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- PDB-6euh: The GH43, Beta 1,3 Galactosidase, BT3683 with galactodeoxynojirimycin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6euh
タイトルThe GH43, Beta 1,3 Galactosidase, BT3683 with galactodeoxynojirimycin
要素Beta-glucanase
キーワードHYDROLASE / Arabiogalactan / GH43 / Beta 1 / 3 galactosidase / Hexasaccharide
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DGJ / Beta-glucanase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Cartmell, A. / Gilbert, H.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
European Research Council322820 英国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2018
タイトル: A surface endogalactanase in Bacteroides thetaiotaomicron confers keystone status for arabinogalactan degradation.
著者: Cartmell, A. / Munoz-Munoz, J. / Briggs, J.A. / Ndeh, D.A. / Lowe, E.C. / Basle, A. / Terrapon, N. / Stott, K. / Heunis, T. / Gray, J. / Yu, L. / Dupree, P. / Fernandes, P.Z. / Shah, S. / ...著者: Cartmell, A. / Munoz-Munoz, J. / Briggs, J.A. / Ndeh, D.A. / Lowe, E.C. / Basle, A. / Terrapon, N. / Stott, K. / Heunis, T. / Gray, J. / Yu, L. / Dupree, P. / Fernandes, P.Z. / Shah, S. / Williams, S.J. / Labourel, A. / Trost, M. / Henrissat, B. / Gilbert, H.J.
履歴
登録2017年10月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-glucanase
B: Beta-glucanase
C: Beta-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,4548
ポリマ－128,0083
非ポリマー4475
水11,133618
1
A: Beta-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8723
ポリマ－42,6691
非ポリマー2032
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8723
ポリマ－42,6691
非ポリマー2032
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Beta-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7092
ポリマ－42,6691
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.180, 77.200, 78.690
Angle α, β, γ (deg.)114.00, 101.78, 100.78
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Beta-glucanase


分子量: 42669.242 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_3683 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A1H8
#2: 化合物 ChemComp-DGJ / (2R,3S,4R,5S)-2-(hydroxymethyl)piperidine-3,4,5-triol / 1-deoxygalactonojirimycin / デオキシガラクトノジリマイシン


分子量: 163.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13NO4 / コメント: 薬剤, Galafold*YM
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 618 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350 0.2 M Ammonium Formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→68.19 Å / Num. obs: 36549 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / Net I/σ(I): 11.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2→68.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 4.722 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.173 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22559 3507 5.2 %RANDOM
Rwork0.18303 ---
obs0.18526 64330 95.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 23.755 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.11 Å2-0.18 Å20.01 Å2
2--0.19 Å20.09 Å2
3---0.5 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→68.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8208 0 25 618 8851
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0198535
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027504
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5531.93111593
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.962317390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.36751042
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.50223.443395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.671151320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.0261545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.21158
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0219598
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021927
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5262.2584147
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5262.2574146
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3053.3765181
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3053.3775182
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0572.5144388
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0572.5144389
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.2653.6656408
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.78526.059647
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.78526.0459646
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 282 -
Rwork0.245 4620 -
obs--93.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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