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- PDB-4d65: Structure of porin Omp-Pst2 from P. stuartii; the asymmetric unit... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4d65 | ||||||
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Title | Structure of porin Omp-Pst2 from P. stuartii; the asymmetric unit contains a dimer of trimers. | ||||||
![]() | PORIN 2 | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / STERIC-ZIPPER / BACTERIAL JUNCTION / DIMER OF TRIMERS | ||||||
Function / homology | ![]() porin activity / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nasrallah, C. / Colletier, J.P. | ||||||
![]() | ![]() Title: Porin self-association enables cell-to-cell contact inProvidencia stuartiifloating communities. Authors: El-Khatib, M. / Nasrallah, C. / Lopes, J. / Tran, Q.T. / Tetreau, G. / Basbous, H. / Fenel, D. / Gallet, B. / Lethier, M. / Bolla, J.M. / Pages, J.M. / Vivaudou, M. / Weik, M. / ...Authors: El-Khatib, M. / Nasrallah, C. / Lopes, J. / Tran, Q.T. / Tetreau, G. / Basbous, H. / Fenel, D. / Gallet, B. / Lethier, M. / Bolla, J.M. / Pages, J.M. / Vivaudou, M. / Weik, M. / Winterhalter, M. / Colletier, J.P. #1: Journal: Plos One / Year: 2015 Title: Understanding Voltage Gating of Providencia Stuartii Porins at Atomic Level. Authors: Song, W. / Bajaj, H. / Nasrallah, C. / Jiang, H. / Winterhalter, M. / Colletier, J. / Xu, Y. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 938.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 797.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4d64C ![]() 5n9hC ![]() 5n9iC ![]() 5nxnC ![]() 5nxrC ![]() 5nxuC ![]() 4bd5 ![]() 4d5x C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 37941.184 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 3294 molecules ![](data/chem/img/LDA.gif)
![](data/chem/img/FTT.gif)
![](data/chem/img/MYR.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FTT.gif)
![](data/chem/img/MYR.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-LDA / #3: Chemical | ChemComp-FTT / #4: Chemical | ChemComp-MYR / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.1 Å3/Da / Density % sol: 70 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 8 / Details: 8% PEG 6000, 0.1 M TRIS PH 8, 1 M LICL |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD / Date: Jun 16, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.933 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. obs: 279377 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.01 % / Biso Wilson estimate: 35.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 19.43 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.26 Å / Redundancy: 2.57 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 73.7 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: MODELLER-MODEL OF OMP-PST2 BASED ON PDB ENTRY 4BD5 ![]() 4bd5 Resolution: 2.2→45.718 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.99 / Phase error: 22.07 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODELLING | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 42 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→45.718 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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