PDB-5mdp: Crystal structure of in vitro folded Chitoporin VhChip from Vibri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mdp

タイトル

Crystal structure of in vitro folded Chitoporin VhChip from Vibrio harveyi (crystal form II)

要素

Chitoporin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / outer membrane protein / Vibrio harveyi / porin channel

機能・相同性

機能・相同性情報

porin activity / cell outer membrane / monoatomic ion transmembrane transport / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio harveyi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.08 Å

データ登録者

Zahn, M. / van den Berg, B.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural basis for chitin acquisition by marine Vibrio species.
著者: Aunkham, A. / Zahn, M. / Kesireddy, A. / Pothula, K.R. / Schulte, A. / Basle, A. / Kleinekathofer, U. / Suginta, W. / van den Berg, B.

履歴

登録	2016年11月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mdp.cif.gz	404.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mdp.ent.gz	336.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mdp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/5mdp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/5mdp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mdoSC 5mdqC 5mdrC 5mdsC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mds-d 3hw9-1 5mdo-2 5mdr-1 3hwb-2 5mdr-2 5o9c-2 6rcp-1 2j1n-d 1pho-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chitoporin

B: Chitoporin

C: Chitoporin

118 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	254.761, 147.031, 53.759
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.51, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 10 - 350 / Label seq-ID: 12 - 352

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	B	B
2	3	C	C

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Chitoporin 分子量: 39192.863 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio harveyi (バクテリア) / 遺伝子: chiP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L0RVU0
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 28% (w/v) PEG 400, 0.5 M potassium iodide, 0.1 M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.08→29.21 Å / Num. obs: 34933 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.108 / R_pim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 6.6
反射シェル	解像度: 3.08→3.23 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.41 / R_pim(I) all: 0.385 / % possible all: 38.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0124	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5MDO

5mdo

解像度: 3.08→127.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 50.469 / SU ML: 0.356 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.766 / ESU R Free: 0.374 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23977	1731	5 %	RANDOM
R_work	0.21699	-	-	-
obs	0.2181	33200	95.48 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70.514 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.55 Å²	-0 Å²	-2.13 Å²
2-	-	-1.74 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.08→127.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7995	0	0	0	7995

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.02	8202
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	7098
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.17	1.934	11112
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.256	3	16281
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.778	5.034	1023
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.068	24.845	452
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.537	15	1120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.112	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	1074
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	9843
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	2082
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.423	1.211	4089
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.423	1.211	4088
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.753	1.815	5106
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.753	1.815	5107
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.476	1.253	4113
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.476	1.253	4113
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.783	1.862	6006
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	1.491	9.86	9316
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	1.491	9.859	9317
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.04 Å / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数
1	1	A	38486
1	2	B	38486
2	1	A	38390
2	2	C	38390
3	1	B	38356
3	2	C	38356

LS精密化シェル

解像度: 3.078→3.158 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.332	102	-
R_work	0.35	2351	-
obs	-	-	89.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4607	0.1615	0.0945	2.0947	-0.7093	1.7201	0.0827	-0.1436	-0.1368	0.2008	-0.1478	-0.2135	0.0054	0.3531	0.0651	0.0984	-0.0079	-0.1117	0.4037	-0.0039	1.3884	-28.9272	-2.7662	27.3173
2	1.1925	-0.0475	0.6951	2.4684	0.0339	1.7733	-0.0102	0.0155	-0.0071	-0.0586	-0.1429	-0.3284	0.02	0.8685	0.1531	0.0109	-0.0114	-0.0003	0.6749	0.0616	1.5983	-12.5391	0.6549	19.6491
3	1.8593	-0.5201	-0.8167	0.6742	1.0813	3.8385	0.0232	0.1278	0.1778	-0.14	-0.0388	-0.2051	-0.2972	0.3242	0.0156	0.279	-0.1028	0.0095	0.4459	0.01	1.2033	-23.3083	11.2936	18.6039
4	1.793	-0.0474	0.0357	2.0339	0.0917	1.3371	0.0015	-0.1706	-0.18	0.2916	-0.0599	0.016	0.256	-0.1441	0.0584	0.163	-0.0419	-0.0589	0.2639	0.0303	1.2585	-56.8586	-13.738	27.7444
5	1.809	-0.9553	1.2623	1.8556	-1.1764	4.2007	0.0971	-0.0038	-0.1664	-0.1072	-0.1395	-0.0146	0.8421	-0.2771	0.0423	0.4468	-0.1543	-0.0491	0.2496	-0.0218	1.2356	-59.0384	-29.0092	18.1309
6	1.3263	0.7776	0.1484	1.5221	-0.6206	2.0278	0.025	0.0542	-0.3602	-0.2437	0.0519	-0.3801	0.2034	0.2059	-0.0769	0.2666	0.0681	-0.0716	0.2292	-0.0598	1.394	-46.0678	-24.3648	19.1428
7	1.5998	0.0818	0.1572	1.5642	0.1898	1.3995	0.0204	-0.2572	0.1607	0.1916	-0.0182	-0.0144	-0.2356	-0.0463	-0.0022	0.2182	-0.0118	-0.0396	0.2698	-0.0316	1.2533	-51.045	17.2671	27.4519
8	0.4986	0.0206	-0.2002	1.8517	0.4213	1.3121	0.0847	0.0538	0.2226	-0.0887	-0.0975	0.1394	-0.5693	-0.289	0.0128	0.2607	0.1406	-0.096	0.3174	0.0291	1.3609	-64.0132	24.4017	19.1753
9	3.1003	0.6045	-0.3039	1.6318	0.8088	0.7471	0.115	0.492	0.061	-0.1299	-0.1715	0.1556	-0.1287	-0.4745	0.0564	0.2536	0.1215	-0.1437	0.463	-0.0135	1.3168	-63.1434	13.6425	13.3644

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	10 - 184
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	185 - 301
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	302 - 350
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	10 - 205
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	206 - 301
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	302 - 350
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	10 - 203
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	204 - 319
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	320 - 350

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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