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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7asc | ||||||
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タイトル | TGFBIp mutant A546T | ||||||
![]() | Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3 | ||||||
![]() | PROTEIN FIBRIL / granular corneal dystrophy / lattice corneal dystrophy / protein aggregation / extracellular matrix protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of cell adhesion / extracellular matrix binding / extracellular matrix structural constituent / basement membrane / chondrocyte differentiation / collagen binding / cell adhesion molecule binding / extracellular matrix organization / visual perception / extracellular matrix ...negative regulation of cell adhesion / extracellular matrix binding / extracellular matrix structural constituent / basement membrane / chondrocyte differentiation / collagen binding / cell adhesion molecule binding / extracellular matrix organization / visual perception / extracellular matrix / trans-Golgi network / integrin binding / : / angiogenesis / cell population proliferation / cell adhesion / Amyloid fiber formation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Andersen, G.R. / Nielsen, N.S. / Gadeberg, T.A.F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mutation-induced dimerization of transforming growth factor-beta-induced protein may drive protein aggregation in granular corneal dystrophy. 著者: Nielsen, N.S. / Gadeberg, T.A.F. / Poulsen, E.T. / Harwood, S.L. / Weberskov, C.E. / Pedersen, J.S. / Andersen, G.R. / Enghild, J.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 563.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 398.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Auth seq-ID: 46 - 633 / Label seq-ID: 2 - 589
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 65123.363 Da / 分子数: 2 / 変異: A546T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.49 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9 詳細: 25 mM BIS-TRIS propane pH 9.0, 5% v/v PEG-mme 550, 1% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4.8→80.31 Å / Num. obs: 14000 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 279.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1385 / Net I/σ(I): 11.1 |
反射 シェル | 解像度: 4.8→4.973 Å / Rmerge(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 1376 / CC1/2: 0.39 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5nv6 解像度: 4.8→80.31 Å / SU ML: 0.8391 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.0194 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 332.11 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4.8→80.31 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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