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- PDB-6eyo: Structure of extended IgE-Fc in complex with two anti-IgE Fabs -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eyo
タイトルStructure of extended IgE-Fc in complex with two anti-IgE Fabs
要素
  • 8D6 Fab heavy chain
  • 8D6 Fab light chain
  • Immunoglobulin heavy constant epsilon
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin E / Fab / antibody / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


adaptive immune memory response / primary adaptive immune response / IgE B cell receptor complex / B cell antigen processing and presentation / type I hypersensitivity / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / eosinophil degranulation / IgE immunoglobulin complex / macrophage activation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling ...adaptive immune memory response / primary adaptive immune response / IgE B cell receptor complex / B cell antigen processing and presentation / type I hypersensitivity / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / eosinophil degranulation / IgE immunoglobulin complex / macrophage activation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / antibody-dependent cellular cytotoxicity / type 2 immune response / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / mast cell degranulation / B cell proliferation / macrophage differentiation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / complement activation, classical pathway / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / B cell receptor signaling pathway / FCERI mediated MAPK activation / FCERI mediated NF-kB activation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / immune response / inflammatory response / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant epsilon
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Chen, J.B. / Ramadani, F. / Pang, M.O.Y. / Beavil, R.L. / Holdom, M.D. / Mitropoulou, A.N. / Beavil, A.J. / Gould, H.J. / Chang, T.W. / Sutton, B.J. ...Chen, J.B. / Ramadani, F. / Pang, M.O.Y. / Beavil, R.L. / Holdom, M.D. / Mitropoulou, A.N. / Beavil, A.J. / Gould, H.J. / Chang, T.W. / Sutton, B.J. / McDonnell, J.M. / Davies, A.M.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)G1100090 英国
Asthma UKAUK-PG-2013-183 英国
Wellcome Trust085944 英国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Structural basis for selective inhibition of immunoglobulin E-receptor interactions by an anti-IgE antibody.
著者: Chen, J.B. / Ramadani, F. / Pang, M.O.Y. / Beavil, R.L. / Holdom, M.D. / Mitropoulou, A.N. / Beavil, A.J. / Gould, H.J. / Chang, T.W. / Sutton, B.J. / McDonnell, J.M. / Davies, A.M.
履歴
登録2017年11月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin heavy constant epsilon
B: Immunoglobulin heavy constant epsilon
I: 8D6 Fab heavy chain
H: 8D6 Fab heavy chain
M: 8D6 Fab light chain
L: 8D6 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,7358
ポリマ－169,4276
非ポリマー2,3082
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18740 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area66380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.483, 119.601, 132.994
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Immunoglobulin heavy constant epsilon / Ig epsilon chain C region / Ig epsilon chain C region ND


分子量: 36354.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Fc region of immunoglobulin E / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHE / 細胞株 (発現宿主): MOUSE MYELOMA NS0 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01854
#2: 抗体 8D6 Fab heavy chain


分子量: 24555.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 8D6 Fab heavy chain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 8D6 Fab light chain


分子量: 23803.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 8D6 Fab light chain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.94 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris-HCl pH8.0 and 45% (v/v) pentaerythritol propoxylate (5/4PO/OH)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→88.93 Å / Num. obs: 20732 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.224 / Rpim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 3.7→4.05 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.691 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 4698 / CC1/2: 0.819 / Rpim(I) all: 0.284 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2wqr

2wqr


解像度: 3.7→88.93 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.25 / 位相誤差: 29.32
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2882 1125 5.44 %
Rwork0.2473 --
obs0.2496 20683 98.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→88.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10230 0 155 0 10385
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00210674
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5114687
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5416261
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041748
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051866
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7001-3.86850.34421080.3232220X-RAY DIFFRACTION91
3.8685-4.07240.33491510.28582413X-RAY DIFFRACTION100
4.0724-4.32760.33291330.26052464X-RAY DIFFRACTION100
4.3276-4.66170.27641400.22452432X-RAY DIFFRACTION100
4.6617-5.13080.24911520.22682447X-RAY DIFFRACTION100
5.1308-5.87310.25691420.23352455X-RAY DIFFRACTION100
5.8731-7.39890.31031430.2592522X-RAY DIFFRACTION100
7.3989-88.95550.27641560.23122605X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0723-0.0114-0.00050.04620.0047-0.00380.01290.02060.093-0.0307-0.0062-0.0049-0.0542-0.0313-0.03250.20620.28240.05470.06010.05230.069814.4946-60.332819.3387
20.04630.05470.07260.05590.07670.09890.11160.0822-0.17370.016-0.0108-0.068-0.1352-0.04640.01980.22270.02270.06230.34350.1380.3655-16.9842-84.911622.2831
30.07930.0195-0.04210.02730.01660.047-0.0292-0.0856-0.1008-0.4469-0.02450.26880.1592-0.1648-0.00010.5770.1513-0.0250.68830.18290.701-23.181-91.989517.1848
40.021-0.0202-0.02750.03270.02870.026-0.0541-0.2957-0.0892-0.1863-0.015-0.0027-0.0087-0.2038-00.43410.01260.03810.58980.06140.4644-30.0893-109.080920.3943
50.2847-0.1277-0.12260.10390.11360.11720.07280.00120.0921-0.02180.0843-0.074-0.05430.13990.4189-0.01120.29920.11890.2735-0.22930.06727.238-76.200916.2891
60.1023-0.01810.03450.0604-0.07420.1174-0.1091-0.0896-0.22790.22060.2394-0.04290.1148-0.07690.32250.40070.1428-0.16440.32690.01080.6167-5.2054-114.98029.7936
70.00220.0012-0.00010.0005-0.00120.0008-0.0042-0.0850.03630.0102-0.0518-0.1177-0.0320.1267-0.08620.2154-0.21550.05210.5471-0.03450.24924.7898-82.4511-13.0605
80.010.00880.00670.00510.00530.0057-0.00180.0206-0.0143-0.01710.0133-0.00360.0120.0324-0.06450.14860.1528-0.08670.4374-0.28680.3077-0.2347-91.0356-11.4042
90.22550.0637-0.20170.4609-0.16360.3174-0.1182-0.0069-0.14670.0692-0.1239-0.06710.03220.058-0.40930.1414-0.06550.08590.4425-0.07410.22380.4018-78.3586-19.4836
100.01430.00650.00290.0143-0.01160.0134-0.2192-0.05840.1711-0.0476-0.0897-0.1098-0.12590.128301.2841-0.14320.01540.5435-0.02990.9633-2.5446-59.8278-27.2393
110.00080.0030.00180.01990.0090.0044-0.03350.02520.0209-0.05410.0288-0.0018-0.0480.0296-0.00910.5499-0.2566-0.02040.3759-0.16680.39773.1496-83.129656.11
120.09040.01730.03930.00920.00310.0195-0.0716-0.05490.02370.04760.1092-0.0344-0.0118-0.04690.02770.3489-0.0466-0.02190.3349-0.0560.09181.9893-83.533442.6327
130.00770.00270.01010.0030.00070.02250.0263-0.00450.02050.0010.03060.0038-0.0213-0.04510.1150.0379-0.02870.04150.09360.07970.2341-1.3965-95.323448.9959
140.20190.0580.18850.1546-0.0360.23390.1522-0.0281-0.04310.0684-0.04330.0631-0.0008-0.02010.08240.26270.0123-0.03520.1867-0.16390.3778-7.0959-83.932643.7668
15-0.001-0.000700.0015-0.00330.00210.0164-0.0210.0614-0.0482-0.0035-0.031-0.0243-0.004800.58850.0462-0.01620.65450.12480.4936-4.473-86.062556.0724
160.00610.00580.00220.009-0.00360.00760.0226-0.00790.18150.0843-0.0404-0.0980.00050.08760.00010.4070.01850.01040.35880.1290.39764.6963-90.216238.9764
170.00060.0022-0.00230.0029-0.0010.0021-0.0307-0.05610.03540.0220.0143-0.030.0013-0.053200.8607-0.11570.0520.61140.07120.6145.23-85.753964.2743
180.00320.00040.0010.00310.00570.0078-0.0655-0.02640.06880.0492-0.15940.0447-0.0454-0.0203-00.8349-0.2069-0.20710.6814-0.24361.101825.9227-90.282672.1335
190.002-0.00080.0005-0.00150.0001-0.0008-0.00890.0091-0.00820.060.027-0.0643-0.04450.0019-01.04440.1016-0.22260.74550.19430.786821.7333-88.238262.3398
200.01-0.0083-0.00090.0035-0.0050.001-0.061-0.06880.07740.0793-0.05560.1483-0.0277-0.0926-01.0836-0.3045-0.08850.61940.00610.896818.7028-89.666968.1212
210.0021-0.0020.00070.0005-0.0004-0.00040.04560.02040.00190.00850.026-0.0319-0.0253-0.0224-01.11350.1715-0.11441.02950.04921.020527.2723-82.140871.2929
220.03280.0110.02510.00280.00650.02770.03140.0706-0.061-0.02240.04640.01340.0482-0.0570.02960.15420.1243-0.16770.2539-0.05340.3363-24.031-81.5203-9.7163
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330.0017-0.0002-0.00250.0010.00060.0026-0.06810.0296-0.06090.0036-0.0059-0.02160.0643-0.008400.9460.04530.23380.86170.31260.81315.3199-101.238333.2715
340.0048-0.00510.00280.0071-0.00490.00180.06610.0344-0.0223-0.02280.0627-0.02980.03860.0779-00.67540.0889-0.04140.48220.03590.85239.2227-110.313935.5899
350.0342-0.0832-0.10510.20590.25870.3271-0.0702-0.0115-0.02240.1569-0.2615-0.0685-0.04030.0641-0.13540.225-0.0204-0.09550.41420.21470.619711.7016-105.159245.8727
36-0.00060.0001-0.00050.0019-0.00270.0033-0.016-0.0092-0.0451-0.0296-0.015-0.04610.0168-0.010601.1443-0.0362-0.45610.6540.05380.6726.9111-95.959377.1556
370.061-0.01330.04590.04920.06190.14390.05410.01420.10570.04630.0033-0.0612-0.0147-0.03720.07150.746-0.0501-0.19860.48890.16650.82523.218-106.47668.1207
380.0054-0.0059-0.0040.01190.00110.0042-0.033-0.02460.04480.01220.02630.04550.0115-0.00560.02590.9781-0.2332-0.26040.6220.09190.603922.958-99.66283.0409
390.0206-0.01130.01230.0111-0.00920.00770.0177-0.01940.0348-0.0314-0.0512-0.00160.00160.07840.02560.8929-0.0437-0.49630.51780.07720.683631.9619-106.973777.7789
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 231 through 326 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 327 through 396 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 397 through 458 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 459 through 544 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 231 through 337 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 338 through 544 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'I' and (resid 2 through 40 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'I' and (resid 41 through 60 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'I' and (resid 61 through 151 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'I' and (resid 152 through 217 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 2 through 16 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 17 through 39 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 40 through 51 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'H' and (resid 52 through 77 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'H' and (resid 78 through 92 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'H' and (resid 93 through 109 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'H' and (resid 110 through 125 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'H' and (resid 126 through 151 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'H' and (resid 152 through 171 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'H' and (resid 172 through 210 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'H' and (resid 211 through 220 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'M' and (resid 1 through 25 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'M' and (resid 26 through 79 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'M' and (resid 80 through 106 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'M' and (resid 107 through 117 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'M' and (resid 118 through 135 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'M' and (resid 136 through 167 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'M' and (resid 168 through 178 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'M' and (resid 179 through 195 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'M' and (resid 196 through 216 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'L' and (resid 1 through 25 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'L' and (resid 26 through 52 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'L' and (resid 53 through 65 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'L' and (resid 66 through 79 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'L' and (resid 80 through 117 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'L' and (resid 118 through 141 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'L' and (resid 142 through 178 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'L' and (resid 179 through 194 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'L' and (resid 195 through 218 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る