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- PDB-3h8t: Structure of Porphyromonas gingivalis heme-binding protein HmuY i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h8t
タイトルStructure of Porphyromonas gingivalis heme-binding protein HmuY in complex with Heme
要素HmuY
キーワードheme-binding protein / hemophore / bacterial virulence factor / periodontitis
機能・相同性HmuY protein / HmuY protein / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / metal ion binding / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HmuY
機能・相同性情報
生物種Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Wojtowicz, H. / Guevara, T. / Tallant, C. / Olczak, M. / Sroka, A. / Potempa, J. / Sola, M. / Olczak, T. / Gomis-Ruth, F.X.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2009
タイトル: Unique structure and stability of HmuY, a novel heme-binding protein of Porphyromonas gingivalis
著者: Wojtowicz, H. / Guevara, T. / Tallant, C. / Olczak, M. / Sroka, A. / Potempa, J. / Sola, M. / Olczak, T. / Gomis-Ruth, F.X.
履歴
登録2009年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22012年11月14日Group: Refinement description
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HmuY
B: HmuY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,62514
ポリマ－42,4552
非ポリマー2,17012
水7,782432
1
A: HmuY
B: HmuY
ヘテロ分子

A: HmuY
B: HmuY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,25028
ポリマ－84,9104
非ポリマー4,34024
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area13790 Å2
ΔGint-245 kcal/mol
Surface area30920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.740, 93.740, 113.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 HmuY


分子量: 21227.529 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 26 TO 216 (26 to 34 disordered) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
遺伝子: HmuY, hmuY' / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2I2W2
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Crystallization assays were performed following the sitting-drop vapor diffusion method. Reservoir solutions were prepared by a Tecan robot and 200-nL crystallization drops were dispensed on ...詳細: Crystallization assays were performed following the sitting-drop vapor diffusion method. Reservoir solutions were prepared by a Tecan robot and 200-nL crystallization drops were dispensed on 96x2-well MRC plates (Wilden / Innovadyne) by a Cartesian nanodrop robot (Genomic Solutions) at the joint IBMB-CSIC/IRB/Barcelona Science Park High-Throughput Crystallography Platform (PAC). Best crystals as thin reddish prisms appeared in a Bruker steady-temperature crystal farm at 20 C using protein solution (26mg/mL in 5mM Tris/HCl, pH 8.0) and 2.4M (NH4)2SO4, 0.1M MES, pH6.0 as reservoir solution and D(+)-glucose monohydrate as additive (relative volumetric ratios 1:1:0.35). These conditions were successfully scaled up to the microliter range with Cryschem crystallization dishes (Hampton Research). VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID23-111
シンクロトロンESRF ID23-120.9792
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2008年7月18日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2008年10月27日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Silicon (1 1 1) channel-cutSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Silicon (1 1 1) channel-cutSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97921
反射解像度: 1.8→48.6 Å / Num. all: 47598 / Num. obs: 47598 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 0.669 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXDE位相決定
REFMAC5.5.0046精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8→48.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 4.29 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18709 720 1.5 %RANDOM
Rwork0.16015 ---
obs0.16057 46847 99.95 %-
all-47598 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.133 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2858 0 142 432 3432
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223084
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.312.0384188
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6335362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.86524.571140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.49215489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6151511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2416
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212351
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6951.51790
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.32522876
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.18831294
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6084.51312
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 58 -
Rwork0.2 3403 -
obs--99.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.32270.22140.08860.592-0.11950.1811-0.02240.0577-0.06050.02790.0382-0.0915-0.0032-0.0398-0.01580.0546-0.02310.00520.0506-0.00530.0421-6.06327.96629.321
21.83861.82380.9781.82060.6977.5605-0.03210.218-0.1896-0.05690.2503-0.18140.0010.0606-0.21820.0754-0.02920.01830.1101-0.0280.0579-1.05139.90415.654
30.41420.1198-0.14370.5756-0.26670.31960.0202-0.01490.0390.04360.0028-0.0249-0.0278-0.0071-0.02310.0597-0.00860.00260.03710.00160.02962.95166.472-10.97
40.2627-0.90620.65775.31630.48485.1299-0.0496-0.09020.02970.21780.277-0.33-0.1141-0.2885-0.22740.0993-0.0055-0.01920.0764-0.00820.06752.09553.5752.829
50.05290.1064-0.13250.2831-0.31880.4334-0.0040.0099-0.010.0207-0.0081-0.046-0.0244-0.02080.01210.067-0.0107-0.00250.0626-0.00740.0669-0.71846.78710.413
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A35 - 216
2X-RAY DIFFRACTION2A301
3X-RAY DIFFRACTION3B35 - 216
4X-RAY DIFFRACTION4B301
5X-RAY DIFFRACTION5A511 - 938
6X-RAY DIFFRACTION5B534 - 942

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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