PDB-6ent: Structure of the rat RKIP variant delta143-146

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ent

タイトル

Structure of the rat RKIP variant delta143-146

要素

Phosphatidylethanolamine-binding protein 1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / RKIP / PEBP / PBP

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of acetylcholine metabolic process / positive regulation of acetylcholine biosynthetic process / Negative regulation of MAPK pathway / MAP2K and MAPK activation / regulation of the force of heart contraction / receptor serine/threonine kinase binding / mitogen-activated protein kinase binding / eating behavior / response to corticosterone / sperm capacitation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.66 Å

データ登録者

Koelmel, W. / Hirschbeck, M. / Schindelin, H. / Lorenz, K. / Kisker, C.

資金援助

米国,

ドイツ, 3件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Conserved salt-bridge competition triggered by phosphorylation regulates the protein interactome.
著者: Skinner, J.J. / Wang, S. / Lee, J. / Ong, C. / Sommese, R. / Sivaramakrishnan, S. / Koelmel, W. / Hirschbeck, M. / Schindelin, H. / Kisker, C. / Lorenz, K. / Sosnick, T.R. / Rosner, M.R.

履歴

登録	2017年10月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2017年12月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2018年1月31日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ent.cif.gz	88 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ent.ent.gz	67.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ent.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ent_validation.pdf.gz	431 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ent_full_validation.pdf.gz	432.4 KB	表示
XML形式データ	6ent_validation.xml.gz	8.6 KB	表示
CIF形式データ	6ent_validation.cif.gz	10.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/6ent ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/6ent	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ensSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1uch-d 4r0t-2 4dhe-2 3pqc-1 6igj-d 6v8s-13 1fva-1 2oyn-d 4qn8-1 5sxh-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphatidylethanolamine-binding protein 1

ヘテロ分子

21.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.250, 111.250, 111.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-201- ZN

#1: タンパク質	Phosphatidylethanolamine-binding protein 1 / PEBP-1 / 23 kDa morphine-binding protein / HCNPpp / P23K / Raf Kinase Inhibitory Protein 分子量: 21212.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Pebp1, Pbp, Pebp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31044
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.52 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, sodium fluoride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.66→55.63 Å / Num. obs: 6706 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.1 % / R_merge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 14.7
反射シェル	解像度: 2.66→2.81 Å / 冗長度: 11.5 % / R_merge(I) obs: 1.465 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ENS

6ens

解像度: 2.66→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 31.629 / SU ML: 0.293 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.849 / ESU R Free: 0.322 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25043	315	4.7 %	RANDOM
R_work	0.20959	-	-	-
obs	0.21148	6365	99.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 86.067 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.66→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1396	0	2	6	1404

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	1473
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1343
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.322	1.94	2013
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.923	3	3117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.032	5	182
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.834	24	70
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.376	15	230
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.142	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	209
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	1677
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	342
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.769	5.64	716
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.769	5.635	715
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.047	8.437	896
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.045	8.443	897
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.352	5.792	757
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.351	5.796	758
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.371	8.645	1116
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.785	64.972	1586
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.783	65.019	1587
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.664→2.732 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.392	21	-
R_work	0.306	432	-
obs	-	-	99.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4529	-0.4813	4.7159	0.1832	-1.6626	15.7633	-0.1026	-0.2399	0.1067	0.1074	0.0548	0.0477	-0.6754	-0.5898	0.0479	0.3216	-0.0606	0.1439	0.3961	-0.0437	0.4304	-34.9841	24.4381	31.8924
2	5.9262	-0.6344	1.3189	6.3193	-2.6416	3.9043	0.1746	-0.1808	0.0047	-0.2753	0.0703	0.1127	0.2875	-0.2173	-0.2449	0.0622	-0.0475	-0.09	0.041	0.0734	0.1609	-32.3778	10.8429	28.6565
3	5.0029	6.7385	-2.6656	9.2306	-3.7004	1.5039	0.0442	0.2715	0.0669	0.1231	0.2709	0.443	-0.0325	-0.1235	-0.3151	0.6689	-0.1086	-0.1495	0.6109	-0.0461	0.9709	-47.6711	-1.1352	26.5991
4	1.1508	-2.2272	1.5879	5.3862	-0.3503	9.1022	0.3492	0.0655	-0.1651	-0.5193	-0.2756	0.3442	0.8898	-0.2778	-0.0736	0.3266	0.0638	0.0034	0.0573	0.011	0.4722	-26.0955	0.8879	26.7151
5	7.7616	-2.9732	1.799	3.8735	-0.1667	4.1032	0.2083	0.7912	-0.8054	-0.628	-0.0975	0.2594	0.86	-0.0145	-0.1108	0.3956	-0.1332	-0.1052	0.1725	0.0417	0.3769	-34.7589	3.2714	23.7053
6	7.7763	1.6572	0.7693	0.8905	-0.2689	0.4726	-0.0926	0.3145	-0.1745	-0.0189	0.1201	0.0209	0.0646	-0.0956	-0.0274	0.3764	0.0266	-0.0071	0.3067	0.0061	0.3598	-28.7163	-6.4742	32.5434
7	0.3474	0.8136	0.7513	6.7975	-2.3595	5.4806	0.1735	-0.0155	-0.0587	0.0908	-0.0215	0.1993	0.6923	0.1284	-0.152	0.1229	0.0087	-0.0355	0.0816	0.1232	0.2211	-32.8511	1.5398	35.4442
8	0.1877	0.0244	-0.1913	2.3041	4.277	8.255	-0.1728	0.24	-0.1545	-0.1094	0.0512	-0.0676	0.0371	-0.1512	0.1216	0.5023	-0.1056	-0.0211	0.492	-0.0547	0.4806	-42.3817	5.3925	9.3971

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-4 - 4
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	5 - 70
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	71 - 83
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	84 - 96
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	97 - 126
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	127 - 146
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	147 - 167
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	168 - 176

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