PDB-6ewm: Crystal structure of heme free PORPHYROMONAS GINGIVALIS HEME-BIND...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ewm

タイトル

Crystal structure of heme free PORPHYROMONAS GINGIVALIS HEME-BINDING PROTEIN HMUY

要素

Haemophore HmuY

キーワード

CELL INVASION / heme-binding protein

機能・相同性

HmuY protein / HmuY protein / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / metal ion binding / HmuY

機能・相同性情報

生物種

Porphyromonas gingivalis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Antonyuk, S.V. / Strange, R.W. / Bielecki, M. / Olczak, T. / Olczak, M.

資金援助

ポーランド, 2件

引用

ジャーナル: Biosci. Rep. / 年: 2018
タイトル: Tannerella forsythiaTfo belongs toPorphyromonas gingivalisHmuY-like family of proteins but differs in heme-binding properties.
著者: Bielecki, M. / Antonyuk, S. / Strange, R.W. / Smalley, J.W. / Mackiewicz, P. / Smiga, M. / Stepien, P. / Olczak, M. / Olczak, T.

履歴

登録	2017年11月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ewm.cif.gz	195.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ewm.ent.gz	154.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ewm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ewm_validation.pdf.gz	459 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ewm_full_validation.pdf.gz	459.4 KB	表示
XML形式データ	6ewm_validation.xml.gz	24 KB	表示
CIF形式データ	6ewm_validation.cif.gz	38.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/6ewm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/6ewm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6eu8C 3h8tS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2cyf-d 6ype-d 1loa-1 1vs0-2 5gm3-d 6ded-2 3h5j-d 1lob-1 4r0s-d 2bqp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Haemophore HmuY

F: Haemophore HmuY

ヘテロ分子

43.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.334, 42.947, 95.075
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.87, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Haemophore HmuY / HmuY / HmuY protein 分子量: 21227.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) 遺伝子: hmuY', hmuY, AT291_03715, PGIN_13-1_01941, PGIN_YH522_00859 プラスミド: pHmuY11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2I2W2
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 731 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 2.4 M ammonium sulphate, 100 mM MES pH 5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97624 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月23日
放射	モノクロメーター: si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97624 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→90.9 Å / Num. obs: 86584 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 4.3 % / CC_1/2: 0.98 / R_merge(I) obs: 0.014 / R_pim(I) all: 0.01 / Net I/σ(I): 5.9
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 3231 / CC_1/2: 0.68 / R_pim(I) all: 0.43 / % possible all: 74

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3h8t

3h8t

解像度: 1.4→90.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 1.874 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.053 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17102	4266	4.9 %	RANDOM
R_work	0.13126	-	-	-
obs	0.13323	82229	95.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.467 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.48 Å²	0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	-0.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.4→90.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2868	0	72	731	3671

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.02	3085
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2815
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.558	1.955	4178
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.912	3	6523
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.879	5	388
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.426	24.825	143
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.141	15	512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.419	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	443
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3504
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	714
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.293	1.027	1498
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.279	1.026	1497
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.612	1.552	1880
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.615	1.552	1881
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.057	1.333	1587
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.056	1.333	1587
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.437	1.892	2291
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.691	12.217	4138
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.355	10.168	3674
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.625	3	5900
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	35.328	5	199
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	9.529	5	6379

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.236	257	-
R_work	0.177	4741	-
obs	-	-	75.21 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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