PDB-6f0r: GLIC mutant E82Q

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6f0r

タイトル

GLIC mutant E82Q

要素

Proton-gated ion channel

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

sodium channel activity / potassium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Gloeobacter violaceus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Hu, H.D. / Delarue, M.

引用

ジャーナル: PLoS Biol. / 年: 2017
タイトル: Full mutational mapping of titratable residues helps to identify proton-sensors involved in the control of channel gating in the Gloeobacter violaceus pentameric ligand-gated ion channel.
著者: Nemecz, A. / Hu, H. / Fourati, Z. / Van Renterghem, C. / Delarue, M. / Corringer, P.J.

履歴

登録	2017年11月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6f0r.cif.gz	660.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6f0r.ent.gz	546.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6f0r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/6f0r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/6f0r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6f0iC 6f0jC 6f0mC 6f0nC 6f0uC 6f0vC 6f0zC 6f10C 6f11C 6f12C 6f13C 6f15C 6f16C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3uu8-d 3uu5-d 6hjb-d 4hfe-d 6hz3-d 6hj3-d 3tlw-d 6hpp-d 6hjz-1 6f16-d 4hfh-d 5hcj-d 6hyx-d 5l4e-d 6hz1-d 3uu6-d 5hcm-d 6i08-d 4hfc-d 6f10-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (8) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Proton-gated ion channel

B: Proton-gated ion channel

C: Proton-gated ion channel

D: Proton-gated ion channel

E: Proton-gated ion channel

ヘテロ分子

188 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	180.840, 132.420, 160.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.27, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 ABCDE

#1: タンパク質	Proton-gated ion channel / GLIC / Ligand-gated ion channel / LGIC 分子量: 36276.738 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (バクテリア) 遺伝子: glvI, glr4197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7NDN8
#5: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 5種, 56分子

#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-PLC / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン分子量: 622.834 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₆₅NO₈P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 12% PEG4K, 15% glycerol, 100 mM Acetate de Sodium pH4, 400 mM Sodium isothiocyanate, 3% DMSO

-
データ収集

回折	平均測定温度: 190 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.984 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→49 Å / Num. obs: 112433 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 57.79 Å² / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.5→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.85 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.849 / SU R Cruickshank DPI: 0.364 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.334 / SU R_free Blow DPI: 0.246 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.258

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.254	4724	4.97 %	RANDOM
R_work	0.241	-	-	-
obs	0.241	95038	74.7 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70.73 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.6678 Å²	0 Å²	-2.4986 Å²
2-	-	21.6505 Å²	0 Å²
3-	-	-	-13.9827 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.43 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.5→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12625	0	287	36	12948

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	13261	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.14	18070	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4509	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		260	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1900	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		13261	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.17
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	18.44
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1770	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		14786	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3639	-	5.26 %
R_work	0.3191	1530	-
all	0.3215	1615	-
obs	-	-	17.2 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.353	-0.2121	0.1901	0.5765	-0.3356	3.1236	0.2452	1.1327	0.4175	0.0599	0.052	0.0683	-0.5134	-1.126	-0.2972	-0.4075	0.3967	0.0711	0.6948	0.3215	-0.5198	40.2669	-6.6199	30.1911
2	2.6627	0.0936	1.0544	0.6916	-0.0902	3.7143	0.1284	1.0232	-0.0434	0.0489	-0.0242	0.143	-0.0352	-0.9646	-0.1042	-0.5869	0.1875	-0.0006	0.8944	-0.0375	-0.6181	27.8324	-27.737	36.2977
3	2.473	0.0824	0.6474	0.649	0.4941	3.639	0.0278	1.3049	-0.5521	0.0644	-0.0912	0.0291	0.2909	-0.8037	0.0634	-0.5575	-0.0677	-0.0037	0.7374	-0.3749	-0.4614	41.9981	-47.4765	29.2143
4	2.1854	0.1847	-0.3005	0.5222	0.2282	3.3687	-0.0941	1.3253	-0.3462	-0.0615	-0.0368	-0.1102	0.0142	-0.5448	0.1309	-0.527	0.0593	-0.037	0.6192	-0.2986	-0.4805	63.0971	-38.5313	18.3916
5	1.7787	-0.3364	0.4292	0.6605	-0.4442	3.3904	0.2651	1.1433	0.27	-0.0739	-0.1516	-0.1605	-0.3954	-0.415	-0.1135	-0.4367	0.2698	0.0383	0.6021	0.198	-0.5258	61.9441	-13.2426	19.068

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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