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- PDB-6evk: Crystal structure of bat influenza A/H17N10 polymerase with viral... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6evk
タイトルCrystal structure of bat influenza A/H17N10 polymerase with viral RNA promoter and cap analogue m7GTP
要素
  • Polymerase acidic protein
  • Polymerase basic protein 2
  • RNA (5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*UP*GP*CP*UP*U)-3')
  • RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*AP*GP*GP*G)-3')
  • RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
キーワードVIRAL PROTEIN / Influenza virus / RNA-dependent RNA polymerase / cap analogue
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell mitochondrion / virion component / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / RNA-directed RNA polymerase ...cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell mitochondrion / virion component / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / GTP binding / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Restriction Endonuclease / PB2, C-terminal / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : ...Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Restriction Endonuclease / PB2, C-terminal / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / RNA / RNA (> 10) / Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Pflug, A. / Cusack, S.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
European Research Council322586 フランス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Capped RNA primer binding to influenza polymerase and implications for the mechanism of cap-binding inhibitors.
著者: Pflug, A. / Gaudon, S. / Resa-Infante, P. / Lethier, M. / Reich, S. / Schulze, W.M. / Cusack, S.
履歴
登録2017年11月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月7日Group: Author supporting evidence / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase acidic protein
B: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
C: Polymerase basic protein 2
R: RNA (5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*UP*GP*CP*UP*U)-3')
V: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*AP*GP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)277,03019
ポリマ－275,2875
非ポリマー1,74314
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area44740 Å2
ΔGint-359 kcal/mol
Surface area90070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)269.340, 148.700, 88.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.17, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Polymerase acidic protein


分子量: 85490.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal His-tag C-terminal linker and TEV cleavage site
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/little yellow-shouldered bat/Guatemala/060/2010(H17N10)) (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: PA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: H6QM92
#2: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit


分子量: 87936.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal linker C-terminal linker and TEV cleavage site
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/little yellow-shouldered bat/Guatemala/060/2010(H17N10)) (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: PB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: H6QM91, RNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 Polymerase basic protein 2


分子量: 91027.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal linker C-terminal linker, STREP-tag and TEV cleavage site
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/little yellow-shouldered bat/Guatemala/060/2010(H17N10)) (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: PB2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: H6QM90

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RNA鎖 , 2種, 2分子 RV

#4: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*UP*GP*CP*UP*U)-3')


分子量: 5584.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Viral RNA promoter 3 primed end
由来: (合成) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
#5: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*AP*GP*GP*G)-3')


分子量: 5248.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Influenza viral RNA promoter 5 primed end
由来: (合成) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

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非ポリマー , 4種, 52分子

#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 化合物 ChemComp-MGP / 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 7-メチル-7-アゾニアグアノシン5′-三りん酸


分子量: 538.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.4 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: Bat influenza polymerase protein in 50 mM HEPES-NaOH, 500 mM NaCl, 5 % glycerol, 2 mM TCEP, pH = 7.5 was adjusted to a concentration of 10 mg per ml, mixed in a 1:1 ratio with vRNA, which was ...詳細: Bat influenza polymerase protein in 50 mM HEPES-NaOH, 500 mM NaCl, 5 % glycerol, 2 mM TCEP, pH = 7.5 was adjusted to a concentration of 10 mg per ml, mixed in a 1:1 ratio with vRNA, which was an equimolar mixture of nucleotides 1-16 from the 5 prime end and nucleotides 1-18 or 3-18 from the 3 prime end. Protein-RNA with the addition of 5 mM m7GTP was mixed with mother liquor containing 0.7-1.5 M sodium-potassium phosphate at pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 76144 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.63 % / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.115 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 10.75
反射 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / 冗長度: 4.65 % / Mean I/σ(I) obs: 1.08 / CC1/2: 0.597 / Rrim(I) all: 1.38 / Rsym value: 1.22 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WSB

4wsb


解像度: 2.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 24.407 / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.404 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27294 3755 4.9 %RANDOM
Rwork0.23399 ---
obs0.23592 72389 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 115.697 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.15 Å2-0 Å25.88 Å2
2---1.05 Å20 Å2
3----2.68 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17434 600 94 38 18166
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01918518
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0216948
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1391.93725125
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.906339405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.15152165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.77824.091836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.486153316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.90715135
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.22762
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02119862
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023757
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.78911.7858687
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.78611.7858686
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.32217.67410843
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.32217.67410844
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3611.8659831
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.33911.8559771
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.84717.65314191
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.23321672
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.22621666
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.471 282 -
Rwork0.436 5344 -
obs--99.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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