PDB-6enn: Tryptophan Repressor TrpR from E.coli variant T44L T81M N87G S88Y...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6enn

タイトル

Tryptophan Repressor TrpR from E.coli variant T44L T81M N87G S88Y with Indole-3-acetic acid as ligand

要素

Trp operon repressor

キーワード

TRANSCRIPTION / Ligand Binding

機能・相同性

機能・相同性情報

sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.17 Å

データ登録者

Stiel, A.C. / Shanmugaratnam, S. / Herud-Sikimic, O. / Juergens, G. / Hocker, B.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: A biosensor for the direct visualization of auxin
著者: Herud-Sikimic, O. / Stiel, A.C. / Kolb, M. / Shanmugaratnam, S. / Berendzen, K.W. / Feldhaus, C. / Hocker, B. / Juergens, G.

履歴

登録	2017年10月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6enn.cif.gz	159.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6enn.ent.gz	128.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6enn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6enn_validation.pdf.gz	447.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6enn_full_validation.pdf.gz	447.8 KB	表示
XML形式データ	6enn_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	6enn_validation.cif.gz	21.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/6enn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/6enn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ejwC 6ejzC 6ekpC 6elbC 6elfC 6elgC 6eniC 1troS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6elb-d 6elf-d 6nrq-1 1y1m-1 5hzn-8 3s7o-d 3a7i-d 6eni-d 2csm-d 6ftd-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Trp operon repressor

B: Trp operon repressor

ヘテロ分子

27.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.577, 63.185, 64.904
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Trp operon repressor 分子量: 13502.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trpR, rtrY, b4393, JW4356 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A881
#2: 化合物	ChemComp-IAC / 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID / INDOLE ACETIC ACID / インド-ル酢酸分子量: 175.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₉NO₂ / コメント: ホルモン*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.43 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M MMT buffer pH 5 25 % PEG 1500

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月3日

放射

モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.17→41.772 Å / Num. obs: 75208 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.836 % / B_iso Wilson estimate: 12.42 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.051 / R_rim(I) all: 0.056 / Χ²: 0.991 / Net I/σ(I): 16.28

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.17-1.2	3.806	0.635	2.05	4663	0.699	0.733	83.7
1.2-1.23	5.156	0.624	3.02	5223	0.853	0.696	95.9
1.23-1.27	5.573	0.477	3.66	5284	0.876	0.527	99.8
1.27-1.31	5.349	0.476	4.36	4849	0.906	0.529	94.7
1.31-1.35	5.53	0.306	5.5	4993	0.946	0.338	99.9
1.35-1.4	5.996	0.248	6.95	4814	0.966	0.272	100
1.4-1.45	6.066	0.211	8.15	4661	0.977	0.231	100
1.45-1.51	5.993	0.15	11.45	4489	0.988	0.165	99.6
1.51-1.58	5.999	0.109	14.17	4305	0.992	0.119	99.9
1.58-1.66	6.544	0.091	17.6	4129	0.995	0.099	100
1.66-1.74	6.563	0.076	20.66	3925	0.996	0.082	100
1.74-1.85	6.44	0.063	24.31	3744	0.997	0.068	100
1.85-1.98	5.742	0.059	26.82	3459	0.995	0.065	98.7
1.98-2.14	6.729	0.047	33.49	3275	0.998	0.051	100
2.14-2.34	6.193	0.046	34.86	3023	0.997	0.051	99.5
2.34-2.62	6.216	0.041	36.69	2764	0.998	0.045	99.9
2.62-3.02	6.136	0.038	38.48	2448	0.998	0.042	99.8
3.02-3.7	6.433	0.038	41.3	2067	0.998	0.041	99.6
3.7-5.23	5.824	0.036	40.1	1645	0.998	0.04	99.5
5.23-41.772	6.145	0.037	41.14	960	0.998	0.041	99.3

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	6.29 Å	41.77 Å
Translation	6.29 Å	41.77 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1tro

1tro

解像度: 1.17→41.772 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 16.59

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.18	3738	5 %
R_work	0.1483	-	-
obs	0.1499	74759	98.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 55.6 Å² / B_iso mean: 18.6712 Å² / B_iso min: 8.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.17→41.772 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1697	0	42	345	2084
B_iso mean	-	-	13.63	31.09	-
残基数	-	-	-	-	210

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	1912
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.103	2609
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	280
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	350
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.082	773

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.1704-1.1852	0.2526	103	0.2331	1939	2042	73
1.1852-1.2008	0.2794	131	0.2248	2491	2622	94
1.2008-1.2172	0.3879	133	0.3277	2511	2644	95
1.2172-1.2346	0.4456	135	0.4205	2579	2714	97
1.2346-1.253	0.1911	139	0.18	2632	2771	100
1.253-1.2726	0.1952	140	0.1768	2659	2799	100
1.2726-1.2935	0.2779	134	0.279	2539	2673	96
1.2935-1.3158	0.3932	133	0.3099	2539	2672	95
1.3158-1.3397	0.1528	141	0.1342	2667	2808	100
1.3397-1.3655	0.1551	140	0.1184	2673	2813	100
1.3655-1.3934	0.1548	141	0.1114	2666	2807	100
1.3934-1.4237	0.1475	137	0.1129	2616	2753	100
1.4237-1.4568	0.1806	141	0.1161	2672	2813	100
1.4568-1.4932	0.1761	140	0.1222	2665	2805	100
1.4932-1.5336	0.126	140	0.1003	2662	2802	100
1.5336-1.5787	0.1465	142	0.0994	2685	2827	100
1.5787-1.6297	0.1312	140	0.0953	2675	2815	100
1.6297-1.6879	0.1502	140	0.1041	2646	2786	100
1.6879-1.7555	0.1376	142	0.1081	2703	2845	100
1.7555-1.8354	0.1341	141	0.1143	2674	2815	100
1.8354-1.9322	0.1883	138	0.1731	2667	2805	99
1.9322-2.0532	0.1694	141	0.1238	2683	2824	100
2.0532-2.2117	0.1485	143	0.1212	2714	2857	100
2.2117-2.4343	0.1747	142	0.1499	2689	2831	99
2.4343-2.7865	0.1674	144	0.1389	2737	2881	100
2.7865-3.5104	0.1818	145	0.1462	2765	2910	100
3.5104-41.7982	0.193	152	0.1674	2873	3025	99

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