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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6f60 | ||||||
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タイトル | The x-ray structure of bovine pancreatic ribonuclease in complex with a five-coordinate platinum(II) compound containing a sugar ligand | ||||||
要素 | Ribonuclease pancreatic | ||||||
キーワード | HYDROLASE / ribonuclease / platinum(II) compound / five-coordinate / sugar ligand / cytotoxicity | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.14 Å | ||||||
データ登録者 | Merlino, A. / Ferraro, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Inorg Chem / 年: 2018 タイトル: Five-Coordinate Platinum(II) Compounds Containing Sugar Ligands: Synthesis, Characterization, Cytotoxic Activity, and Interaction with Biological Macromolecules. 著者: Cucciolito, M.E. / D'Amora, A. / De Feo, G. / Ferraro, G. / Giorgio, A. / Petruk, G. / Monti, D.M. / Merlino, A. / Ruffo, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6f60.cif.gz | 147.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6f60.ent.gz | 123 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6f60.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6f60_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6f60_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6f60_validation.xml.gz | 20.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6f60_validation.cif.gz | 31.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/6f60 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/6f60 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #3: 化合物 | ChemComp-DVW / | #4: 化合物 | ChemComp-DW5 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.53 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 22% PEG 4K 0.01 M sodium citrate pH 5.1 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.14→72.34 Å / Num. obs: 80973 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 2.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.14→1.18 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / CC1/2: 0.363 / Rpim(I) all: 0.805 / % possible all: 92.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.14→72.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 3.209 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.038 / ESU R Free: 0.044 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.744 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.14→72.34 Å
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拘束条件 |
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