PDB-6eu8: Crystal structure of Tannerella forsythia Apo HmuY analog (TFO)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6eu8

タイトル

Crystal structure of Tannerella forsythia Apo HmuY analog (TFO)

要素

Putative heme binding protein

キーワード

heme-binding protein

機能・相同性

HmuY protein / HmuY protein / MALONATE ION / Putative heme binding protein

機能・相同性情報

生物種

Tannerella forsythia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.47 Å

データ登録者

Antonyuk, S.V. / Strange, R.W.

資金援助

ポーランド, 2件

引用

ジャーナル: Biosci. Rep. / 年: 2018
タイトル: Tannerella forsythiaTfo belongs toPorphyromonas gingivalisHmuY-like family of proteins but differs in heme-binding properties.
著者: Bielecki, M. / Antonyuk, S. / Strange, R.W. / Smalley, J.W. / Mackiewicz, P. / Smiga, M. / Stepien, P. / Olczak, M. / Olczak, T.

履歴

登録	2017年10月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6eu8.cif.gz	57.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6eu8.ent.gz	41.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6eu8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6eu8_validation.pdf.gz	433.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6eu8_full_validation.pdf.gz	433.9 KB	表示
XML形式データ	6eu8_validation.xml.gz	11.8 KB	表示
CIF形式データ	6eu8_validation.cif.gz	17.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/6eu8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/6eu8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ewmC 3uu2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ghp-2 5lsu-2 5iet-d 5of1-1 3zqc-4 2q2a-1 2y3n-2 3lyr-d 2qt1-d 1jjh-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative heme binding protein

ヘテロ分子

22.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.050, 68.050, 90.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Putative heme binding protein 分子量: 22415.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Tannerella forsythia (バクテリア) 遺伝子: hmuY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A8R8E6
#2: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: Sodium malonate, Tris pH 7.5 / Temp details: room

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92818 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月27日
放射	モノクロメーター: si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92818 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.47→49.34 Å / Num. obs: 41705 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.8 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.033 / R_pim(I) all: 0.011 / Net I/σ(I): 30.2
反射シェル	解像度: 1.47→1.5 Å / 冗長度: 9 % / R_merge(I) obs: 2.1 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2033 / CC_1/2: 0.6 / R_pim(I) all: 0.76 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3UU2

3uu2

解像度: 1.47→49.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 1.577 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21908	2004	4.8 %	RANDOM
R_work	0.18453	-	-	-
obs	0.18631	39662	99.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.101 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.55 Å²	0.28 Å²	0 Å²
2-	-	0.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.47→49.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1539	0	7	232	1778

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	1610
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1568
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.502	1.951	2170
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.893	3	3649
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.554	5	201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.241	25.522	67
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.935	15	319
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.035	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	237
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1776
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	341
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.816	2.9	780
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.814	2.898	779
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.575	4.348	977
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.575	4.35	978
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.798	3.219	829
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.792	3.218	827
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.313	4.661	1188
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.253	24.01	1875
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.854	22.967	1745
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.47→1.508 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.364	155	-
R_work	0.334	2885	-
obs	-	-	99.9 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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