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.212	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.23	0.2	110
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.173	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.948	2	2036
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.283	3	3248
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.331	2	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.149	3	1344
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	868	medium positional	0.44	0.5
2	B	868	medium positional	0.39	0.5
3	D	868	medium positional	0.36	0.5
4	E	868	medium positional	0.36	0.5
1	A	582	loose positional	0.59	5
2	B	582	loose positional	0.45	5
3	D	582	loose positional	0.54	5
4	E	582	loose positional	0.49	5
1	A	868	medium thermal	1.15	2
2	B	868	medium thermal	1.09	2
3	D	868	medium thermal	1.02	2
4	E	868	medium thermal	1.31	2
1	A	582	loose thermal	3.17	10
2	B	582	loose thermal	2.78	10
3	D	582	loose thermal	2.27	10
4	E	582	loose thermal	3.89	10

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.252	128
R_work	0.162	2167

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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