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- PDB-6ewg: Oreochromis niloticus CEP120 second C2 domain (C2B) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ewg
タイトルOreochromis niloticus CEP120 second C2 domain (C2B)
要素Centrosomal protein 120
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / Centriole Centrosome Basal body Cilia
機能・相同性Domain of unknown function DUF3668 / Centrosomal protein of 120kDa-like / Cep120 protein / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / Centrosomal protein 120
機能・相同性情報
生物種Oreochromis niloticus (チカダイ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者van Breugel, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_UP_1201/3 英国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: Disease-Associated Mutations in CEP120 Destabilize the Protein and Impair Ciliogenesis.
著者: Joseph, N. / Al-Jassar, C. / Johnson, C.M. / Andreeva, A. / Barnabas, D.D. / Freund, S.M.V. / Gergely, F. / van Breugel, M.
履歴
登録2017年11月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Centrosomal protein 120


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9951
ポリマ－20,9951
非ポリマー00
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, Monomer in solution based on SEC-MALS experiments.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.389, 67.488, 89.119
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Centrosomal protein 120


分子量: 20994.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oreochromis niloticus (チカダイ) / 遺伝子: cep120 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: I3K8D3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.8 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 Na-MES pH ~6.5 30% PEG 400 / PH範囲: pH gradient around pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→89.12 Å / Num. obs: 29804 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 28.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 13.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. measured obs: 29602 / Num. unique obs: 1461 / CC1/2: 0.812 / Rpim(I) all: 0.536 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EWH

6ewh


解像度: 1.6→37.186 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.77
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2028 2789 5.01 %
Rwork0.1854 --
obs0.1863 55679 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→37.186 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1386 0 0 142 1528
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051480
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8112034
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.681934
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054248
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005263
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.62760.39051560.32442613X-RAY DIFFRACTION99
1.6276-1.65720.36251410.29422647X-RAY DIFFRACTION99
1.6572-1.68910.2821380.29632597X-RAY DIFFRACTION99
1.6891-1.72360.3311430.28222611X-RAY DIFFRACTION99
1.7236-1.7610.32141480.27432580X-RAY DIFFRACTION99
1.761-1.8020.27461360.25342683X-RAY DIFFRACTION99
1.802-1.84710.28241400.22562623X-RAY DIFFRACTION100
1.8471-1.8970.22231290.22192647X-RAY DIFFRACTION99
1.897-1.95280.24761360.212651X-RAY DIFFRACTION100
1.9528-2.01580.22471560.20522668X-RAY DIFFRACTION100
2.0158-2.08790.26471600.20752596X-RAY DIFFRACTION100
2.0879-2.17150.21181240.20892700X-RAY DIFFRACTION100
2.1715-2.27030.24571450.20352665X-RAY DIFFRACTION100
2.2703-2.390.2211570.20692618X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.53970.26021350.20262652X-RAY DIFFRACTION100
2.5397-2.73570.20071230.19732684X-RAY DIFFRACTION100
2.7357-3.01090.21741310.19822664X-RAY DIFFRACTION100
3.0109-3.44630.18051310.17892656X-RAY DIFFRACTION100
3.4463-4.34090.16521200.15392685X-RAY DIFFRACTION100
4.3409-37.19560.161400.15312650X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -4.8255 Å / Origin y: 7.848 Å / Origin z: -14.9286 Å
111213212223313233
T0.2107 Å2-0.0368 Å2-0.0184 Å2-0.1817 Å20.0034 Å2--0.1411 Å2
L4.5426 °2-2.0729 °2-1.2575 °2-2.9481 °20.9017 °2--1.4975 °2
S-0.0203 Å °-0.0087 Å °-0.0704 Å °0.1063 Å °0.037 Å °0.0038 Å °0.109 Å °-0.0819 Å °-0.0371 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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