+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6evm | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of a Pro-9 complexed peptide-substrate-binding domain of human type II collagen prolyl 4-hydroxylase | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / tetratricopeptide repeat / collagen synthesis / prolyl 4-hydroxylase (プロコラーゲン-プロリンジオキシゲナーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 procollagen-proline 4-dioxygenase / procollagen-proline 4-dioxygenase activity / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / L-ascorbic acid binding / electron transfer activity / iron ion binding / 小胞体 / intracellular membrane-bounded organelle / 小胞体 / 核質 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Murthy, A.V. / Sulu, R. / Koski, M.K. / Wierenga, R.K. | ||||||
資金援助 | フィンランド, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2018 タイトル: Structural enzymology binding studies of the peptide-substrate-binding domain of human collagen prolyl 4-hydroxylase (type-II): High affinity peptides have a PxGP sequence motif. 著者: Murthy, A.V. / Sulu, R. / Koski, M.K. / Tu, H. / Anantharajan, J. / Sah-Teli, S.K. / Myllyharju, J. / Wierenga, R.K. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6evm.cif.gz | 37.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6evm.ent.gz | 25 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6evm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/6evm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/6evm | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11920.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: P4HA2, UNQ290/PRO330 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3)pLysS / 参照: UniProt: O15460, procollagen-proline 4-dioxygenase |
---|---|
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 892.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide having 9 proline residues. / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 化合物 | ChemComp-DMS / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.88 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2.45 M ammonium sulphate, 10% DMSO, 2.5 mM Pro-9, 4% hexenediol, 100 mM MOPS |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: Nonius Kappa CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月11日 / 詳細: HELIOS MX MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→39.9 Å / Num. obs: 8956 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 25.7 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.358 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 384 / Rpim(I) all: 0.21 / % possible all: 93.9 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6EVL 解像度: 2→39.875 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.53
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→39.875 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|