PDB-4d64: Structure of porin Omp-Pst1 from P. stuartii; the crystallographi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4d64

タイトル

Structure of porin Omp-Pst1 from P. stuartii; the crystallographic symmetry generates a dimer of trimers.

要素

PORIN 1

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / BACTERIAL JUNCTION / STERIC-ZIPPER / DIMER OF TRIMERS

機能・相同性

機能・相同性情報

porin activity / pore complex / cell outer membrane / monoatomic ion transmembrane transport
類似検索 - 分子機能

生物種

PROVIDENCIA STUARTII (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Nasrallah, C. / Colletier, J.P.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Porin self-association enables cell-to-cell contact inProvidencia stuartiifloating communities.
著者: El-Khatib, M. / Nasrallah, C. / Lopes, J. / Tran, Q.T. / Tetreau, G. / Basbous, H. / Fenel, D. / Gallet, B. / Lethier, M. / Bolla, J.M. / Pages, J.M. / Vivaudou, M. / Weik, M. / Winterhalter, M. / Colletier, J.P.

履歴

登録	2014年11月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2018年4月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4d64.cif.gz	423.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4d64.ent.gz	352.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4d64.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4d64_validation.pdf.gz	433.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4d64_full_validation.pdf.gz	446.7 KB	表示
XML形式データ	4d64_validation.xml.gz	38.6 KB	表示
CIF形式データ	4d64_validation.cif.gz	53.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/4d64 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/4d64	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4d65C 5n9hC 5n9iC 5nxnC 5nxrC 5nxuC 1opfS 4d5w PDB 未公開エントリ 4d5x PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6eus-1 5o9c-3 5o9c-2 5nxu-d 5o9c-1 6rck-d 5mdo-2 2j1n-d 2zld-2 5mds-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PORIN 1

B: PORIN 1

C: PORIN 1

ヘテロ分子

117 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	151.520, 142.020, 113.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 131.00, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN C
2	1	1	CHAIN A
3	1	1	CHAIN B

#1: タンパク質	PORIN 1 分子量: 39034.527 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) PROVIDENCIA STUARTII (バクテリア) プラスミド: PG_OMP-PST1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DELTA-OMP8 / 参照: UniProt: E3U904
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.8 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 詳細: 14% PEG6000 MME, 0.1 M BUFFER MES PH6.5, 0.1 M MGCL2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 27279 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.68 % / B_iso Wilson estimate: 53.11 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 10.98
反射シェル	解像度: 3.2→3.28 Å / 冗長度: 2.66 % / R_merge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 93.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: MODELLER-MODEL OF OMP-PST1 BASED ON PDB ENTRY 1OPF

1opf

解像度: 3.2→36.254 Å / SU ML: 0.99 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 28.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2611	1364	5 %
R_work	0.2075	-	-
obs	0.2102	27270	91.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 3.913 Å² / k_sol: 0.236 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.916 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.412 Å²	0 Å²	19.1876 Å²
2-	-	-8.4621 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.9499 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→36.254 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8271	0	1	160	8432

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	8472
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.007	11444
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.243	3022
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	1158
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1526

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	C	2721	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	A	2721	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
1	3	B	2739	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.045

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2-3.3143	0.385	139	0.3027	2657	X-RAY DIFFRACTION	93
3.3143-3.4469	0.3102	139	0.263	2636	X-RAY DIFFRACTION	93
3.4469-3.6036	0.3	137	0.23	2597	X-RAY DIFFRACTION	92
3.6036-3.7934	0.3024	136	0.2086	2591	X-RAY DIFFRACTION	92
3.7934-4.0308	0.2556	138	0.1998	2622	X-RAY DIFFRACTION	92
4.0308-4.3416	0.2456	137	0.1804	2605	X-RAY DIFFRACTION	92
4.3416-4.7776	0.2209	136	0.1597	2567	X-RAY DIFFRACTION	91
4.7776-5.4669	0.2112	136	0.1641	2596	X-RAY DIFFRACTION	91
5.4669-6.88	0.2465	135	0.2028	2555	X-RAY DIFFRACTION	90
6.88-36.2565	0.2418	131	0.2294	2480	X-RAY DIFFRACTION	86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3834	-0.4863	1.1717	1.651	-0.164	1.1927	-0.0218	0.3802	-0.059	-0.1582	-0.0338	-0.049	0.3962	-0.1083	0.1163	0.6034	-0.0253	0.0043	0.6504	0.0136	0.4441	-22.5656	30.3572	11.3822
2	1.7956	0.256	1.2658	1.1443	0.1597	2.0044	-0.174	-0.1833	-0.2727	0.0479	0.0444	-0.0741	0.5233	-0.1271	0.1582	0.8639	-0.0022	0.1332	0.6466	0.0113	0.6586	-26.5825	12.8999	18.8737
3	1.6781	-0.0519	0.2232	2.2821	-0.7655	2.0015	0.2079	-0.1939	0.1098	0.0518	0.0766	0.5937	-0.0441	-0.2232	-0.2647	0.6549	-0.122	-0.036	0.77	-0.1679	0.5675	-41.597	20.6061	9.6254
4	2.0451	-0.5501	0.7987	1.813	0.0382	0.6237	0.0896	-0.005	0.2055	0.0902	0.1274	0.0385	0.0663	0.2323	-0.1811	0.4501	0.0679	-0.0496	0.7758	-0.0479	0.4903	-9.8169	38.2948	20.2448
5	1.4887	-0.9282	-0.2536	2.0871	0.2899	1.1162	-0.1077	-0.4488	-0.0032	0.3908	0.1876	-0.139	0.0597	0.5792	-0.0971	0.5032	0.0121	-0.0852	1.0026	0.0115	0.5367	-1.5063	41.2336	36.1315
6	2.5791	0.6553	1.7775	2.3523	0.6179	1.8256	-0.178	0.3448	-0.154	-0.4835	0.3064	-0.4252	-0.0945	0.8983	-0.1525	0.5728	-0.1071	0.1239	0.7292	0.0224	0.6894	-22.0788	48.4387	11.8144
7	1.0505	0.4481	0.0595	1.982	-0.3282	1.5466	0.2696	-0.0756	0.3966	0.1923	-0.1357	0.4134	-0.2861	-0.1872	-0.0884	0.658	0.0297	0.1127	0.5852	0.0159	0.7166	-35.2058	60.1169	13.8386

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1:86)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 87:260)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 261:352)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN C AND (RESSEQ 1:86)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN C AND (RESSEQ 87:352)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 1:86)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 87:352)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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