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- PDB-6ewp: Mus musculus CEP120 third C2 domain (C2C) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ewp
タイトルMus musculus CEP120 third C2 domain (C2C)
要素Centrosomal protein of 120 kDa
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / Centriole / Centrosome / Basal body / Cilia
機能・相同性
機能・相同性情報


interkinetic nuclear migration / positive regulation of centriole elongation / positive regulation of establishment of protein localization / positive regulation of centrosome duplication / astral microtubule organization / positive regulation of cilium assembly / regulation of microtubule-based process / centrosome cycle / neurogenesis / centriole ...interkinetic nuclear migration / positive regulation of centriole elongation / positive regulation of establishment of protein localization / positive regulation of centrosome duplication / astral microtubule organization / positive regulation of cilium assembly / regulation of microtubule-based process / centrosome cycle / neurogenesis / centriole / cerebral cortex development / microtubule cytoskeleton organization / regulation of protein localization / cell population proliferation / centrosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF3668 / Centrosomal protein of 120kDa-like / Cep120 protein / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Centrosomal protein of 120 kDa
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者van Breugel, M. / al-Jassar, C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_UP_1201/3 英国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: Disease-Associated Mutations in CEP120 Destabilize the Protein and Impair Ciliogenesis.
著者: Joseph, N. / Al-Jassar, C. / Johnson, C.M. / Andreeva, A. / Barnabas, D.D. / Freund, S.M.V. / Gergely, F. / van Breugel, M.
履歴
登録2017年11月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Centrosomal protein of 120 kDa
B: Centrosomal protein of 120 kDa
C: Centrosomal protein of 120 kDa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5264
ポリマ－67,2443
非ポリマー2821
水4,648258
1
A: Centrosomal protein of 120 kDa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6972
ポリマ－22,4151
非ポリマー2821
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Centrosomal protein of 120 kDa


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4151
ポリマ－22,4151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Centrosomal protein of 120 kDa


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4151
ポリマ－22,4151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.008, 107.008, 141.762
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Centrosomal protein of 120 kDa / Cep120 / Coiled-coil domain-containing protein 100


分子量: 22414.631 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cep120, Ccdc100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q7TSG1
#2: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.7 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 50 mM Na-MES, pH 5.2 10 mM MgCl2 200 mM KCl 5 % (w/v) PEG-8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→56.3 Å / Num. obs: 78276 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 31.7 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4455 / CC1/2: 0.501 / Rpim(I) all: 0.39 / Rrim(I) all: 0.995 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0174精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.85→56.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 3.503 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.104 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22653 3958 5.1 %RANDOM
Rwork0.20656 ---
obs0.20754 74258 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 41.405 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.74 Å20.37 Å20 Å2
2--0.74 Å2-0 Å2
3----2.39 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.85→56.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4044 0 19 258 4321
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0194306
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024001
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3191.9645858
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86439321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9735542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.46723.436195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.79815738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.941528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2655
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214722
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02906
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5134.0382058
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5084.0362057
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1776.0272579
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.1766.032580
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5224.3552248
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5224.3552248
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.2046.3543260
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.00745.1024492
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.00145.0334482
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 282 -
Rwork0.341 5462 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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