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- PDB-6f7d: Crystal structure of Dettilon tailspike protein (gp208) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f7d
タイトルCrystal structure of Dettilon tailspike protein (gp208)
要素Tailspike
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Det7 / dettilon / tailspike / myovirus
機能・相同性Tail spike TSP1/Gp66, N-terminal domain / Tail spike TSP1/Gp66 receptor binding N-terminal domain / Right handed beta helix domain / Right handed beta helix region / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / Tailspike
機能・相同性情報
生物種Salmonella phage Det7 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.634 Å
データ登録者Roske, Y. / Heinemann, U.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationBA 4046/1-2 ドイツ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Time-resolved DNA release from an O-antigen-specificSalmonellabacteriophage with a contractile tail.
著者: Broeker, N.K. / Roske, Y. / Valleriani, A. / Stephan, M.S. / Andres, D. / Koetz, J. / Heinemann, U. / Barbirz, S.
履歴
登録2017年12月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tailspike
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1463
ポリマ－57,0221
非ポリマー1242
水8,647480
1
A: Tailspike
ヘテロ分子

A: Tailspike
ヘテロ分子

A: Tailspike
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,4399
ポリマ－171,0663
非ポリマー3726
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_665-z+3/2,-x+1,y+1/21
crystal symmetry operation10_646-y+1,z-1/2,-x+3/21
Buried area17740 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area46890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.623, 151.623, 151.623
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-835-

HOH

21A-880-

HOH

31A-965-

HOH

41A-977-

HOH

51A-997-

HOH

61A-1120-

HOH

71A-1175-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Tailspike


分子量: 57022.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Salmonella phage Det7 (ファージ) / 遺伝子: 208, DET7_208 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0C5PVE3
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1M succinic acid pH 7.0, 0.1 M HEPES pH 7.0, 1 %(w/v) PEG 2000 MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841, 1.009, 1.072
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918411
21.0091
31.0721
反射解像度: 1.63→47.95 Å / Num. obs: 138026 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.51 % / Biso Wilson estimate: 25.31 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.0098 / Net I/σ(I): 9.57
反射 シェル解像度: 1.63→1.73 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.59 / Num. unique obs: 21954 / CC1/2: 0.639 / Rrim(I) all: 0.0831 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1-2575_2579: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.634→40.523 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.16 / 位相誤差: 19.44
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1877 6894 5 %
Rwork0.1585 --
obs0.16 138012 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.634→40.523 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4013 0 8 480 4501
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114132
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1265632
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.5783210
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085644
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007732
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.634-1.65260.33982050.31213944X-RAY DIFFRACTION88
1.6526-1.67210.30612310.27274398X-RAY DIFFRACTION99
1.6721-1.69240.28742290.26314334X-RAY DIFFRACTION100
1.6924-1.71390.30542340.27394430X-RAY DIFFRACTION100
1.7139-1.73640.28742300.29194399X-RAY DIFFRACTION100
1.7364-1.76020.30872320.26844405X-RAY DIFFRACTION100
1.7602-1.78540.27022300.23384453X-RAY DIFFRACTION99
1.7854-1.8120.27372280.22364368X-RAY DIFFRACTION100
1.812-1.84030.22952280.21174332X-RAY DIFFRACTION100
1.8403-1.87050.20892360.19714413X-RAY DIFFRACTION100
1.8705-1.90270.20822410.18344517X-RAY DIFFRACTION100
1.9027-1.93730.18072250.18174267X-RAY DIFFRACTION99
1.9373-1.97460.20262340.17564379X-RAY DIFFRACTION100
1.9746-2.01490.21692280.17894433X-RAY DIFFRACTION100
2.0149-2.05870.21642300.17694386X-RAY DIFFRACTION100
2.0587-2.10660.20832280.16874383X-RAY DIFFRACTION99
2.1066-2.15930.19032320.16214409X-RAY DIFFRACTION100
2.1593-2.21770.20442230.15684353X-RAY DIFFRACTION100
2.2177-2.28290.19672300.15394336X-RAY DIFFRACTION99
2.2829-2.35660.16442350.14874457X-RAY DIFFRACTION100
2.3566-2.44080.21792350.15344393X-RAY DIFFRACTION99
2.4408-2.53850.20912320.15924350X-RAY DIFFRACTION100
2.5385-2.6540.21232350.15274417X-RAY DIFFRACTION99
2.654-2.79390.16582350.1454392X-RAY DIFFRACTION99
2.7939-2.96890.17692240.14624338X-RAY DIFFRACTION99
2.9689-3.19810.15582330.14424349X-RAY DIFFRACTION99
3.1981-3.51970.15152230.13424318X-RAY DIFFRACTION98
3.5197-4.02870.162290.12894371X-RAY DIFFRACTION99
4.0287-5.07410.13912310.10644411X-RAY DIFFRACTION99
5.0741-40.53540.15032280.1494383X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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