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- PDB-6f1h: C1rC1s complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f1h
タイトルC1rC1s complex
要素
  • Complement C1r subcomponent
  • Complement C1s subcomponent
キーワードHYDROLASE / CUB domain / EGF-like domain / complement / C1r-C1s
機能・相同性
機能・相同性情報


complement subcomponent C_overbar_1r_ / complement subcomponent C_overbar_1s_ / zymogen activation / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / molecular sequestering activity / complement activation, classical pathway / serine-type peptidase activity / Regulation of Complement cascade / blood microparticle ...complement subcomponent C_overbar_1r_ / complement subcomponent C_overbar_1s_ / zymogen activation / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / molecular sequestering activity / complement activation, classical pathway / serine-type peptidase activity / Regulation of Complement cascade / blood microparticle / immune response / innate immune response / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, complement C1r/C1S/mannan-binding / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. ...Peptidase S1A, complement C1r/C1S/mannan-binding / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
LYSINE / Complement C1r subcomponent / Complement C1s subcomponent
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Almitairi, J.O.M. / Venkatraman Girija, U. / Furze, C.M. / Simpson-Gray, X. / Badakshi, F. / Marshall, J.E. / Mitchell, D.A. / Moody, P.C.E. / Wallis, R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)G1000191/1 英国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Structure of the C1r-C1s interaction of the C1 complex of complement activation.
著者: Almitairi, J.O.M. / Venkatraman Girija, U. / Furze, C.M. / Simpson-Gray, X. / Badakshi, F. / Marshall, J.E. / Schwaeble, W.J. / Mitchell, D.A. / Moody, P.C.E. / Wallis, R.
履歴
登録2017年11月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement C1r subcomponent
C: Complement C1r subcomponent
D: Complement C1s subcomponent
B: Complement C1s subcomponent
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,77229
ポリマ－128,4734
非ポリマー5,29925
水00
1
A: Complement C1r subcomponent
B: Complement C1s subcomponent
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,63014
ポリマ－64,2362
非ポリマー2,39312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5270 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area30680 Å2
手法PISA
2
C: Complement C1r subcomponent
D: Complement C1s subcomponent
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,14215
ポリマ－64,2362
非ポリマー2,90613
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5760 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area31520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.209, 88.340, 197.559
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain B and (resid 2 through 157 or resid 159 through 276))
21(chain D and (resid 2 through 157 or resid 159 through 276))
12(chain A and (resid 4 through 9 or resid 11 through 291))
22chain C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111PROPROGLYGLY(chain B and (resid 2 through 157 or resid 159 through 276))BD2 - 1571 - 156
121ASNASNPROPRO(chain B and (resid 2 through 157 or resid 159 through 276))BD159 - 276158 - 275
211PROPROGLYGLY(chain D and (resid 2 through 157 or resid 159 through 276))DC2 - 1571 - 156
221ASNASNPROPRO(chain D and (resid 2 through 157 or resid 159 through 276))DC159 - 276158 - 275
112ILEILEPHEPHE(chain A and (resid 4 through 9 or resid 11 through 291))AA4 - 94 - 9
122GLUGLULYSLYS(chain A and (resid 4 through 9 or resid 11 through 291))AA11 - 29111 - 291
212ILEILEILEILEchain CCB4 - 2904 - 290

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACDB

#1: タンパク質 Complement C1r subcomponent / Complement component 1 subcomponent r


分子量: 33120.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C1R / プラスミド: pED4 / 細胞株 (発現宿主): DXB11
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P00736, complement subcomponent C_overbar_1r_
#2: タンパク質 Complement C1s subcomponent / C1 esterase / Complement component 1 subcomponent s


分子量: 31115.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C1S
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P09871, complement subcomponent C_overbar_1s_

-
糖 , 4種, 6分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1276.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGalpb1-4DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-1-2-3-4-1-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d4-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1276.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-1-2-3-1-4-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 19分子

#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 化合物 ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 12-18% PEG 8000, 100 mM Imidazole at pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.5→88.3 Å / Num. obs: 9382 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 154.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.164 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 4.5→4.66 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXdev_2722精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LOR

4lor


解像度: 4.5→80.645 Å / SU ML: 0.86 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 46.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3398 485 5.18 %
Rwork0.3035 --
obs0.3052 9358 97.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 404.11 Å2 / Biso mean: 255.4534 Å2 / Biso min: 169.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.5→80.645 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8988 0 330 0 9318
Biso mean--282.61 --
残基数----1128
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039611
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73413094
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521409
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051700
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2095753
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11B2629X-RAY DIFFRACTION6.644TORSIONAL
12D2629X-RAY DIFFRACTION6.644TORSIONAL
21A0X-RAY DIFFRACTION6.644TORSIONAL
22C0X-RAY DIFFRACTION6.644TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
4.5001-5.15120.41651650.37862877304298
5.1512-6.48950.38351530.36512954310797
6.4895-80.65760.31670.25713042320996
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.6653-3.0246-1.07370.7649-0.11158.71770.09651.7167-0.7124-0.6178-0.4483-0.42050.3619-2.0112-0.00082.6312-0.41830.37432.9989-0.58023.097760.50711.031-31.5039
20.9419-1.39-0.27266.76670.7775.9309-0.05270.15170.01560.2782-0.43390.13510.5959-0.833901.8958-0.44570.27562.78-0.30362.180628.160216.251614.8169
36.9454-0.95760.80980.4002-1.42732.4941-0.507-2.3376-0.05631.00071.08310.20392.0650.6393-0.00263.409-1.0492-0.22052.8191-0.14542.0912.512-4.1497-2.1514
45.31611.7906-7.7051.6983-1.35179.6090.677-1.2120.9477-0.7880.16730.0486-0.9950.6308-0.00022.152-0.0206-0.2562.38590.08942.771142.6991-0.0375-53.1115
59.79691.255-1.67913.7738-1.42718.42210.88830.0238-0.03950.1073-0.41870.45060.0077-0.3412-0.00012.00960.2532-0.12312.33970.07861.924218.839-13.4962-42.23
64.69123.03341.68762.98394.61518.4208-0.7741-1.37720.4065-2.1266-0.49190.3173-1.5965-1.69330.0014.4815-1.393-0.0132.7266-0.18052.8053-11.9839-17.30257.0416
77.2474-3.4539-1.13945.14622.80030.47450.6431-0.4023-0.2156-1.8924-0.3353-0.2001-1.12280.85880.00031.88560.10550.16591.5673-0.12162.499161.017611.5442.0509
82.77381.85233.21269.0901-0.01744.3829-0.6958-0.44510.180.54930.763-0.84720.26381.59820.00013.36880.9130.35972.641-0.4773.131994.8229.0943-35.1942
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 165 )A1 - 165
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 166 through 293 )A166 - 293
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 4 through 125 )C4 - 125
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 126 through 291 )C126 - 291
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 2 through 142 )D2 - 142
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 143 through 276 )D143 - 276
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 2 through 142 )B2 - 142
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 143 through 277 )B143 - 277

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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