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- PDB-4d64: Structure of porin Omp-Pst1 from P. stuartii; the crystallographi... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4d64 | ||||||
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Title | Structure of porin Omp-Pst1 from P. stuartii; the crystallographic symmetry generates a dimer of trimers. | ||||||
![]() | PORIN 1 | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / BACTERIAL JUNCTION / STERIC-ZIPPER / DIMER OF TRIMERS | ||||||
Function / homology | ![]() porin activity / pore complex / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nasrallah, C. / Colletier, J.P. | ||||||
![]() | ![]() Title: Porin self-association enables cell-to-cell contact inProvidencia stuartiifloating communities. Authors: El-Khatib, M. / Nasrallah, C. / Lopes, J. / Tran, Q.T. / Tetreau, G. / Basbous, H. / Fenel, D. / Gallet, B. / Lethier, M. / Bolla, J.M. / Pages, J.M. / Vivaudou, M. / Weik, M. / ...Authors: El-Khatib, M. / Nasrallah, C. / Lopes, J. / Tran, Q.T. / Tetreau, G. / Basbous, H. / Fenel, D. / Gallet, B. / Lethier, M. / Bolla, J.M. / Pages, J.M. / Vivaudou, M. / Weik, M. / Winterhalter, M. / Colletier, J.P. #1: Journal: Plos One / Year: 2015 Title: Understanding Voltage Gating of Providencia Stuartii Porins at Atomic Level. Authors: Song, W. / Bajaj, H. / Nasrallah, C. / Jiang, H. / Winterhalter, M. / Colletier, J. / Xu, Y. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 352.9 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 446.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 38.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 53.4 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4d65C ![]() 5n9hC ![]() 5n9iC ![]() 5nxnC ![]() 5nxrC ![]() 5nxuC ![]() 1opfS ![]() 4d5w ![]() 4d5x C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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Components
#1: Protein | Mass: 39034.527 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-CA / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.94 Å3/Da / Density % sol: 68.8 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 6.5 Details: 14% PEG6000 MME, 0.1 M BUFFER MES PH6.5, 0.1 M MGCL2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD / Date: Sep 27, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.933 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.2→50 Å / Num. obs: 27279 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 2.68 % / Biso Wilson estimate: 53.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 10.98 |
Reflection shell | Resolution: 3.2→3.28 Å / Redundancy: 2.66 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 93.2 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: MODELLER-MODEL OF OMP-PST1 BASED ON PDB ENTRY 1OPF Resolution: 3.2→36.254 Å / SU ML: 0.99 / σ(F): 1.99 / Phase error: 28.51 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 3.913 Å2 / ksol: 0.236 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 43.916 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.2→36.254 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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