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- PDB-7asc: TGFBIp mutant A546T -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7asc
タイトルTGFBIp mutant A546T
要素Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3
キーワードPROTEIN FIBRIL / granular corneal dystrophy / lattice corneal dystrophy / protein aggregation / extracellular matrix protein
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell adhesion / extracellular matrix binding / extracellular matrix structural constituent / basement membrane / chondrocyte differentiation / collagen binding / cell adhesion molecule binding / extracellular matrix organization / visual perception / extracellular matrix ...negative regulation of cell adhesion / extracellular matrix binding / extracellular matrix structural constituent / basement membrane / chondrocyte differentiation / collagen binding / cell adhesion molecule binding / extracellular matrix organization / visual perception / extracellular matrix / trans-Golgi network / integrin binding / : / angiogenesis / cell population proliferation / cell adhesion / Amyloid fiber formation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TGF beta-induced protein/periostin / EMI domain / EMI domain profile. / : / Fasciclin domain / Four repeated domains in the Fasciclin I family of proteins, present in many other contexts. / FAS1 domain / FAS1 domain superfamily / FAS1/BIgH3 domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Andersen, G.R. / Nielsen, N.S. / Gadeberg, T.A.F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / : 2021
タイトル: Mutation-induced dimerization of transforming growth factor-beta-induced protein may drive protein aggregation in granular corneal dystrophy.
著者: Nielsen, N.S. / Gadeberg, T.A.F. / Poulsen, E.T. / Harwood, S.L. / Weberskov, C.E. / Pedersen, J.S. / Andersen, G.R. / Enghild, J.J.
履歴
登録2020年10月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3
B: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,2472
ポリマ-130,2472
非ポリマー00
00
1
A: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1231
ポリマ-65,1231
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1231
ポリマ-65,1231
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)206.760, 206.760, 127.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Auth seq-ID: 46 - 633 / Label seq-ID: 2 - 589

Dom-IDComponent-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
11chain 'A'AA
22chain 'B'BB

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要素

#1: タンパク質 Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3 / Beta ig-h3 / Kerato-epithelin / RGD-containing collagen-associated protein / RGD-CAP


分子量: 65123.363 Da / 分子数: 2 / 変異: A546T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFBI, BIGH3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15582
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.49 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9
詳細: 25 mM BIS-TRIS propane pH 9.0, 5% v/v PEG-mme 550, 1% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.8→80.31 Å / Num. obs: 14000 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 279.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1385 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 4.8→4.973 Å / Rmerge(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 1376 / CC1/2: 0.39

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5nv6
解像度: 4.8→80.31 Å / SU ML: 0.8391 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.0194
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2587 1400 10.01 %
Rwork0.25 12585 -
obs0.251 13985 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 332.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.8→80.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9022 0 0 0 9022
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00699168
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.411612448
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07611488
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00781604
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.06195610
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.8-4.970.37151380.36761240X-RAY DIFFRACTION100
4.97-5.170.38391360.36141229X-RAY DIFFRACTION99.93
5.17-5.410.36641380.36021242X-RAY DIFFRACTION99.86
5.41-5.690.35421360.35161227X-RAY DIFFRACTION100
5.69-6.050.3611390.33311242X-RAY DIFFRACTION100
6.05-6.510.33881390.34891252X-RAY DIFFRACTION99.93
6.51-7.170.30951400.33251259X-RAY DIFFRACTION100
7.17-8.210.27981400.27551262X-RAY DIFFRACTION99.72
8.21-10.340.26561430.22341284X-RAY DIFFRACTION99.93
10.34-80.310.18631510.18271348X-RAY DIFFRACTION98.17
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.45836188221.624540597470.8927485419633.1243807891.962836736088.25440661917-1.543630037371.008276124861.0929236871.77368583116-0.7740616386171.328530623661.722198175330.3038341049771.316061242413.400706928650.1743710861810.03662227868453.299574930380.8496462485052.96529761936196.00054670370.373843115416.0287731601
29.694464274220.9442276972374.8139012227711.48143846494.1637379244211.43834201960.357134831943-1.730586864020.761740852588-0.1787230129631.09935865865-0.0986633876792-0.199419757705-0.961436810472-1.555495361543.339319772130.311779018820.339891147882.817913822560.2436304224563.18184871418205.84564269864.931571450536.0715747308
312.4676560148-5.24933776157-0.1277573281019.434050374822.489197962345.37051616593-0.926677399295-0.15674054230.02324774253430.2042310459250.0534510811990.1096813501630.08493691007640.6294064576430.7199732840653.289245855770.1475547963730.1828615031082.973870412570.2276676134723.07106841479227.1436376452.147135583418.7604667917
45.178854939524.24543919899-2.34268317526-2.67759493878-1.656037855467.81459788554-0.0240519075110.207540452189-0.199656467022-0.3071113289120.16412578415-0.367536087599-0.8095579804471.78140125956-0.2489322943653.803059889850.3748698832550.2649272627982.923724895210.13730807763.4566813212240.4250599150.6723069151-10.2524629834
51.659192875860.9198437251754.028415842060.06178674073253.06061536278.29098780043-0.920896615671.911651594250.0555311316484-1.734551774550.803941199937-1.52280719226-0.874819978338-0.0629540760003-0.08750577609744.972541604750.1794739964840.629498928634.793779545220.1287510756273.77305960495244.01290244364.6970186857-38.0066514599
63.62838941452-5.18706894960.800848249293.907152698420.6332176455253.62823387644-0.464023661115-0.639842290982-1.800185892810.546545055567-0.7993453016190.542480225462.327318681821.871182061261.307543481843.873481297830.02852269012090.01157245798543.406118201250.6402372186133.54225732405227.21851193288.4481546012-10.9052619713
79.71413457804-3.651423072482.0755962197912.04808511882.8271295067510.3125467595-0.491671731847-0.2921867349290.581941687808-0.622287811548-0.20658312669-0.4075650432921.328220505960.4334448500940.6489085975143.269894790460.08195050229880.3174591318183.074935748870.0648303995353.45671489074247.32407105782.5475034602-1.1287709393
87.156534946131.77591715246-0.992893476329.016325066553.9605371318310.32538668690.4608332460250.313954381551-0.0442170861022-1.368549872150.602135343335-0.3992176091830.407975379913-0.60825398285-1.077533715812.864665743180.2767607169750.1561187077332.9001706508-0.07711022967633.23895750835234.3488673892.157992493924.5304378704
98.764173331290.191059377554-2.59615051104-0.137727501179-2.035878260036.13622185504-0.735053086761-1.304129650290.0439484816408-0.1297929045960.6607873613770.287654613984-0.3898169901770.3385920048780.07254979850823.070602268860.1914307130550.2944941743683.09149472706-0.07604706900833.21919799415207.58261213898.613850812140.8232427251
101.261003402954.438990912-1.98721386424-0.6062323327131.769663407895.916351793141.01011992018-0.1346432863131.285880373631.22430205807-1.543152521453.769976280631.61490815592-1.76237834050.830244609993.997883603350.5533991445410.5344608007253.711987692670.01782622695744.24754539917176.76133021593.674655130343.4573523051
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 45:101
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 102:239
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resid 240:367
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resid 368:500
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and resid 501:633
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and resid 45:101
7X-RAY DIFFRACTION7chain B and resid 102:239
8X-RAY DIFFRACTION8chain B and resid 240:367
9X-RAY DIFFRACTION9chain B and resid 368:500
10X-RAY DIFFRACTION10chain B and resid 501:633

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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