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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6eus | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the outer membrane channel DcaP of Acinetobacter baumannii | ||||||
要素 | DcaP-like protein | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / outer membrane protein / Acinetobacter baumannii | ||||||
機能・相同性 | Porin, alpha proteobacteria type / Porin subfamily / porin activity / membrane / DcaP 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Zahn, M. / van den Berg, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2019 タイトル: A Multidisciplinary Approach toward Identification of Antibiotic Scaffolds for Acinetobacter baumannii. 著者: Bhamidimarri, S.P. / Zahn, M. / Prajapati, J.D. / Schleberger, C. / Soderholm, S. / Hoover, J. / West, J. / Kleinekathofer, U. / Bumann, D. / Winterhalter, M. / van den Berg, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6eus.cif.gz | 747.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6eus.ent.gz | 647.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6eus.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6eus_validation.pdf.gz | 480 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6eus_full_validation.pdf.gz | 503.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6eus_validation.xml.gz | 76.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6eus_validation.cif.gz | 109 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/6eus ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/6eus | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41525.199 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: ABUW_0826, B4R90_15245, CAS84_19480, CAT05_14765, CBI29_03066, IX87_10345 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B9X9I7 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.71 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 8.5% MPD, 8.5% PEG 1000, 8.5% PEG 3350, 0.02 M sodium formate, 0.02 M sodium citrate, 0.02 M sodium oxamate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M sodium potassium tartrate, 0.05 M MES, 0.05 M imidazole pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97926 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97926 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→48.44 Å / Num. obs: 125363 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 6 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.739 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 6276 / % possible all: 99.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→108.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 11.474 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.879 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.2→108.1 Å
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拘束条件 |
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