ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.9_1692精密化 | PDB_EXTRACT | 3.24 | データ抽出 | xia2 | | データ削減 | xia2 | | データスケーリング | PHASER | | 位相決定 | |
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精密化 | 解像度: 1.49→19.92 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.12
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2021 | 1055 | 5.11 % |
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Rwork | 0.1828 | - | - |
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obs | 0.1838 | 20641 | 98.91 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å |
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原子変位パラメータ | Biso max: 106.99 Å2 / Biso mean: 33.786 Å2 / Biso min: 15.92 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.49→19.92 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 960 | 0 | 0 | 86 | 1046 |
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Biso mean | - | - | - | 41.79 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 125 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.007 | 981 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.079 | 1331 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.042 | 142 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.006 | 179 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d14.303 | 359 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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1.49-1.5578 | 0.317 | 108 | 0.307 | 2373 | 2481 | 98 | 1.5578-1.6399 | 0.2925 | 127 | 0.2685 | 2404 | 2531 | 98 | 1.6399-1.7426 | 0.2409 | 142 | 0.2096 | 2405 | 2547 | 99 | 1.7426-1.8771 | 0.2061 | 140 | 0.1835 | 2446 | 2586 | 99 | 1.8771-2.0658 | 0.194 | 146 | 0.1679 | 2428 | 2574 | 100 | 2.0658-2.3643 | 0.1954 | 127 | 0.171 | 2472 | 2599 | 99 | 2.3643-2.9772 | 0.1958 | 130 | 0.1914 | 2501 | 2631 | 100 | 2.9772-19.9213 | 0.1884 | 135 | 0.1676 | 2557 | 2692 | 98 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -5.7173 Å / Origin y: -11.7271 Å / Origin z: -1.3705 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.2176 Å2 | 0.0024 Å2 | -0.0038 Å2 | - | 0.1812 Å2 | -0.0065 Å2 | - | - | 0.1917 Å2 |
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L | 0.9859 °2 | 0.2163 °2 | 0.4208 °2 | - | 1.3475 °2 | -0.5732 °2 | - | - | 1.0843 °2 |
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S | 0.0485 Å ° | 0.031 Å ° | -0.0539 Å ° | -0.1321 Å ° | -0.0119 Å ° | -0.0143 Å ° | 0.2917 Å ° | -0.0034 Å ° | 0.0002 Å ° |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allA3 - 127 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allS1 - 86 | | | | |
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