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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f2x
タイトルStructural characterization of the Mycobacterium tuberculosis Protein Tyrosine Kinase A (PtkA)
要素Protein Tyrosine Kinase A
キーワードTRANSFERASE / tyrosine kinase phosphorylation Mycobacterium tuberculosis
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-チロシンキナーゼ / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein kinase PtkA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法溶液NMR / simulated annealing with torsion angle dynamics / cartesian angle dynamics / molecular dynamics
データ登録者Niesteruk, A. / Jonker, H.R.A. / Sreeramulu, S. / Richter, C. / Hutchison, M. / Linhard, V. / Schwalbe, H.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
German Research FoundationMacromolecular Complexes ドイツ
European CommissioniNext - 653706
State of HesseBMRZ ドイツ
引用
ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: The domain architecture of PtkA, the first tyrosine kinase fromMycobacterium tuberculosis, differs from the conventional kinase architecture.
著者: Niesteruk, A. / Jonker, H.R.A. / Richter, C. / Linhard, V. / Sreeramulu, S. / Schwalbe, H.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2018
タイトル: Structural characterization of the intrinsically disordered domain of Mycobacterium tuberculosis protein tyrosine kinase A.
著者: Niesteruk, A. / Hutchison, M. / Sreeramulu, S. / Jonker, H.R.A. / Richter, C. / Abele, R. / Bock, C. / Schwalbe, H.
履歴
登録2017年11月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32019年9月11日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_spectrometer / Item: _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein Tyrosine Kinase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8751
ポリマ－22,8751
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12020 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Protein Tyrosine Kinase A


分子量: 22874.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
遺伝子: Rv2232, MTCY427.13/MTCY427.14 / プラスミド: pET151/D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WPI9

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic42D 1H-15N HSQC
123isotropic52D 1H-15N HSQC
234isotropic32D 1H-15N HSQC
141isotropic13D HNHA
152isotropic13D HNCA
162isotropic13D HN(CO)CA
172isotropic53D HN(CA)CB
182isotropic53D HN(COCA)CB
192isotropic53D HNCO
1102isotropic13D HCC(CO)NH
1112isotropic13D CC(CO)NH
1122isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1131isotropic43D 1H-15N NOESY
1142isotropic52D 1H-13C HSQC aliphatic
1242isotropic42D 1H-13C HSQC aromatic
1172isotropic53D 1H-13C NOESY aliphatic
1182isotropic43D 1H-13C NOESY aromatic
1191isotropic22D 1H-15N HETNOE
1201isotropic22D 1H-15N T1
1211isotropic22D 1H-15N T2
1221isotropic22D 1H-15N IPAP-HSQC
1231anisotropic22D 1H-15N IPAP-HSQC
2255isotropic33D HN(CA)CB
2265isotropic33D HN(CA)NNH
2274isotropic33D 1H-15N NOESY
2285isotropic33D HNCO
2294isotropic13D HNHA
1303isotropic53D HN(CA)CB
1313isotropic53D HN(COCA)CB
1323isotropic53D HNCO
1333isotropic53D HN(CA)CO

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.2 mM [U-15N] PtkA, 50 mM HEPES, 300 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 10 mM magnesium chloride, 90% H2O/10% D2OC-terminal kinase core domain (KCD, 76-291) of PtkACTD (15N)90% H2O/10% D2O
solution20.2 mM [U-13C; U-15N] PtkA, 50 mM HEPES, 300 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 10 mM magnesium chloride, 90% H2O/10% D2OC-terminal kinase core domain (KCD, 76-291) of PtkACTD (13C15N)90% H2O/10% D2O
solution30.2 mM [U-13C; U-15N; U-2H] PtkA, 50 mM HEPES, 300 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 10 mM magnesium chloride, 90% H2O/10% D2Ofull length PtkA protein (1-291)FULL (13C15N2H)90% H2O/10% D2O
solution40.3 mM [U-15N] PtkA, 50 mM HEPES, 300 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 10 mM magnesium chloride, 90% H2O/10% D2ON-terminal intrinsical disordered domain (IDD, 1-81) of PtkANTD (15N)90% H2O/10% D2O
solution50.3 mM [U-13C; U-15N] PtkA, 50 mM HEPES, 300 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 10 mM magnesium chloride, 90% H2O/10% D2ON-terminal intrinsical disordered domain (IDD, 1-81) of PtkANTD (13C15N)90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.2 mMPtkA[U-15N]1
50 mMHEPESnatural abundance1
300 mMsodium chloridenatural abundance1
10 mMDTTnatural abundance1
10 mMmagnesium chloridenatural abundance1
0.2 mMPtkA[U-13C; U-15N]2
50 mMHEPESnatural abundance2
300 mMsodium chloridenatural abundance2
10 mMDTTnatural abundance2
10 mMmagnesium chloridenatural abundance2
0.2 mMPtkA[U-13C; U-15N; U-2H]3
50 mMHEPESnatural abundance3
300 mMsodium chloridenatural abundance3
10 mMDTTnatural abundance3
10 mMmagnesium chloridenatural abundance3
0.3 mMPtkA[U-15N]4
50 mMHEPESnatural abundance4
300 mMsodium chloridenatural abundance4
10 mMDTTnatural abundance4
10 mMmagnesium chloridenatural abundance4
0.3 mMPtkA[U-13C; U-15N]5
50 mMHEPESnatural abundance5
300 mMsodium chloridenatural abundance5
10 mMDTTnatural abundance5
10 mMmagnesium chloridenatural abundance5
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1354 mMnormal7.5ambient mbar298 K
2330 mMlowph2ambient mbar298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001cryoprobe
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7002cryoprobe
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8003cryoprobe
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9004cryoprobe
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9505cryoprobe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.2Bruker Biospincollection
TopSpin3.2Bruker Biospin解析
Sparky3.114Goddard and Knellerchemical shift assignment
Sparky3.114Goddard and Knellerpeak picking
Sparky3.114Goddard and Knellerデータ解析
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
ARIA1.2 HJ development versionLinge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化
手法ソフトェア番号詳細
simulated annealing with torsion angle dynamics6structure determination
cartesian angle dynamics7energy minimization
molecular dynamics8refinement in water
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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