PDB-5mdq: Crystal structure of outer membrane expressed Chitoporin VhChip f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mdq

タイトル

Crystal structure of outer membrane expressed Chitoporin VhChip from Vibrio harveyi

要素

Chitoporin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / outer membrane protein Vibrio harveyi porin channel

機能・相同性

機能・相同性情報

porin activity / cell outer membrane / monoatomic ion transmembrane transport / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio harveyi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Zahn, M. / van den Berg, B.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural basis for chitin acquisition by marine Vibrio species.
著者: Aunkham, A. / Zahn, M. / Kesireddy, A. / Pothula, K.R. / Schulte, A. / Basle, A. / Kleinekathofer, U. / Suginta, W. / van den Berg, B.

履歴

登録	2016年11月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mdq.cif.gz	415.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mdq.ent.gz	346 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mdq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/5mdq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/5mdq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mdoSC 5mdpC 5mdrC 5mdsC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mdr-1 3q98-1 5o9c-4 1lth-1 5mdo-1 2pnk-3 5mds-d 4gcp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chitoporin

B: Chitoporin

C: Chitoporin

ヘテロ分子

116 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	255.730, 148.639, 54.364
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.94, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 350 / Label seq-ID: 1 - 350

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	B	B
2	3	C	C

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Chitoporin 分子量: 38535.668 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio harveyi (バクテリア) / 遺伝子: chiP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L0RVU0
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.37 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 28% (w/v) PEG 400, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M MES pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→49.15 Å / Num. obs: 66687 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.086 / R_pim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.636 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / R_pim(I) all: 0.58 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0124	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5MDO

5mdo

解像度: 2.5→128.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 22.653 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.3 / ESU R Free: 0.22 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24093	2089	3.1 %	RANDOM
R_work	0.23013	-	-	-
obs	0.23048	64598	95.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.574 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.2 Å²	-0 Å²	0.48 Å²
2-	-	0.59 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.5→128.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8169	0	3	38	8210

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.02	8376
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.02	7245
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.923	1.921	11346
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.362	3	16629
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.281	5	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.813	24.935	462
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.443	15	1227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.92	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116	0.2	1098
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	10068
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	2121
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.921	1.644	4197
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.921	1.644	4196
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.538	2.466	5241
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.538	2.466	5242
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.226	1.761	4179
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.226	1.761	4179
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.006	2.599	6105
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.272	13.489	9222
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.251	13.478	9218
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	38074	0.03
1	2	B	38074	0.03
2	1	A	37948	0.04
2	2	C	37948	0.04
3	1	B	37996	0.03
3	2	C	37996	0.03

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.385	150	-
R_work	0.351	4930	-
obs	-	-	97.45 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6577	-1.6154	2.5106	1.7498	-0.9736	10.6288	0.0592	-0.148	0.2409	0.4241	-0.0915	-0.2018	-0.4117	0.196	0.0323	0.4224	-0.065	-0.0745	0.2636	-0.0055	0.2837	70.2038	12.1209	37.6178
2	0.8923	0.0645	0.181	3.3718	0.6451	1.429	-0.0363	0.0255	-0.2168	0.0778	0.0175	-0.3546	0.3838	-0.3635	0.0188	0.2145	-0.1341	-0.0598	0.125	-0.0215	0.3251	69.3614	-19.4995	22.9718
3	1.1537	0.4804	0.4361	2.702	0.8258	4.7759	0.051	0.045	-0.3551	-0.1582	0.1577	-0.8133	0.6363	-0.0426	-0.2087	0.2415	-0.068	-0.0023	0.0284	-0.0485	0.6748	81.8378	-24.8992	19.7898
4	1.7868	-1.5147	3.9645	7.6098	-6.1628	10.3124	0.3345	0.0256	-0.3381	0.3229	-0.313	-1.7952	0.9298	0.2313	-0.0215	0.7235	0.0341	-0.4756	0.1868	-0.153	1.088	99.8177	4.2812	37.4547
5	1.7943	0.2225	0.1961	2.3442	-0.0851	1.2737	-0.0662	-0.0715	0.0882	-0.0108	0.0643	-0.3102	-0.3998	-0.2561	0.0018	0.1858	0.0826	-0.1215	0.0535	-0.017	0.3413	75.3942	19.9195	25.9041
6	1.0758	-0.0997	0.1344	2.4384	-0.0337	2.2008	-0.0095	0.1755	0.1258	-0.2425	0.0366	0.1269	-0.4701	-0.5814	-0.0271	0.2135	0.1362	-0.1544	0.2204	-0.0177	0.317	62.02	20.2061	18.391
7	1.3961	0.7908	-0.1207	3.3078	-0.0712	1.4586	-0.0652	0.0091	-0.4998	0.0642	0.1419	-1.574	0.1303	0.1932	-0.0767	0.0614	0.0094	-0.118	0.0699	-0.1708	1.3063	100.2532	-5.3633	25.7455
8	1.591	0.9408	0.1579	6.9628	0.4054	0.0319	-0.0075	0.1584	-0.1808	0.4423	0.0344	-0.3777	0.027	0.032	-0.027	0.127	0.0257	0.0568	0.5016	-0.1114	0.9413	119.4393	1.4792	27.7604
9	2.1157	0.2368	-0.4944	1.4826	-0.2671	2.8155	-0.2055	0.3151	-0.5033	-0.2542	0.2206	-1.4077	-0.089	0.3958	-0.0151	0.1667	-0.1348	0.1399	0.1952	-0.2981	1.8201	110.4357	8.3863	18.1025

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	19 - 298
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	299 - 350
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 18
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	19 - 240
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	241 - 350
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	1 - 220
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	221 - 242
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	243 - 350

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)